Marvin

A Marvin projekt kínál gyűjteménye Java A rajzoló, megjelenítése és jellemző kémiai szerkezete, vázak és reakciók.
Marvin könnyen telepíthető az asztalon, és zökkenőmentesen integrálható a weboldalak és a külső alkalmazások keresztül Application Programming Interface (API).
A Marvin család áll a következő eszközöket:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets vagy Beans?
Marvin elérhető két csomagban használattól függően:
* Marvin kisalkalmazásai web developer
* Marvin Beans a patika asztali és a szoftverfejlesztő.
Marvin kisalkalmazások eszközök építési vegyi weboldalak, amelyek kompatibilisek a legtöbb böngészővel (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, stb) kínálnak hozzáférést / a JavaScript és testreszabható applet paraméterek.
Marvin Beans könnyen telepíthető alkalmazásokat az asztali és eszközök integrálása Marvin képességek bármilyen Java alkalmazás.

Mi az új ebben a kiadásban:

• MarvinSketch:
• Nyilvános adatbázist keresésének chemicalize.org.
• Lehetőség változtatni ligand sorrendben MarvinSketch.
• Fog-hatás sokféleképp vezérelhető:
• Van egy csúszka a Display fülön a Beállítások párbeszédablakban a Sketch / Nézet GUI állítsa az erejét a köd effektus és egy kapcsolót, hogy kikapcsolja az automatikus köd-hatást.
• Applet és bab paramétereket be: fogFactor, automaticFogEnabled. (Fórum téma).
• felhelyezése egy csoporthoz rögzítési pont nem vonja automatikusan felbonthatja a Sgroup többé.
• meghatározása S-csoport tartalmát: több és generikus S-csoportok, hogy a teljes részgráf közötti kötések átlépte a zárójelben.
• Frissítés az S-csoport tartalmát, ha konzol pozíciók változtatni: vagy zárójelben, vagy a szerkezet mozog.
• S-csoport beágyazás és átfedések vannak ellenőrizni molekula az önellenőrzésre.
• SMARTTM import támogatja alifás szén kettős kötést (fórum téma).
• SMILES import / export támogatja allének.
• Létrehoz hagyományos nevet töredékek belsejében egy nagyobb vegyület (pl & quot; dextrometorfán & quot;).
• Támogatás CAS szám átalakítás.
• Továbbfejlesztett OCR hibajavítása DocumentExtractor (hiányzó vessző, tévesen azonosítanak zárójelben típus, extra terek, ...).
• Dokumentum Extractor a PDF dokumentumok immár az oldal száma.
• Továbbfejlesztett támogatás a közös nevek szerkezet-to-név és név-szerkezete. Az általános támogatást nevet import nőtt 5% körüli közös és 10% szisztematikus neveket. Átalakítás sebessége nőtt mintegy 20%.
• JChem és Marvin Beans szerelők for Windows is kivonat shell script cygwin.
• megőrzése exocycyclic csoportok Bemis-Murcko keretek.
• Halogén lehet több, mint egy csatlakozó során felsorolás.
• Aroma kötvényeket tekintjük során kiszámításához kettős kötések száma a homológ ingatlan ellenőrzését.
• Lasso kiválasztási mód lehet, hogy az alapértelmezett MSketchPane (fórum téma).
• Egy új funkció, isChiral bővült TopologyAnalyzer.
• New chmical feltételek funkciók: isQuery (), fieldAsString ().
• Bugfixek:
• Name doboz után nem frissülnek csoport létrehozása miatt hozzon létre egy csoportot nem nőtt gráf változatlan változást count (fórum téma).
• MarvinSketch alkalmazás nem értettem & quot; - {name} & quot; parancssori paramétert.
• Ha a Structure & gt; Keresse meg strukturálni az online menüből hívták Linux alatt, az alapértelmezett böngésző nem lehetett kimutatni, hogy megjelenjen eredmény (fórum téma).
• A rakodás a isotopes.data fájlt a Java cache nem sikerült, ha nem nyomott változat a cache (azaz, ha a tömörítvényre végezte automatikusan a webszerverre, és nem Marvin). Fórum téma, dokumentációt.
• Grafikus objektumok nem jelennek meg a Geometry Plugin eredmény ablakban.
• A elektron-flow nyíl, a kék doboz kiemelve kimaradt (fórum téma).
• Ligand végzést nem jelenik meg a vérpadon, ha a definíciókat törölték, még akkor is, ha a & quot; Mindig & quot; kijelző opció volt beállítva & quot; Ligand rendelések & quot; A Beállítások ablakban.
• Index a multicentrikus atom lett a korrupt után exportáló be MDL Mol formátumban, ha csatlakoztatva volt egy R-csoport.
• Arrow ragadt téglalapok közben megsérült MRV import / export (fórumon téma).
• Import 1-levél peptid nem egyetlen hisztidin (fórum téma).
• Az implicit hidrogének hiányoztak az importáló SKC.
• Null ingatlan értéke MolAtom nem exportálták / importált MRV formátumban.
• Az importáló bizonyos SMARTS, rossz kötvény típusú határozták meg, hanem egy vagy aromás kötést.
• Bizonyos zárójelben importált Cdx készített, ChemDraw mutatták be a rossz irányba.
• SMARTTM export: 1-atom egyszeres kötés szomszédja egy aromás gyűrűt exportálták, mint egyes kötés helyett egy / aromás.
• exportálása lekérdezéseket linket csomópont és R-csoportok SMARTS formátumban helytelenek voltak.
• A H atom kezelése volt egyértelmű a SMARTS kifejezéseket.
• Mol fájl megjegyzés mezőbe import nem sikerült.
• importálás bizonyos SMILES tévedett (fórum téma).
• Ha a sablon tartalmaz egy láncot része amit meg lehet találni a célt, mint egy része a gyűrűt (vagy gyűrűrendszer), hogy szemet hunyhatunk, hogy része a sablont.
• A Finom Hydrogenize lehetőséget Clean3D nem felbonthatja S-csoportok automatikusan (fórum téma).
• Molecule.contractSgroups () elrontotta a molekula koordinátáit (fórum téma).
• Explicit hidrogénatomok nem veszik kellőképpen figyelembe a cisz / transz sztereokémiájának számítás.
• tautomerének generátor dobta ArrayIndexOutOfBoundsException bizonyos esetekben.
• Homology felsorolás ellentmondó molekulák néhány VMN input.
• Helytelen díjat számíthatnak alkalmazása után CovalentCounterion gépszerelő.
• A log kimeneti formátumot StructureChecker parancssori különbözött a kimeneti formátumot a varázsló.
• ChiralFlagErrorChecker nem kezelte kiralitással helyesen. Kiszámítása helyett kiralitással a paritás adatokat használta fel, hogy egy végrehajtási alapuló isChiral módszer TopologyAnalyser.

