tapir

tapír egy Python eszköz, amely tartalmaz programok megbecsülni, és rajzoljuk filogenetikai információtartalma nagy adatbázisok esetén.
Hivatkozva tapír
Amikor a tapír, és idézze:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapír lehetővé teszi a nagy áteresztőképességű elemzés filogenetikai információtartalma.
- Townsend JP: Profilírozó filogenetikai információtartalma. Szisztematikus Biol. 2007-ben, 56: 222-231.
- Halastó SLK, Frost SDW, Muse SV: HyPhy: hipotézisvizsgálat segítségével törzsfejlődésekre. Bioinformatika 2005 21: 676-679.
Telepítés
Ebben a pillanatban, a legegyszerűbb módja annak, hogy telepítse a programot:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / to / tapír
Tesztek futtatásához:
cd / path / to / tapír /
python teszt / test_townsend_code.py
A
A estimate_p_i.py kódot kéri egy batch fájlt hyphy, hogy a sablonok /. Ez a fájl kell lennie ugyanabban a helyzetben képest, bárhova is fel estimate_p_i.py. Ha telepíti vékonyodik, mint fent, minden rendben lesz, ebben a pillanatban.
Futni:
cd / path / to / tapír /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - kimeneti Output_Directory
& Nbsp; - korszakok = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; --szer = 37,93,100,170
& Nbsp; - többprocesszoros
--multiprocessing nem kötelező, nélküle minden locus fognak futni egymás után.
Ha már fut a fenti és mentett eredményt a kimeneti mappát (lásd alább), akkor a már meglévő helyszín kamatozású bejegyzések helyett becslésekor azokat újra:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - kimeneti Output_Directory
& Nbsp; - korszakok = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; --szer = 37,93,100,170
& Nbsp; - többprocesszoros
& Nbsp; - site-árak
Eredmények
tapír írja eredményeket egy SQLite adatbázis a kimeneti könyvtárban az Ön által választott. Ez a könyvtár is tart helyszíni ráta fájlokat JSON formátumot minden locus áthaladt tapir_compute.py.
Elérheti az eredményeket az adatbázisban a következő. További példákat, beleértve cselszövés, lásd a dokumentációt
- Tekerd fel SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / filogenetikai-informativeness.sqlite
- Kap elválaszthatatlan adatokat minden idők:
& Nbsp; válasszuk locus, intervallum, pi-re loci, intervallum, ahol loci.id = interval.id
- Kap egységes adat egy adott korszakban:
& Nbsp; válasszuk locus, intervallum, pi-re loci, intervallum
& Nbsp; ahol interval = '95 -105 'és loci.id = interval.id;
- Kap a száma loci, amelynek max (PI) a különböző korszakok:
& Nbsp; létrehozására ideiglenes tábla max a válassza id, max (pi), mint max származó intervallum csoport id;
& Nbsp; létrehozására ideiglenes tábla t, mint válasszuk interval.id, intervallum, max re intervallum, max
& Nbsp; ahol interval.pi = max.max;
& Nbsp; válassza intervallumot, count (*) a T-csoport által intervallum;
Köszönetnyilvánítás
Köszönjük Francesc Lopez-Giraldez és Jeffrey Townsend számára biztosít számunkra egy példányát a web-alkalmazás forráskódját. BKF köszönhetően S Hubbell és P Gowaty.

követelmények :

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (kérjük, töltse le, vagy építeni egy egyszálú hyphy2)