E-Cell System

E-Cell System egy koncepció építésének virtuális sejtek számítógépeken.
E-Cell System egy objektum-orientált szoftvercsomag a modellezés, szimuláció és elemzés nagyszabású komplex rendszerek, mint például a biológiai sejtek, architektúráit által Kouichi Takahashi és írt egy csodálatos csapat a fejlesztők. Core része a rendszernek, E-Cell szimulációs környezet 3-as verzió, lehetővé teszi sok összetevő által vezérelt több algoritmusok különböző határidők egymás mellett élni.
E-Cell Project egy nemzetközi kutatási projekt célja a kutatáshoz szükséges elméleti támogatja, technológiák és szoftver platform lehetővé teszi a pontos teljes sejtes szimuláció.
E-Cell rendszer áll a következő három fő részből áll:
- E-Cell szimulációs környezet (vagy E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Environment (vagy E-CELL ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Tulajdonságok :

• Basic képességek:
• Az objektum-orientált modellezési és szimulációs komplex rendszerek.
• Plug-in architektúra. Új felhasználó-objektum osztályok lehet fejleszteni, dinamikusan betöltött, és használják szimuláció.
• Valós idejű felhasználói beavatkozás és megjelenítés szimuláció alatt.


• Scripting:
• Python script egy szimulációs ülésén (run / stop / paraméter manipuláció / adatfeldolgozás stb ...).
• Python script egy szimulációs kísérlet, amelyben nagyon sokan fut a szimuláció ülések (mint például a paraméter tuning, anyagcsere-elemzés stb ..)
• Python scripting modell fájl létrehozása (pl automatizált modell építési adatbázisokból).


• Kompatibilitás:
• SBML szinten 1/2 importáló.
• SBML szinten 1/2 exportáló.


• párhuzamos számítási:
• osztott memóriás, multi-thread párhuzamosítást egyetlen szimulációs ülésén. (Vonnák össze a fő ága.)
• Klaszter és a rács elosztott számítási több szimulációs munkának. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Mi az új ebben a kiadásban:

• Ez a verzió hozzáteszi különböző hibajavítások.

Mi az új verzióban 3.1.107 RC2:

• Javítva egy hiba ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Javítva egy hiba ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Mi az új verzióban 3.1.107 RC1:

• Fix összeállítás probléma az újabb GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• Integrált pyecs be pyecell. (Moriyoshi)
• Egyesített ecell.emc be ecell.ecs hogy elkerülje a statikus inicializáló furcsasága egyes platform (beleértve a Mac OS X). (Moriyoshi)
• Két GUI frontend (session-monitor és a modell-szerkesztő) újultak meg, hogy két csomag Python modulok, ecell.ui.osogo és ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• áthelyezve GtkSessionMonitor hogy ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor hogy tartózkodik ecell / frontend / SESSION_MANAGER. (Moriyoshi)
• Új néven ecell.SessionManager a ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Eltávolították az alábbi szorzatokat ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)