Jmol

Szoftver screenshot:
Jmol
Szoftver adatai:
Változat: 14.29.14 Frissítve
Feltöltés dátuma: 22 Jun 18
Engedély: Ingyenes
Népszerűség: 93

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

A

Jmol egy nyílt forráskódú, többplatformos és ingyenes grafikus szoftver, amelyet eredetileg úgy tervezték, hogy molekuláris nézőként működjön a 3D kémiai struktúrákban. Négy önálló módban fut, mint egy HTML5 webalkalmazás, egy Java program, egy Java-kisalkalmazás és egy "fej nélküli" szerveroldali összetevő.


Feaures egy pillanat alatt

A legfontosabb funkciók közé tartozik a nagyteljesítményű 3D-s renderelés támogatása anélkül, hogy bármilyen high-end hardvert igényelne, exportálna fájlokat JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ és POV-Ray formátumokká, támogatja az alapvető cellákat, támogatja a RasMol és a Chime szkriptnyelvek, valamint a JavaScript könyvtár.

Ezenkívül a szoftver támogatja az animációkat, felületeket, rezgéseket, orbitálisokat, méréseket, szimmetriát és egységcellás műveleteket és sematikus alakzatokat.


Támogatott fájlformátumok

Jelenleg az alkalmazás számos formátumot támogat, köztük a MOL MDL, a V3000 MDL, az SDF MDL, a CTFile MDL, a CIF, a mmCIF, a CML, az PDB, az XYZ, a XYZ + MOL2, CSF, GAMESS, Gauss, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO és MOPAC.

Emellett a CASTEP, az FHI, a VASP, az ADF, az XSD, az AGL, a DFT, az AMPAC, a WebMO, a PSI3, a CRYSTAL, az MGF, az NWCHEM, az Odydata, a Xodydata, a QOUT, a SHELX, az SMOL, a GRO, a PQR és a JME. .

Támogatja az összes főbb böngészőt

A szoftver sikeresen tesztelt minden nagyobb böngészővel, beleértve a Mozilla Firefoxot, a Google Chrome-ot, az Internet Explorer-t, az Opera-t és a Safarist. A fent említett böngészőalkalmazásokat az összes mainstream operációs rendszeren tesztelték (lásd a következő részt az OSes támogatásához).


Támogatja az összes mainstream operációs rendszert

A Java programnyelvben írt Jmol egy olyan platformfüggetlen alkalmazás, amely minden GNU / Linux disztribúciót, a Microsoft Windows és Mac OS X operációs rendszereket és minden olyan operációs rendszert támogat, ahol a Java Runtime Environment telepítve van. / p>

Újdonság ebben a kiadásban:

  • Javítás: Jmol SMILES nem engedélyezi a beillesztés-kód keresést - ^ & quot; beillesztési kód: [G # 129 ^ A. *]

    • hibajavítás: a Jmol SMILES nem engedélyezi a beillesztés-kód keresést -

    - hozzáadja a "^" beillesztési kód: [G # 129 ^ A. *]

    • hibajavítás: a Jmol SMILES nem engedélyezi a beillesztéshez szükséges beállításokat

    Újdonság kódkeresés - hozzáadja a & quot; ^ & quot; beillesztési kód: [G # 129 ^ A. *]

Az újdonság a 14.6.5 verzióban:

  • hibajavítás: a Jmol SMILES nem engedélyezi a beillesztés-kód keresést - hozzáadja a & quot; ^ & quot; beillesztési kód: [G # 129 ^ A. *]

    • hibajavítás: a Jmol SMILES nem engedélyezi a beillesztéshez szükséges beállításokat

    Újdonság kódkeresés - hozzáadja a & quot; ^ & quot; beillesztési kód: [G # 129 ^ A. *]

Az újdonság a 14.4.4 Build 2016.04.22 verzióban:

  • nincs beállítva a hozzáadott hidrogénekre
  • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
  • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

