The Chemistry Development Kit

Szoftver screenshot:
The Chemistry Development Kit
Szoftver adatai:
Változat: 1.5.13 Frissítve
Feltöltés dátuma: 26 Apr 16
Fejlesztő: The CDK Project
Engedély: Ingyenes
Népszerűség: 36

Rating: 3.7/5 (Total Votes: 3)

A Chemistry Development Kit (más néven CDK) egy platform-független, szabadon terjeszthető és nyílt forráskódú könyvtári szoftver végre Java és speciálisan szerkezeti bioinformatika, cheminformatics és számítógépes kémia.

A projekt magában foglalja a különböző hasznos algoritmusok és adatszerkezetek szabott kifejezetten programozók számára, akik szeretnék menteni egy csomó időt és energiát újrafelhasználása kódot. A Chemistry Development Kit nem tervezték, hogy kell használni a végfelhasználók.


Jellemzők dióhéjban

A legfontosabb funkciók között szerepel az olvasás és írás kémiai adatok formátumok támogatása teszi kémiai szerkezetét, támogatja a QSAR (Quantitative Structure & ndash; aktivitás kapcsolat) jellemzőket, valamint a beépített algoritmusok támogató kémiai gráfelmélet.

Az Ön kényelme érdekében a kérelmet terjesztett mint előre beépített bináris a JAR fájl formátum. Ahhoz, hogy használni a projektben, egyszerűen töltse le a legújabb stabil verziót Softoware segítségével a fenti linkre, ahol akkor is megtalálja a program-ezte s forrás csomag.

A programozók talál részletes információt arról, hogyan fordíthatjuk le a programot forrásból, hogyan kell futtatni a különböző vizsgálatok, valamint azt, hogyan kell használni más programokban a readme.txt fájlban helyezkedik el a tar.gz archívum.


A motorháztető alatt és a támogatott operációs rendszerek

Egy pillantást a motorháztető alatt a CDK (Chemistry Development Kit) szoftver, megemlíthetjük, hogy meg van írva teljesen Java programozási nyelv.

Jelenleg ez teljes mértékben kompatibilis a 32-bites és 64-bites ízek a GNU / Linux, Microsoft Windows és a Mac OS X operációs rendszerekkel. Ugyanakkor meg kell dolgozni minden OS által támogatott Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; és a Java Development Kit (JDK) & nbsp; technológiákat.

Mi az új ebben a kiadásban:

  • a hivatalos vádemelés a IAtomcontainer kerül át a IMolecularFormula
  • Javítva 2787332 A régi kötés tömböt az Gasteiger díj számítás beállítása
  • Frissítve kijavítani hibát 2788357 SMARTSQueryTool most elkapja TokenMgrError a CONSTRUC
  • Hozzáadott új taglet feldolgozni cdk.githash tag és a link Javadocs forrásokkal Git repo
  • Frissítve cdk.svnrev címkék cdk.githash címkék
  • Bug_2787332. Hozzáadott teszt a triklozán molekula (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Eltávolított elavult megjelenítő kód: vagy használat cdk-1.0.x vagy jchempaint elsődleges
  • Added teszt hiba 2786624 az értelmező tesztsorozat
  • Added linkek PMD oldalak
  • Added linket JUnit statisztika
  • Added osztályok jegyzékét a modul, a linkeket éjszaka @ Pele
  • Added létre előállító modul HTML oldalakat
  • Added létre előállító modul HTML oldalakat

Mi az új verzió 1.5.10:

  • A hivatalos vádemelés a IAtomcontainer kerül át a IMolecularFormula
  • Javítva 2787332 A régi kötés tömböt az Gasteiger díj számítás beállítása
  • Frissítve kijavítani hibát 2788357 SMARTSQueryTool most elkapja TokenMgrError a CONSTRUC
  • Hozzáadott új taglet feldolgozni cdk.githash tag és a link Javadocs forrásokkal Git repo
  • Frissítve cdk.svnrev címkék cdk.githash címkék
  • Bug_2787332. Hozzáadott teszt a triklozán molekula (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Eltávolított elavult megjelenítő kód: vagy használat cdk-1.0.x vagy jchempaint elsődleges
  • Added teszt hiba 2786624 az értelmező tesztsorozat
  • Added linkek PMD oldalak
  • Added linket JUnit statisztika
  • Added osztályok jegyzékét a modul, a linkeket éjszaka @ Pele
  • Added létre előállító modul HTML oldalakat
  • Added létre előállító modul HTML oldalakat

Mi az új verzió 1.2.2:

  • Rögzített linkeket. Szuboptimális, mint az út még mindig beégetett egyetlen éjszaka például, de nincs az XML keret még összefoglalni a dolgokat egész éjszakai kiadások (futás
  • A frissített verzió száma
  • Added vizsgálat annak biztosítására IAtomContainers nem lopakodott a via IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
  • felülírt addAtomContainer (IAtomContainer, dupla) is dobni egy IllegalArgumentException ha nem IMolecule vezetünk
  • Most dob ​​IllegalArgumentException amikor megpróbálták tárolására IAtomContainer amely nem IMolecule
  • Added egység teszt # 2784182
  • új vizsgálati respine
  • Added taglets menetvágásához biztonsági
  • Egy atom vagy kevesebb, mi határozza meg, hogy kell csatlakoztatni, mivel nincs particionálás szükség (javítások # 2784209, NullPointerException on IAtomContainer nélkül atomok)
  • Added egység teszt hiba # 2784209 jelenleg nem
  • További eltávolítása explicit org.openscience.cdk csomag neve: dob kikötések
  • További eltávolítása explicit org.openscience.cdk csomag neve
  • További eltávolítása explicit org.openscience.cdk csomag neve: Új org.openscience.cdk.Foo () hívások
  • Az eltávolított explicit org.openscience.cdk.interfaces csomagok nevei (javítások # 2783549)
  • Az eltávolított explicit csomag neve, Az import javára, az org.openscience.cdk a datadebug modul (javítások # 2783549)
  • Az eltávolított explicit csomag neve, Az import javára, az org.openscience.cdk az adatok modul (javítások # 2783549)
  • kitörési rekurzió opció AllRingsFinder
  • Kivonás a húr elemi formula a díj.
  • Kivonás a húr elemi formula a díj.
  • Controller a tömeg, amikor kikerül a tartomány
  • Frissítve intelligens hozzá H egy PLANAR3 N rögzíti bug 2781199
  • Added próbájának hiba 2781199
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
  • Added egység teszt, hogy biztosítsák SD mezők olvasni az összes molekulák
  • szét teszt
  • Új fájlok
  • további vizsgálatok CML olvasás
  • Added egység teszt # 1848591 téves Murcko keret
  • Fix öntött, kiküszöbölhetők a felesleges teljes csomag neve
  • Added egység teszt # 2692107
  • Fix elírás: hiányzik az "s"

Mi az új 1.2.1-es verzióban:

  • Javítva 2.714.283, amely megfelelő kivételt dob, ha gyűrűk nem zárt rendesen. Ha a gyűrű nem zárt a megfelelő számú csengetés, InvalidSmilesException lendül. Mérkőzések Daylight viselkedés
  • Javítva 2729120 és hozzáadott egység teszt
  • Frissítve megjegyzést rögzíteni bug 2.768.643.
  • Részleges javítás bug 2719237. Made getBondOrderSum statikus, hozzáadott egység teszt érte
  • Typo: proteinl - & gt; protein
  • Made osztály nyilvános, hogy gyógyítsd hozzátéve, hogy a build / *. Javafiles
  • Részben rögzített SMARTS egyeztetéséhez R0. Frissítve célmolekula inicializálás kifejezetten jelzi atomok nem a gyűrűt, és frissítette RingMembership atom, hogy nem egy konkrét ellenőrzés, amikor R0 van megadva. Részben javítások bug 2587204
  • Fix kétes egyenlőség vizsgálatot. A saját módszert ellenőrzése Double tárgyakat a referencia. Jól működött, amikor ők voltak null. Meghiúsul, amikor össze kell hasonlítania az érték. Kód frissült, hogy vegye figyelembe. Hozzáadott egység teszt (és így a módszer védett, így lehet tesztelni)
  • Added vizsgálati módszer kommentár. Befejeződött a lefedettség adatmodulhoz
  • refactored ChiIndexUtils, hogy ez a csomag magán. Megtisztítja nyilvános API, mivel csak használja chi leíró kódot. Frissítve minden függő osztályok. Mozgott teszt kód (amelyet meg kell tölteni!), Valamint
  • Kód razzia ChiIndexUtils. Átalakított 1,5 kifejezéseket
  • A tiszta fel PathTools és hozzáadott vizsgálati módszer kommentár, így a mag teljesen fedi
  • Fix előző elkövetni, hogy módosítsa a cdk.keyword vonal, nem a cdk.module sor
  • További következetes kulcsszavak
  • Added egy teszt, hogy Integer objektum összehasonlításra érték helyett hivatkozás
  • Added próbájának ellenőrizni, hogy atom konténer diff helyes használata deserialized tárgyak
  • Fix IntegerDifference úgy, hogy ténylegesen ellenőrzi egész értéket helyett hivatkozás az Egész objektum. Megoldja a problémát, amellyel egy tárgy sorozatban lemezre, majd deserialized nem egyezik az eredeti objektumot (azaz nem üres diff karakterlánc)
  • Applied patch # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch, aki removeReaction hogy reactionSet
  • A felület helyett a végrehajtás
  • Az eltávolított egy használaton kívüli import
  • A IAtomContainer helyett IMolecule, mivel a tényleges egyezés használatával IAtomContainers már (javítások # 2686249)
  • Javítva egy ClassCastException (javítások # 2685134)
  • Added forrás attrib kijavítani az épület az Ubuntu .deb
  • Fix segítsen rendszer: használja Doclet üvegeket develjar /; frissítették az új src mappa src / fő; eltávolított nagyon elavult használatát rt.jar
  • Az eltávolított libdepends közé tartoznak teszt-ioformats, amely valójában nem rendelkezik libdepends
  • frissítve, így ha a cél atom nincs szimbólum (például ál atomok) a mérkőzés hamis értékkel tér vissza (és nem egy NPE)
  • Fix megfelelő kezelését #n SMARTTM querys
  • Added próbájának hiba 2686473
  • Added megjegyzés Ant 1.7.1 szükséges
  • Javítva egy NPE forrás: "null == 2 'kivételt okoz, ezért először teszt nullness
  • Fix szerzői jogi nyilatkozatot 2009
  • Fix duplikált tárolása sablon, ami csak tartozik az SDG modul nem extra modult is
  • Merge ág "local1.2" A ../../ git-svn / cdk

Mi az új verzió 1.2.0:

  • Javítva néhány SMARTS elemzés problémát, használja a két -letter szimbólumok és IPseudoAtom a Fingerprinter, és hozzáteszi, 4 új atom-meghatározások, a jód és kén.

Mi az új verzió 1.1.5:

  • Többnyire hibajavítások.

Mi az új verzió 1.1.4:

  • Többnyire kis hibajavítás.

Mi az új 1.1.1-es verzió:

  • Többnyire kis hibajavítás és általános kód megtisztítása.

Mi az új 1.1.0 verzió:

  • Sok-sok változás.

Követelmények :

  • Java 2 Standard Edition Runtime Environment

Hasonló program

Fityk
Fityk

20 Feb 15

GAMGI
GAMGI

22 Jun 18

gElemental
gElemental

2 Jun 15

ProtoFit
ProtoFit

3 Jun 15

Hozzászólások a The Chemistry Development Kit

Hozzászólás nem található
Megjegyzés hozzáadása
Kapcsolja be a képeket!