CLC Main Workbench

A 4 hetes teljesen működőképes demo CLC Kombinált Workbench begyűjti az összes DNS-szekvencia analízise CLC Gene Workbench és minden fehérje szekvencia elemzések CLC Protein Workbench. Minden elemzés teljes mértékben integrált egyetlen, felhasználóbarát és intuitív szoftver.

Mi az új ebben a kiadásban:

fejlesztések

• frissítve a restrikciós enzim lista Rebase. & nbsp;

• Javítva egy probléma futó BLAST MacOS Sierra.
• Frissítve Pfam kapcsolatok & nbsp; által jelentett Pfam Domain Search eszköz.
• Javítva egy probléma bevezetett & nbsp; CLC Main Workbench 7.7.2 ahol felsorolt ​​enzimek betűrendben után RdeGBI hiányoztak metiláció információ
• Különböző kisebb hibajavítás.

Mi az új verzió 7.7.2:

A munkafolyamatok

• Munkafolyamat kimenet lehet konfigurálni, hogy almappákat tartalmazza a kimenetek létre.
• New helyőrzők állnak rendelkezésre, ha definiálunk egy munkafolyamat kimenetek: {user}, {host}, és az elemek az időbélyeg a kimeneti objektum {év}, {hónap}, {nap}, {óra} {perc}, {} második.
• Placeholders belül munkafolyamat kimenet nevek, amelyek korábban csak a számjegy most meg az írott neveket: {name} szinonimája {1} és {bemeneti} egy szinonimái {2}.
• 
  

  Ha a {2} helyőrzőjére egyedi elnevezés a munkafolyamat hajtott elemeket csak kinyitotta bemenetek szerepelni fog a generált névvel.

  
  
• 
  

  A generált pdf mutatja az összes beállított paraméterek egy munkafolyamat, szövegrészek paraméterek csatlakozik egy eszköz vagy egy bemeneti elem most felsorolja azoknak a meghatározó eleme. Korábban a paraméter listát az ilyen elemeket üresen marad.

  
  
• 
  

  Ha egy eszköz neve megváltozott a munkafolyamat, az eredeti név már bekerültek mellett a megváltozott nevét, amikor az exportáló munkafolyamat paramétereket.

• 
  

  A történet nézetét adatelemek segítségével létrehozott egy munkafolyamat most információkat tartalmaz a munkafolyamat, amely létrehozta őket.

  
  
• Az, hogy a szerszámokat a munkafolyamat "Add Element" menü már megegyezik a rendet a Workbench Toolbox menü.
• Továbbfejlesztett munkafolyamat érvényesítés, hogy segítse a felhasználót azonosító adatokat is, amelyek nem lesznek figyelembe véve konfigurációja miatt a munkafolyamat elemeit.

& nbsp;

& nbsp;

• A Gyorsindítás mostmár alatt található a Toolbox menü helyett a Nézet menü egy gombot a Launch, hogy behozza ezt az eszközt adunk az eszköztár.

• Elemzések most indult adatelemek felsorolt ​​eredmények táblázata a Helyi keresés az elemek kiválasztása az érdeklődés, jobb kattintással az egérrel, és navigálás a megjelenő helyi menüben.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp; "Remove Association (ok)" opciót eltávolítására metaadatok egyesületek kiválasztott adatelemek került bűn a metaadat elemek nézetben egy jobb klikk menüből.

• A Metaadatok Find Associated Data megtekintéshez most is lehet használni Find in Navigációs terület, amikor több sorban vannak kiválasztva.

  
  
• Az importálás a metaadatokat tartalmazó táblázatot képletek, az eredmény értékelésének képlet (ez jelenik meg az Excel) import helyett a formula is.

& nbsp;

• Minden NCBI szerver kommunikáció most titkosítva. (NCBI lesz mozgás minden webes szolgáltatásokat a HTTPS protokoll szeptember 30, 2016). & Nbsp;

  
  

• A lista az enzimek előre telepített a munkapad & nbsp; frissítettük Rebase.

  
  

• Ez az opció "nem listán" bevezetésre került az új tábla szűrési lehetőség.

  
  

• Read-részletek most látható a Element Info kilátás szekvencia listákat.

  
  

• GenBank import most is lehetővé teszi a fájlneveket "GBFF kiterjesztést.

  
  

• A "Sort mappa" eszköz most használja numerikus szortírozás a fájlnevek elé egy számot.

• New helyőrzők állnak rendelkezésre, ha definiálunk egy exportőr kimenet: & nbsp; {User} & nbsp; {host}, és az elemek az időbélyeg a kimeneti objektum {év} & nbsp; {hónap} & nbsp; {nap} & nbsp; {óra, & nbsp; {minute} & nbsp; {} második. & nbsp;
• Placeholders belül kiviteli kimenet nevek, amelyek korábban csak a számjegy most meg az írott neveket: {bemeneti} szinonimája {1}, {kiterjesztés} szinonimája {2} és {számláló} egy szinonimája {3}.

Mi az új verzió 7.7.1:

• Javítva egy probléma, hogy merült fel, amikor a végrehajtó munkafolyamatok több bemenettel batch változások esetén az előre meghatározott, fix be- során megadott dob ​​folyamat nem alkalmaznák.
• Javítva egy probléma, ahol a motívum keresése eszköz hibásan jelezte, minden mérkőzés pontossága, akár 0% vagy 100%.
• Javítva egy probléma, ahol a válogatás egy mappa mentése közben bele válthatna hibát.
• Javítva egy hiba a szakaszos üzemmódban párbeszédablakban vezetne hibaüzenetet kapcsolatos problémák a mögöttes adatállomány vagy helyen fordultak elő.

Mi az új verzió 7.7:

Import Metaadatok - alapanyagok és egyszerű metaadat import. Ez az eszköz kiegészíti a rendelkezésre álló eszközöket, a metaadat táblázat szerkesztő.

Mi az új verzió 7.6.4:

• Javítva egy hiba, ha a keresés a szekvenciák NKB eszköz nem lenne képes letölteni nukleotid szekvenciák a következő hibaüzenetet: "Az alábbi szekvenciák nem voltak helyesen letöltött.
• Javítva egy probléma a BLAST NCBI lépése létrehozása Protein jelentés eszköz.
• Javítva egy probléma, ami közben hibát VCF export, ahol az érintett adatok eredetileg importált VCF fájlokat, és az értékeket a QUAL területen voltak zárva. & Nbsp;
• Export lebegőpontos (decimális) szám vcf & nbsp; formátum korábban függ a konkrét locale. Ez ki lett javítva, így a & nbsp; tizedesjellel & nbsp; most már mindig van egy pont.
• szűrhetik jogú metaadat, a napló most megmutatja, hogy melyik metaadat sorok nem jár semmilyen adatot.
• Javítva egy hiba, amely megakadályozta, hogy a metaadatok kézi információk elérhetők a Workbench.
• Javítva egy hiba, ha csinál automatikus egyesület egy metaadat táblázat tárolt CLC Server nem sikerül.
• Automatikus társulása metaadatok már kezeli társulás alapján előtagja a adatnevekkel meglehetősen pontos és megfelelő az egész adatok név.
• A metaadat táblázat már nem kell a kulcs oszlop sorai kézzel kell társított adatelemek.
• Az egyik lehetőség, hogy felülbírálja a metaadatok szerepek korábban látható a konfigurációs munkafolyamat kimenetek eltávolítjuk.
• Javítva egy hiba történik, amikor egy Workbench Adatok helye mutatott, a fájlt a rendszer helyett egy mappát. Most megjelenik a nem érhető el a Workbench navigációs területen.
• Bekapcsolt eszközleírásai összes paraméter beállításakor és végrehajtó munkafolyamatokat.
• A bejelentkezési folyamat egy Workbench CLC Server most kell teljes megnyitása előtt egy CLC url kezdődik.
• Fix probléma a Mac, ha a Workbench nem ismerték fel, mint az egyéni protokollkezelőt CLC: // URL-címeket.
• megoldott egy ritka kivétel előforduló lehetne indítása a nézetben egy dupla kattintással.