  • Az újdonság a 14.4.4 Build 2016.04.14 verzióban:

    • nincs beállítva a hozzáadott hidrogénekre
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Az újdonság a 14.4.4 Build 2016.03.31 verzióban:

    • nincs beállítva a hozzáadott hidrogénekre
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Újdonság a 14.4.3 Build 2016.03.02 verzióban:

    • hibajavítás: >
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Az újdonság a 14.4.3 Build 2016.02.28 verzióban:

    • nincs beállítva a hozzáadott hidrogénekre
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Az újdonság a 14.4.2 Build 2016.02.05 verzióban:

    • nincs beállítva a hozzáadott hidrogénekre
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Az újdonság a 14.4.0 Build 2015.12.02 verzióban:

    • nincs beállítva a hozzáadott hidrogénekre
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Újdonság a 14.2.15 verzióban:

    • hibajavítás: a hozzáadott hidrogénekhez nem igazított jelölésmód-készletek
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Az újdonság a 14.2.13 verzióban:

    • hidrogének
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Az újdonság a 14.2.12-es verzióban:

    • hidrogének
    • hibajavítás: 14.3.3_2014.08.02 törött meg mmCIF olvasót
    • hibajavítás: BinaryDocument (Spartan fájl) olvasás törött 14.1.12_2014.03.18

    Az újdonság a 14.1.8 Beta verzióban:

    • új funkció - a cartoonRibose beállítása:
    • a ribóz gyűrűket veszi fel, és a fodrozódó szemüvegek
    • kifejezetten
    • kapcsolódik C4'-C5'-O5'-P-en keresztül
    • a C3'-O3 referenciaként jelzi.
    • kikapcsolja a cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof szegélyeket)
    • letiltva a SET cartoonBaseEdges ON
    • funkciónál
    • Rick Spinney, Ohio állam által javasolt
    • új funkció: az anim keret [a, b, c, d] negatív számokkal működik a tartományok kijelöléséhez:
    • anim keret [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
    • olvasható "1-től 5-ig, majd 10-től 6-ig"
    • új funkció: Tinker fájlolvasó (és FoldingXYZ olvasó frissítése):
    • A Tinker :: használható, de ez csak akkor szükséges, ha az első sor JUST atomCount
    • beilleszti az idősebb Tinker formátumot az atomCount
    • n-1 atomokkal
    • lehetővé teszi a pályák és a kívánt modell számát
    • új funkció: (valójában 13.1, de nem dokumentált) animációs keret [51 50 49 48 47 46 45 (stb.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (stb.)
    • új funkció: x = összehasonlítás ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
    • új tulajdonság: x = összehasonlítás ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "mind")
    • új tulajdonság: x = összehasonlítás ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "legjobb")
    • új tulajdonság: x = összehasonlítás ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
    • új tulajdonság: x = összehasonlítás ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
    • új funkció - x = összehasonlítás ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
    • generál egy vagy több korrelációs listát a nem aromás SMILES alapján
    • adott esetben magában foglalja a H atomokat
    • opcionálisan minden lehetséges atom leképezést generál
    • visszatér int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
    • ahol az a és bn egész atomindexek, vagy ha az "all" lehetőség van kiválasztva.
    • az alábbiak egy atomkorrelációs térképet generálnak két struktúrára, ideértve a hidrogénatomokat is: "a.mol" & Quot; b.mol & quot; x = összehasonlítás ({1}} {2.1} "MAP" "H")
    • a következő összehasonlítja a koffein modelljét az NCI-ből a PubChem-től:
    • terhelje $ koffeint, terhelje hozzá: koffein, keret *
    • válassza a 2.1-et; címke% [atomIndex]
    • hasonlítsa össze a {1.1} {2.1} SMILES forgatható fordítást
    • x = összehasonlítás ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
    • (a x-ben) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; select atomindex = a1; címke @ a2}
    • új szolgáltatás: összehasonlítása {model1} {model2} SMILES:
    • nem kell megadni a SMILES-t; A Jmol létrehozhatja azt a {model1} -ből
    • új funkció: x = {*}. találat ("SMILES", "H"):
    • generál SMILES explicit H atomokkal
    • hibajavítás: substructure () függvény a SMARES helyett a SMARTS helyett csak teljes struktúrák;
    • hibajavítás: jobb hibacsapás és üzenetek a SMILES-módszerekkel
    • hibajavítás: a wemost.exe és a jsmol.zip elérési útvonalának webexport felfedezése robusztusabb.
    • hibajavítás: getProperty kivonatModellek nem felelnek meg a részhalmaznak
    • hibajavítás: set pdbGetHeader TRUE nem rögzíti a REMARK3 REMARK290 REMARK350
    • hibajavítás: a getProperty ("JSON", ....) értéket kell beírnia {value: ...}
    • hibajavítás: MO perzisztens transzlucencia 11.x felbontásban
    • hibajavítás: megjelenítés MENU írása MENU betöltése MENU mindent törött 12.2
    • hibajavítás: {*} [n] üres legyen, ha nAtoms

    Az újdonság a 14.0.7-es verzióban:

    • unitcell és echo renderelés, getProperty

    Az újdonság a 14.0.5 verzióban:

    • Hibajavítás: LCAOCartoon áttetszőség törött
    • Hibajavítás: áttetsző gerinc törött
    • Hibajavítás: pqr, p2n olvasók töröttek
    • Hibajavítás: az isorseface térkép tulajdonsága xxx sikertelen, ha a felszín olyan töredék, amely (valahogy) egy olyan ponttal rendelkezik, amely nem kapcsolódik egy mögöttes atomhoz.

    Az újdonság a 14.1.5 Beta verzióban:

    • Javítás: LCAOCartoon áttetszőség törött
    • hibajavítás: áttetsző gerinc törött
    • hibajavítás: pqr, p2n olvasók töröttek
    • hibajavítás: az isosisface map tulajdonsága xxx sikertelen, ha a felszín olyan töredék, amely (valahogy) van olyan pontja, amely nem kapcsolódik egy mögöttes atomhoz.

    Az újdonság a 14.0.4-es verzióban:

    • Hibajavítás: PDB byChain, bySymop nem támogatott.

    Újdonság a 14.0.2-es verzióban:

    • hibajavítás: modulálás nem különbözteti meg a q és a t;
    • hibajavítás: modulált mérések nem működnek
    • hibajavítás: nem hagyja el a set defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
    • hibajavítás: az isorseface térkép atomi orbitális sikertelen
    • hibajavítás: a moduláció vibrációs megjelenítése a távolságokkal nem frissül
    • hibajavítás: a rezgés kikapcsolása felesleges figyelmeztetést okoz a konzolban
    • hibajavítás: rajzolás a symop hibás
    • hibajavítás: array.mul (matrix3f) összeomlik a Jmol
    • hibajavítás: válasszon symop = 1555 törött
    • hibajavítás: a szedés a dragSelected nem működik
    • kód: refactored CifReader, az MMCifReader és az MSCifReader kód elkülönítése: a módszerek kisebb átnevezése / újratervezése SV-ben
    • kód: javajs.api.JSONE kódolható felületet ad hozzá
    • szuper egyszerű megvalósítás az org.jmol.script.SV-ben

    • A
    • lehetővé teszi, hogy a javajsok egyedi JSON-eredményeket juttassanak el

    Újdonság a 14.1.2 Beta verzióban:

    • új funkció: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, kifejezés):
    • jobb, mint a Jmol.evaluate, mert az eredmény egy JavaScript változó, nem pedig egy karakterlánc.
    • MEGSZAKÍTÁSA JSmol api Jmol.evaluate (applet, kifejezés)
    • új funkció: getProperty ("JSON", ....):
    • visszaadja a JSON kódot a tulajdonhoz
    • engedélyezi a JavaScriptet: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot;, & quot; néhány kifejezés) "
    • új funkció: getProperty variableInfo:
    • lehetővé teszi a változók lekérését Java vagy JSON formátumban
    • értékeli az
    • kifejezést
    • alapértelmezés szerint "mindegyik" & quot;
    • új funkció: a modulálás q és t állítható, legfeljebb d = 3:
    • moduláció be / ki (összes atom)
    • moduáció {atomkészlet} be / ki
    • moduláció int q-offset
    • moduláció x.x t-offset
    • moduláció {t1 t2 t3}
    • moduláció {q1 q2 q3} TRUE
    • új funkció: kiválasztott lista:
    • a legutóbb kiválasztott atomok sorrendje

    • A
    • ugyanazt használhatja, mint a PICKED változó, de ez sorrendben történik, nem időlegesen
    • a struktúra kétszer kattintva törli a listát
    • @ {pickedList} [0] legutóbb kiválasztott atom
    • @ {pickedList} [- 1] következő legutóbb kiválasztott atom
    • @ {pickedList} [- 1] [0] utolsó két kiválasztott atom
    • új funkció: array.pop (), array.push () - hasonló a JavaScripthez
    • új szolgáltatás: modulációs skála x.x
    • új szolgáltatás: felirat: & quot; xxxxx & quot; x.x - másodpercenkénti futtatás
    • új tulajdonság: moduláció 0.2 // beállítja a t-értéket
    • új szolgáltatás: array.pop (), array.push (x)
    • a = []; a.push ("tesztelés"); print a.pop ()
    • új funkció: válassza ki az ON / OFF atom-készletet:
    • be / ki kapcsolót választ, valamint a kijelölést
    • csak kényelem
    • új szolgáltatás: pt1.mul3 (pt2):
    • visszatér {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
    • ha mindkettő nem pont, akkor egyszerű multiplikációra tér vissza
    • új reature: array.mul3 (pt2) - a mul3-ot a tömb minden elemére alkalmazza
    • új tulajdonság: {atomset} .moduláció (típus, t):
    • a P3 (elmozdulásmóduláció)
    • szolgáltatást nyújtja
    • csak a type = "D" (Opcionális)
    • opcionális t alapértelmezés szerint 0
    • hibajavítás: modulálás nem különbözteti meg a q és a t;
    • hibajavítás: modulált mérések nem működnek
    • hibajavítás: nem hagyja el a set defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
    • hibajavítás: az isosurface térkép atomi orbitális hiba
    • hibajavítás: a moduláció vibrációs megjelenítése távolságokkal nem frissül
    • hibajavítás: a rezgés kikapcsolása felesleges figyelmeztetést okoz a konzolban
    • hibajavítás: rajzolás a symop hibás
    • hibajavítás: array.mul (matrix3f) összeomlik a Jmol
    • hibajavítás: válassza ki a symop = 1555 törött hibajavítást: állítsa be a pickSet kijelölt nem működik
    • kód: refactored CifReader, az MMCifReader és az MSCifeader elválasztása
    • kód: a módszerek kisebb átnevezése / újratervezése SV-ben
    • kód: javajs.api.JSONE kódolható felületet ad:
    • szuper egyszerű megvalósítás az org.jmol.script.SV-ben

    • A
    • lehetővé teszi, hogy a javajsok egyedi JSON-eredményeket juttassanak el

    Újdonság a 14.0.1 verzióban:

    • új szolgáltatás: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (alapértelmezett 55)
    • új funkció: load () függvény, mint a nyomtatási terhelésnél (& quot; xxx & quot;), korlátozott helyi fájlolvasás az appletben:
    • nincs root-könyvtárfájl
    • kiterjesztés nélküli fájlok
    • Nincsenek olyan fájlok, amelyek "&. / quot; az útvonalon
    • új funkció: JAR fájlok biztonságosan aláírva
    • új szolgáltatás: az applet JAR fájlok közé tartozik a JNLP (Java Network Launch Protocols) helyi fájlok betöltése
    • új szolgáltatás: JSmol URL opciók _USE = _JAR = _J2S = felülírja az adatait
    • új tulajdonság: (jelen volt, de dokumentálatlan) print quaternion ([kvaternion tömb]) - gömbölyű átlag visszatér a la Buss és Fillmore
    • új szolgáltatás: print quaternion ([quaternion tömb], true):
    • visszaadja a szórást a gömbszerű átlag a la Buss és a Fillmore
    • szórással
    • egységek szögfokú fokozatok
    • új tulajdonság - a quaternion modulus értékek:
    • print quaternion (1,0,0,0)% "mátrix"
    • opciók: w x y z normál eulerzxz eulerzyz vektor theta tengely axis tengely tengely tengely mátrix
    • ew szolgáltatás - a celShadingPower beállítása:

    • A
    • a cel sötétedés erejét határozza meg
    • egész értékek
    • Az alapértelmezett 10 egy vastag vonal
    • 5 egy finom vonal
    • 0 fordulatot cel varázslatos ki
    • A
    • negatív érték eltávolítja a belső árnyékolást - csak vázlatos
    • a normál fényforráson alapuló képponton (teljesítmény> 0) vagy felhasználó (teljesítmény & lt; 0)
    • színt állít háttér háttérbe (fekete vagy fehér), ha normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
    • új szolgáltatás: mmCIF olvasási jelentések _citation.title a Jmol parancsfájlban
    • új funkció: minimalizálja a SELECT {atomset} CSAK - CSAK opciót, kizár minden más atomot
    • új funkció: minimalizálja a {atomset} - implicit SELECT és ONLY
    • értéket
    • új funkció - & quot; kiterjesztések & quot; JSmol könyvtárak a JS és SPT szkriptekhez:
    • jsmol / js / ext
    • jsmol / SPT / ext
    • új szolgáltatás: betöltés ... szűrő "ADDHYDROGENS" - a pdbAddHydrogens helyi beállítása csak egy terhelés parancsra
    • új szolgáltatás: összehasonlítsa {1.1} {2.1} BONDS SMILES
    • értékkel
    • új funkció: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
    • új szolgáltatás: JSON xxx.json írása
    • új tulajdonság: [# 210] JSON {"mol": ...} olvasó
    • ew szolgáltatás - seticleRadius:
    • globális sugár az atomok számára a maximális sugárérték (16.0) fölött
    • alapértelmezett értéke 20.0
    • új funkció - CIF és PDB szűrők & quot; BYCHAIN ​​& quot; és a "BYSYMOP" a vírusrészecske esetében:
    • egy láncot vagy egy symop
    • -et hoz létre
      A
    • méret nagyobb lehet, mint a max. 16 Angstrom, például:

    • a
    • seticleRadius 30;
    • űrfelvétel 30; // bármely 16-nál nagyobb szám itt inkább particleRadius-t használ
    • új funkció: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
    • új funkció: a symop () függvény lehetővé teszi a szimmetriát a biomolekulaszűrőből PDB és mmCIF esetén
    • új funkció - isosisface SYMMETRY:

    • A
    • szimmetria-operátorokat az isorseface-re
    • alkalmazza
    • hatékonyabb renderelés és létrehozás
    • Az alapértelmezett választás {symop = 1} csak
    • Az alapértelmezett színezés a colorColorScheme-on alapuló symop alapján történik
    • Például:
    • töltse be az 1.p szűrőt "biomolekula 1" -nek
    • színtulajdonság symop
    • a felbontás 0,8 szimmetriája 0
    • új funkció - új atom tulajdonság: chainNo:
    • egymás után 1 modellenként;
    • chainNo == 0 jelentése "nincs lánc" vagy lánc = ''
    • új funkció - új tulajdonságColorScheme "barátságos":
    • színvakság-barát színséma
    • az RCSD-ben
    • új szolgáltatás: a JSpecView teljesen Java-mentes; magában foglalja a 2D nmr és a PDF spektrum nyomtatását
    • új szolgáltatás - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; minőség & gt; 1 kéri a tájkép módját:

    • A
    • hatékony egyéni PDF-létrehozási osztályokat használ
    • Méretre méretezett kép, ha túl nagy
    • új funkció: a JSpecView PDF és 2D NMR-t ad a JavaScripthez
    • új szolgáltatás: betöltés & quot; == xxx & quot; FILTER "NOIDEAL" - Vegyi komponens terhelés PDB-ből a "nem-ideális" koordinátarendszer
    • hibajavítás: CD írása eltávolítva; A ChemDoodle megváltoztatta a formátumokat; használja a JSON-ot
    • hibajavítás: az PDB és a CIF fájlok olyan összetevőket jelöltek meg, mint a PAU, mint a nagy negatív szám
    • hibajavítás: az ÖSSZEÁLLÍTÁS forgatás nélkül indít végtelen hurok
    • hibajavítás: késleltetési hiba (-1)
    • hibajavítás: az egér kerekítése a Chrome-ban a JavaScriptben
    • hibajavítás: JavaScript nyelvű felugró menü nyelvi változásokhoz
    • hibajavítás: a JavaScript nem tartalmazza a legfontosabb összetevőket; A Jmol._debugKódot nem ismeri fel
    • hibajavítás: az egységcsalád helytelenül eltolódik a biomolekulákhoz; a tengelyek helytelen eredete.
    • hibajavítás: isorseface / mo FRONTONLY broken
    • hibajavítás: nyelvi lokalizáció megszakadt a JavaScriptben
    • hibajavítás: az ADF olvasó nem olvassa a DIRAC Build 201304052106 típusú MO kimenetét
    • hibajavítás: a Safari a sárga Jmol-információt jelentette be, nem pedig az applet elfogadását kérte
    • - a címke szükséges
    • hibajavítás: a CIF olvasó nem kezeli _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id properly
    • - rossz atom a terheléshez = 3fsx.cif szűrő "ASSEMBLY 1"
    • hibajavítás: [# 558 Kompatibilitási probléma a ChemDoodle-val] JSmol hiba a Number.toString () definíciójában
    • hibajavítás: az egérkerék nem működik megfelelően
    • hibajavítás: a JavaScript J2S fordítóhiba nem kényszeríti int + = float egész számra
    • hibajavítás: JavaScript WEBGL opció törött
    • hibajavítás: JavaScript NMRCalculation nem fér hozzá az erőforrásokhoz
    • hibajavítás: a JavaScript sztereó nincs végrehajtva
    • hibajavítás: MOL olvasó fix többmagos fájlhoz (csak 13.3.9_dev)
    • hibajavítás: MOL olvasó hiba terheléssel APPEND - nem folytatja az atomszámokat
    • hibajavítás: a CIF modulációs olvasó nem olvassa a sejthullás vektorok lineáris kombinációit
    • hibajavítás: CIF olvasás szűrővel & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; Ha csak az azonosító műveletet hajtja végre
    • hibajavítás: mmCIF olvasó nem olvasta az összes _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression options
    • hibajavítás: PDB CRYST bejegyzés 1.0 1.0 1.0 90 90 90 jelentése "nincs egységcellás" függetlenül a biomolekulaszűrőtől
    • hibajavítás: az isfaceface lemez nem jól illeszkedik lapos molekulákhoz, mint a HEM
    • hibajavítás: a printfile () parancs sikertelen (a userfunc () önmagában rendben van)
    • hibajavítás: a C-alfa-csak polimerekre nem alkalmazható (helix) belül
    • hibajavítás: _modelTitle nem frissül, ha új fájlt tölt be vagy zapped
    • hibajavítás: {*}. A symop.all nem megfelelően szállítja a szimmetria üzemeltetőjét
    • hibajavítás: hármas kötés esetén a SMILES-ben az URL-ekben
    • hibajavítás: build.xml hiányzik a PDF-létrehozási osztályok
    • hibajavítás: a Java-frissítést követve hozzáadja a helyi aláírt applet
    • helyes elérési útjának ellenőrzését
    • hibajavítás: {xxx} .property_xx nem mentve az államba (törött augusztus 8/2013 rev 18518)
    • hibajavítás: Az aláírt és az aláírás nélküli applet JAR fájlok frissítései
    • hibajavítás: írási hiba
    • hibajavítás: applet scriptWait () metódus törött
    • hibajavítás: a PyMOL munkamenet megjelenítheti az egységek celláját az elmentett állapotból olvasva
    • hibajavítás: az MMCIF olvasó nem sikerül többféle telepítési típushoz
    • hibajavítás: CIF olvasó "biomolekula 1" a "molekuláris" kifejezésre a "összeszerelés" helyett
    • hibajavítás: terhelési útvonal, amely nem működik több fájllal
    • hibajavítás: A JS applet felugró menüje nem zárul megfelelően a nyelvi változásokkal
    • hibajavítás: HTML jelölőnégyzetazonosító attribútum nincs kijelölve
    • kód: applet / appletjs kód refactoring; org.jmol.util.GenericApplet
    • kód: refactoring, pufferelt olvasók egyszerűsítése és pufferelt bemeneti folyamatok.
    • kód: JavaScript refactoring, jobb build _ ... xml
    • kód: JavaScript teljes, hosszú, rövid, byte, float, dupla összes átalakítva
    • kód: a GT ._ egyértelműsítése.
    • kód: Az összes szükségtelenül belső osztályt a legmagasabb szintre tette vissza
    • kód: izolált util / ModulationSet az api / JmolModulationSet használatával
    • kód - Az applet nyelvének lokalizációja az egyszerű .po fájlokból olvasható:
    • a JavaScripthez hasonlóan
    • nincs szükség osztályfájlok tömörítésére applet nyelvekre
    • nem létezik nyelvű .jar fájl
    • Az új jsmol / idioma könyvtár tartalmazza a .po fájlokat mind Java, mind HTML5 esetén
    • kód: gyorsabb isorseface renderelés implicit & quot; frontonly & quot; válasszon {xxx} CSAK
    • lehetőséget
    • kód: gyorsabb az isfaceface renderelés implicit "isosurfacepropertySmoothing FALSE" releváns (egész) esetekben
    • kód: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - összesíti az összes URL.getContent () és Class.getResource () hivatkozást
    • kód: A JavaScript a változó név átrendelésével kapcsolatos belső osztályproblémákkal foglalkozik
    • kód: az eval (functionName) működőképessége nem működik a JavaScriptben.
    • kód: kísérletezik a környezeti elzárással
    • kód: Szükséges manifesztek a Java Ju51-hez hozzáadva (2014. január).
    • kód: A JmolOutputChannel javajs.util.OutputChannelbe költözött
    • kód: jsmol.php rögzítve, hogy engedélyezze a & quot; a saveFile metódusban
    • kód: az elemző frissítése a javajs.utilba
    • kód: a DSSP áthelyezte az org.jmol.dssx fájlt, csökkentve a JSmol bio terhelést 20K-val
    • kód: az iText csomag eldobta, már nem volt, ahogy írtam saját PDF-készítőm

    Követelmények :

Hasonló program

PySCeS
PySCeS

14 Apr 15

bein
bein

12 May 15

misopy
misopy

20 Feb 15

checkmyclones
checkmyclones

11 May 15

Hozzászólások a Jmol

Hozzászólás nem található
Megjegyzés hozzáadása
Kapcsolja be a képeket!