POY

POY egy filogenetikai analízist program, amely támogatja a több típusú adatok (pl morfológia, nukleotidok, gének és gén régiókat, kromoszómák, és egész genomok). POY van különösen, hogy végezhet igaz az összehangolás és a törzsfejlődés következtetés tehát az input-szekvenciák nem kell prealigned. Inszerciókat, deléciókat és átrendeződéseket, ezután venni az általános fa pontszám alapján Maximum Parsimony, vagy a modell alapján Maximum Likelihood. A különböző heurisztikus algoritmusokat fejlesztettek ki erre a célra, illetve megvalósításuk POY.