Mi az új verzió 7.6.3:

Az új funkciók és fejlesztések

• Adagoló kiválasztott elemek most már lehetséges: régen korlátozni kell a kiválasztott mappák.
• Egy most válassza ki a "EST", mint adatbázis használatakor a keresés a szekvenciákat az NCBI eszköz.
• A hierarchikus klaszterezést Minták eszköz most már végre részeként munkafolyamatok és a szerveren.
• Továbbfejlesztett memóriakezelés kezelésekor nagy jelentés elemekkel.
• Tooltips levelein filogenetikai fák jelenítenek meg egy leírást a csatolt szekvencia.
• A számok nem csatolt a nevét munkafolyamat elemek létrehozásakor egy példányát munkafolyamat segítségével "Open másolata Workflow".
• Metadata Management. Kövesse nyomon a bemeneti fájlok és az import metainformációinak a minták.

hibajavítások

• Javítva egy ritka előforduló probléma, ha a Workbench lenne egy hibaüzenetet jelenít meg, ha a telepítés egy 3rd party engedéllyel plugin.
• Javítva egy probléma, ha egy adatot egy robbanás eredménye a táblázatot kiemelje a rossz beállítás a robbanás szerkesztő, ha az asztal volna szűrni, vagy válogatni.
• Javítva egy probléma, ha rákattint egy feljegyzést a primerek tervezésére szerkesztő kelthetnek hibaüzenetet.
• Javítva egy probléma, ahol megjegyzéseket, hogy felölelik a végén egy kör alakú szekvencia lenne helytelenül elhelyezett kör alakú Sequence megtekintése.
• Javítva egy hiba, ami miatt a munkapad befagyasztására, ha bizonyos szekvenciákat megjelenő körkörös kilátás radiális rendering címkék.
• Fix exportált jelentések, amelyek a rossz szerzője bizonyos helyzetekben.
• Javítva egy probléma, amellyel létrehozása Box Plot és Principal Component Analysis olykor futtatható illegális érveket, ami egy hibaüzenet.
• A kimenet a fordított kiegészítő szekvencia eszközt most megkapja az utótag -RC csatolt nevét input helyett -1 előtt.
• Javítva egy hiba a másodlagos szerkezet előrejelzésére eszköz, ha a lehetőséget, hogy kiszámítja a partíciós függvény került kiválasztásra a hosszú molekulák (& gt; 1000 nukleotid).
• Javítva egy probléma, ha az ember nem nagyítás után kizoomolódik teljesen nagyon nagy munkafolyamatokat.
• Javítva olyan kérdés, amely megakadályozta a gyökér mappát Windows hajtások használják, mint a File Location.
• Javítva egy probléma, ha meglévő tartalom frissítésekor a telepítést a Windows vezetne .vmoptions fájl törölve, ami a Workbench fut az alapértelmezett Java konfiguráció.

Mi az új 7.6.2-es verziójának:

• Added a mű körül a java kérdés, hogy néha eredményezett a Workbench kijelzésére uninformative hibát és újraindítás szükségessége, hogy folytassa.
• Javítva egy probléma fut BLAST NCBI ha egy NCBI generált hibaüzenet jelenik meg a CPU-használat határérték túllépésének nem számoltak átlátható és eredményeként a "nincs találat" volt, hogy számolt helyett.
• A javítást alkalmaztak, hogy elkerüljék egy kivételt, amelyek során a razzia a letöltött fájlokat a BLAST sikerült.
• A Fordított Fordítás eszköz figyelmen kívül hagyták a genetikai kód meghatározott kodongyakoriság táblákat. Minden vissza fordítását így alapértelmezés szerint a standard genetikai kód.
• Amikor telepítünk egy munkafolyamatot csomagban adatok már nem lehet választani csak olvasható mappában tárolja az adatokat.
• Hibás kijelző "Támogatott formátum", amikor az exportáló elemek sem a mappa szerkesztő vagy a Local Search szerkesztő.
• Fix potenciális hibás fájl nem menthető, ha fájl szerkesztésével, megtalált a Local Search szerkesztő.
• parcellák belső jelentések már kimutatható a mentett oldali panel beállításait.
• Fix megtakarítás másik vonal színek parcellákban az oldallap.
• Oldallap lehetőség megmutatni legendák egy telken több mint 10 minta van kapcsolva.
• Javítva egy probléma vezetett egy hiba, amikor rendering telek üres adatsorok.
• Javítva egy probléma, ha a "Lomtár ürítése" opció volt néha helytelenül nem érhető el.

