Basic Local Alignment Search Tool rövid BLAST egy sor hasonlóságot kereső programok célja, hogy feltárja az összes rendelkezésre álló sorozatot adatbázisok függetlenül attól, hogy a lekérdezés fehérje vagy DNS.
Ez egy heurisztikus algoritmus, amely arra törekszik, helyi, szemben a globális nyomvonalakat, és így képes felismerni közötti kapcsolatokat szekvenciák, amelyek osztoznak csak elszigetelt régiók hasonlóság.
Meg lehet futtatni helyben, mint egy teljes futtatható, és fel lehet használni futtatni BLAST keresések ellen saját, helyi adatbázisok, vagy letöltött példányt a NCBI adatbázisokban. Ez fut a Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF, és HP-UX rendszerek.
Mi az új ebben a kiadásban:
- Fejlesztések:
- Továbbfejlesztett dokumentáció tartalmazza egyszerűsített beállítási utasításokat, elérhető http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
- A támogatás a hard-elfedése BLAST adatbázisok.
- A teljesítmény javítása érdekében makeblastdb a FASTA input nagy számú szekvenciák, javítja a hibák ellenőrzése.
- Allow Legjobb Hit lehetőségek és XML-formázása Blast2Sequences módban
- Allow több lekérdezést szekvenciák psiblast.
- Allow leírás a több szekvenciaillesztési sorrendben, mint a mester a -in_msa psiblast érv.
- Opcionálisan -input_type érv, hogy makeblastdb.
- A támogatás a lekérdezést, és Hossza a táblázatos kimenet.
- Performance of -seqidlist érv javult.
- A minimális száma leírások és illesztések most használt táblázatos és XML kimenet (összhangban a viselkedését a régebbi blastall alkalmazások).
- Hibajavítások:
- Makeblastdb és blastdbcmd problémák elemzés, tárolására, és visszakeresésére sorrendben azonosítókat.
- Hiányzó alá azonosítók táblázatos kimenet.
- Blast_formatter figyelmen kívül hagyva -num_alignments és -num_descriptions
- Sokkoló archív formátumban is meg lehetne menteni hibásan, több lekérdezést.
- Blast_formatter létre egy szükségtelen hálózati kapcsolatát.
- Blast_formatter sem menti maszkolás adatait.
- Rpstblastn is lezuhan, ha a keresés sok sorozatok.
- indexelt megablast nem fut több szálon mód.
- Query címet a PSSM mentette meg psiblast nem tároljuk.
- Lehetséges elmulasztása fut több szálon mód több lekérdezést vagy nagy adatbázis szekvenciák.
- Tblastn fut adatbázis maszkolás eleshetnek mérkőzések.
- csonkolt kimenet sorrendben input extra terek, a defline
- Probléma a MacOSX binárisok MacOSX 10.5
Mi az új verzióban 2.2.24:
- Bevezeti BLAST Archívumformátum hogy lehetővé újraformázásáért készenléti Egyedül BLAST keres a blast_formatter.
- Ez már támogatja a lefordított alá soft maszkolás a robbanás adatbázisok.
- Hozzáteszi, támogatja a BLAST Trace-back műveletek (btop) kimeneti formátumot.
- Hozzáteszi parancssori blastdbcmd listázására álló BLAST adatbázisok.
- Nagyobb teljesítmény formázási távoli BLAST kereséseket. Használja következetesen kilépési kódot out of memory feltételeket.
- A fix egy bug indexált megablast több szóközzel elválasztva BLAST adatbázisok.
Mi az új verzióban 2.2.19:
- A BLASTDB környezeti változó most már támogatja a több adatbázis keresési út . Ha lehetséges, a kisebb fehérje keresési tábla használják a teljesítmény javítása érdekében.
- formatrpsdb már támogatja adatbázisok létrehozása nagyobb, mint a 2G.
- seedtop már támogatja keresések földrajzi jelzéssel ellátott listák.
- Az X3 érték blastn / megablast korrigáltuk.
Hozzászólás nem található