CWC Simulator

CWC Simulator egy C ++ végrehajtása CWC, a fogkő képviseletére és szimuláció a biológiai rendszerek. & Nbsp; A sikeres telepítés után (lásd telepítés) akkor képes lesz futtatni szimulációk alatt CWC modellek, amint azt a néhány példát (lásd a példákat /).
(Command-line) Interface
Mivel generikus felhasználó, le kell futtatni:

-i model.cwc
-o
-t
-s
-n
-c
--qt-küszöb
-q
-w
Hol:
- a neve a végrehajtható (alapértelmezett: scwc);
& Nbsp; - model.cwc a bemeneti CWC programot (lásd a példákat);
& Nbsp; - statisztikák az output-fájlok prefix;
& Nbsp; - a szimulációs-határidőn;
& Nbsp; - a mintavételi időszakban (azaz 0,12 kap 250 pontot határidő = 30);
& Nbsp; - az példányainak számát szimuláció;
& Nbsp; - a klaszterek számát k-means
& Nbsp; - a küszöböt QT csoportosítás
& Nbsp; - az a szám, kvantilisek;
& Nbsp; - van általában, hogy megfeleljen a magok száma a rendszer (azaz 4 quad-core CPU).
Output
Az eszköz termel:
- Néhány .dat fájlokat (a mintában kimenet a szimulációk)
- Néhány gnuplot szkriptek felhívni a statisztikai elemzések
Dolgozunk egy átfogó kézikönyvet.

Tulajdonságok :

• Gillespie SSA algoritmus több mint CWC modellek
• Hybrid sztochasztikus / determinisztikus szemantika
• több példánya szimulációs online statisztikákat
• Optimization többmagos architektúrák FastFlow keret
• Extensible statisztikai keretrendszer (átlag-szórás, leszűrjük csoportosítás stb.)
• Több hitelminősítő szemantika (tömeghatás, Michaelis-Menten, Hill stb.)