Mi az új verzió 7.6.1:

• A GTF exportőr már elérhető a Main Workbench.
• transcriptomics kísérlet Mintatáblák most lehet válogatni, még nagy számú sor.
• Továbbfejlesztett Excel, HTML és TXT export változatok (Válassza csak a kommentárok / a szükséges oszlopokat).

• Javítva egy hiba befolyásolja a "Cut Sequence előtte / utána Selection" eszköz a klónozás szerkesztő.
• Javítva, amikor a bal kattintson gyorsan követi a jobb gombbal értelmezték, kattintson duplán OS X (a perzisztencia találati listában, az eszköztár fa, és a munkafolyamat szerkesztő).

Mi az új verzió 7.6:

• Számok:
  • A következetes kimenetet, amikor gazdagítja variáns pályák és kommentár pályák extra táblaoszlopok. Output számokat ezek az eszközök ma már ugyanannyi hozzáadott táblázat oszlopok és oszlopok mindig ugyanabban a sorrendben. Korábban, ha a hozzáadott oszlop volt üres érték az összes változat sor, akkor már eltávolították a döntő asztalra, ami változó számú és relatív sorrendje további oszlopokat, ha több minta került feldolgozásra az azonos eszközök / munkafolyamatokat. Minden oszlop megmarad most, megkönnyítve a későbbi feldolgozás exportált asztalok, és amely azonnali vizuális referencia, hogy az alkoholtartalom / kommentár eszközök kerültek alkalmazásra, akkor is, ha nem hozott eredményt egy adott minta.
  • asztalok változat pályák és kommentár pályák most már rendezési és szűrési oszlopok tartalmazó cellákat több számot.
  • Továbbfejlesztett pálya nézőt változat követi, hogy bemutassák a sorrend megváltoztatását a renderelt változat.
  • Graph pályája most mutatnak negatív értékeket töltött felfelé y = 0 (a várakozásoknak megfelelően).
  • A megnövekedett tizedesjegyek számát, amikor az exportáló táblázatot CSV, TXT szöveget, és az Excel.
  • Továbbfejlesztett jelentési kapcsolatos hibák száma alacsony lemezterület.
  
  

Mi az új 7.5.1-es verzióban:

• Ez most lehetséges, hogy a munkafolyamat nélkül egy opcionális bemenettel.
• Az AAC eszköz nem jegyzetekkel variánsok 3 'UTR azok DNS-szint változás a nehéz tehergépjárművek c.xxx formátumban. Ez befolyásolja semmilyen elemzést végzett Gx 7.5 vagy korábbi alapuló EnsEMBL CDS pályák régebbi versons. Az AAC elemzést kell ismételni a Gx 7.5.1 helyes magyarázat.
• Pfam szűrés javították. Korábban Pfam csak számolt be az első tartomány minden típusú lekérdezés, és ennek következtében sok területen hiányoznának. Javasoljuk, hogy a felhasználók, akiknek kutatási függ Pfam kommentárok újra futtatni az eszközt a saját adatait.
• Javítva egy hiba a "Maximum Likelihood Phylogeny" eszköz, amely nem előállításakor bootstrap értékeket bizonyos bemeneti illesztés.
• Fix probléma görgetés az érintett fájlokat, ha kiválasztja a tárgyak paraméterek szerszám varázslók.
• A robbanás szöveges eredmények javultak így mutatják a helyes lekérdezést, és alanyi pozíciók tekintet szál.
• Javítva a probléma, amely megakadályozta, hogy a BLAST műveletek kiválasztása során, ha ezeket a CLC Server.
• Ez most lehetséges, hogy a munkafolyamat nélkül egy opcionális bemenettel.