Mi az új verzióban 5.4.0.1:

• Highlighting az elektronok áramlását nyilak tévedett, amikor a bázis vagy végpontja volt egy kötés (fórum téma).
• Serialized menükonfigurációjának nem működött.
• Az index a multicentrikus atom helytelenül során létrehozott MDL MOLFile export esetén esetén, ahol az R-csoport kapcsolódik a multicentrikus atom (pozíció variáció kötvények).
• Az implicit hidrogének hiányoztak az atomok után behozatali vagy pasztát struktúrák ISIS / Symyx Sketch fájlformátum (SKC fájlformátum).
• CDX fájlokat, beleértve az elforgatott grafikus objektumok exportált régi verziói ChemDraw nem importálható.
• tautomerének számítási
• Generic tautomerének nem volt egyedülálló néhány esetben elég. Miatt a fix, az általános tautomerének biztosított aromás formában.
• Canoncical tautomerének kiszámítása változott miatt a fix a dearomatization.
• Bizonyos szerkezetek explicit kapcsolódó hidrogén ék kötvény adott kivétel a generikus tautomerizációt.
• Térfogatszámítás hiányzott cxcalc.
• Structure Checker vetette NullPointerException helyett figyelmen kívül hagyva a helytelen konfigurációs fájl.

Mi az új verzióban 5.1.03.2:

• IUPAC Megnevezés import: konvertáló IUPAC neveket struktúrák.
• OLE 2 támogatása: jobb támogatása beillesztés MarvinSketch objektumokat MS Office dokumentumok.
• Vegyi feltételek: elérhető Marvin parancssorban, API és fel lehet használni a Java szkriptek (a kisalkalmazások).
• Gyorsított inicializálása MarvinSketch és MarvinView induláskor, mind önálló verziója, és ahogyan komponens más alkalmazásokban.

követelmények :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment