goby

géb egy Python API olvasásához bináris adatok felhasználásával létrehozott fájlokat a Goby next-gen adatkezelési keretet.
Normális esetben ez a könyvtár csomag része a teljes Goby csomagot, elérhető:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
A csomag tartalmazza a Java forráskód. Ha letöltötte ezt a csomagot PyPI vagy más Python-specifikus forrásra kaphatott csak a Python része a kód.
Fejlesztési Figyelmeztetés!
A Goby Python könyvtárak nem annyira fejlett, mint a Java végrehajtása. Lehet hogy hibás, és nem az a célja, hogy a teljes sor jellemzők, amelyek megtalálhatók a Java verzióját.
Telepítés:
& Nbsp; 1. Győződjön meg róla, hogy Python 2.5 vagy újabb. Ha kétségei vannak, fuss:
python -V
& Nbsp; 2. Töltse le és telepítse a előfeltétele Python csomagok:
& Nbsp; 1. Protocol pufferek
& Nbsp; kapható http://code.google.com/p/protobuf/ vagy PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python csere java.util.Properties
& Nbsp; kapható http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Telepítse a Goby csomag:
python setup.py telepíteni
& Nbsp; Ez a lépés jogosultságokat igényel.
Használat:
Például scriptek vannak bizonyítani, hogyan érhető el a tartalmát Goby fájlok Python.
& Nbsp; * Itt, hogyan kell beolvasni a Goby igazítás file:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(A fájlok basename.entries és basename.header kell lépni.)
& Nbsp; * A következő parancs kiírja a tartalmát egy illesztési fájl szövegként:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * A következő paranccsal tudjuk átalakítani a kompakt olvas fájlt fasta formátumban:
GobyCompactToFasta.py file.compact olvasások
& Nbsp; * A következő parancs kiírja statisztikát tartalmát egy kompakt olvas file:
GobyReadsStats.py file.compact-olvasás

követelmények :

• Python