Biopython

kifejlesztett egy nemzetközi csapat a fejlesztők, hogy ez egy elosztott együttműködő munka fejlesztésére Python könyvtárak és alkalmazások igényeinek a jelenlegi és a jövőbeni munkák bioinformatika.

Mi az új Ebben a kiadásban:

• Bio.Phylo most fa építési és egyetértés modulok, a az GSoC munka Yanbo Ye.
• Bio.Entrez most automatikusan letölti és cache új NCBI DTD fájlok XML elemző szerint a felhasználó saját könyvtárában (a ~ / .biopython a Unix-szerű operációs rendszerek, és a $ APPDATA / biopython Windows).
• Bio.Sequencing.Applications már tartalmazza a wrapper a samtools parancssori eszköz.
• Bio.PopGen.SimCoal már támogatja fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-text, hmmer3-fülre, hmmer3-domtab már támogatják a kimeneti hmmer3.1b1.
• BioSQL már használhatja a mysql-csatlakozó csomag (elérhető Python 2., 3. és PyPy) alternatívájaként MySQLdb (Python csak a 2.) kapcsolódni a MySQL adatbázis.

Mi az új verzióban 1,63:

• Most használja a Python 3 stílusban beépített jövő funkció hely, a Python 2 stílusú bejárók ".next () metódust.
• A jelenlegi változat az előírást a 2to3 könyvtár.

Mi az új verzióban 1,62:

• Első megjelenése Biopython amely hivatalosan is támogatja a Python 3.

Mi az új verzióban 1,60:

• New modul Bio.bgzf támogatja az olvasás és írás BGZF fájlok ( Blokkolt GNU zip formátumban), egy változata GZIP hatékony random access, leggyakrabban használt része a BAM fájlformátumot és a tabix.
• A GenBank / EMBL elemző most egy figyelmeztetést ad a fel nem ismert funkciót helyszínek és továbbra elemzés (így a szolgáltatás helyét, mint None).
• A Bio.PDB.MMCIFParser most állítják össze az alapértelmezett (de még mindig nem elérhető Jython, PyPy vagy Python 3).

Mi az új verzióban 1,59:

• New modul Bio.TogoWS kínál wrapper a TogoWS REST API.
• A NCBI Entrez Hozz funkciót Bio.Entrez.efetch frissült kezelni a NCBI a szigorúbb kezelése több ID érvek EFetch 2.0.

Mi az új verzióban 1,58:

• Egy új felület és értelmezők a PAML (filogenetikai elemzés Maximum valószínűsége) csomag programok támogatása codeml, baseml és yn00, valamint a Python újra végrehajtását chi2 adtuk a Bio.Phylo.PAML modul.
• Bio.SeqIO most is olvasható támogatása ABI fájlok (& quot; Sanger & quot; kapilláris szekvenálás nyomkövetési fájlokat tartalmazó úgynevezett szekvencia Phred minőségek).
• A Bio.AlignIO & quot; fasta-M10 & quot; elemző frissítették, hogy megbirkózzanak a marker vonalak használt Bill Pearson FASTA verziója 3.36.

Mi az új verzióban 1,57:

• Biopython is lehet telepíteni a pip.

Milyen új verzióban 1,56:

• A Bio.SeqIO modul frissült, hogy támogassa protein EMBL fájlokat (használt szabadalmak adatbázis), IMGT fájlokat (egy változata a EMBL fájlformátum, a segítséget Uri Laserson), és UniProt XML fájlokat.

Mi az új verzióban 1,55:

• A sok munka volt felé Python 3 támogatás (via A 2to3 script), de ha nem tört valami, amit nem vesz észre semmilyen változást.
• Ami az új funkciók, a leglátványosabb fénypontja, hogy a parancssori eszköz alkalmazását wrapper osztályok már futtatható, ami kell, hogy ez sokkal könnyebb, hogy hívja a külső eszközöket.

követelmények :

• Python 2.6 vagy újabb