edittag

edittag egy olyan alkalmazás kollekció megtervezésekor, a szerkesztés metrikus szekvencia jelölés, ellenőrzés menüpont címkéket konformáció a szerkesztés metrikus, és integrálja a sorozatot címkék platform-specifikus szekvenálás adapterek és PCR primereket. edittag különbözik más megközelítések:
& Nbsp; * edittag generál tetszőleges hosszúságú szerkesztés metrikus sorrendben címkék ésszerű határidőn segítségével többprocesszoros
& Nbsp; * edittag termel szerkesztés metrikus sorrendben tag-készletek megfelelnek-e a szerkesztés távolság választott
& Nbsp; * edittag használt Primer3 integrálni sorrendben címkék PCR primer
Ehhez számos nagy készletek szerkesztés metrikus szekvencia jelölés felhasználásával készült edittag a következő formátumban:
& Nbsp; * a szöveg - ez a fájl a megfelelő formátumban check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite adatbázis
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Nagy készletek szerkesztés metrikus SZEKVENCIAAZONOSITÓ
Címkék megkönnyítése nagyszabású multiplex olvas masszívan
párhuzamos szekvenálása. doi_
Telepítés:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py telepíteni
raktár
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
opcionális csomag (Py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py telepíteni
opcionális csomag (Primer3)
Ha szeretné, hogy tervezzen tartalmazó primereket szerkesztés metrikus szekvencia jelölés, meg kell először telepíteni egy módosított változata Primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
csinál
make install
Ügyeljen arra, hogy mozgassa a binárist mod-Primer3 egy helyre a pályára (menjen legalább Primer3-hosszú és primer3_config ugyanabba a könyvtárba az út). Ezután futtassa

követelmények :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-Primer3