GAMGI

A GAMGI egy nyílt forráskódú és teljesen szabad szoftverterv, amelyet az alapoktól kezdve az atomszerkezetek létrehozásához és elemzéséhez használnak. A grafikus felhasználói felület egyszerű, tiszta, könnyen kezelhető és erőteljes.

Az alkalmazás széles körű atomszerkezetet, például kristályokat, molekulákat, folyadékokat és üvegeket támogat. Emellett támogatja a 230 kristályos tércsoportot, és felhasználható 3D Voronoi analízis és pontszimmetria elvégzésére.

A GAMGI számos objektumtípust támogat, beleértve a Szöveg, Orbital, Bond, Atom, Irány, Plane, Group, Molecule, Cluster, Cell, Arrow, Shape, Graph, Assembly, Light, Layer and Window elemeket. Ezenkívül a program maximálisan szabályozza az alacsony szintű objektumokat atomokként.

Emellett megemlíthetjük az RCP (Random Close Packing) struktúrákat, a kristályokat bármely szimmetria-tércsoporthoz, valamint koordinációs poliédert és Voronoi-t a véletlen struktúrákhoz. A szimmetria bármely pontcsoportját is meghatározhatja.

Átfogó dokumentációval érkezik

Egy másik érdekes lehetőség az, hogy műveleteket hajthat végre az objektumok listáján vagy egy korábban kiemelt egyetlen objektumon. Átfogó dokumentációval és atommagokkal rendelkezik, beleértve az izotópos adatokat és az ion sugarat. Ezenkívül a szoftver nagy mennyiségű független ablakot, fényt, beleértve a helyszínt, az irányt és a pozíciót, különböző látási lehetőségekkel, referenciákkal, nézetablakokkal vagy vetületekkel ellátott rétegeket, valamint 3D-s betűkészleteket is manipulálhat, amelyeket simogathat vagy extrudálhat.

A GAMGI alkalmazás az iskolákban és egyetemeken is használható az anyagi atomok szerkezetének oktatására. Ez a tökéletes eszköz az atomi modellezésben dolgozó tudósok számára, valamint azoknak, akiknek szüksége van egy nyílt forráskódú alkalmazásra az atomszerkezetek tanulmányozásához és a képek előkészítéséhez.

Mi az új ebben a kiadásban:

• Frissített Súgó & gt; Config fájlok Light és Atom objektumokhoz.
• Szinkronizált gamgi-g és gamgi-x fák
• Frissítve gamgi_expat_import_object: a sejtobjektum-adatoknak az új konfigurációs szabályokkal rendelkező XML fájlok importálásához jól kell működnie.
• Frissített gamgi_expat_export_object: a cellobjektum-adatok exportálása XML-fájlokba az új konfigurációs szabályok segítségével most jól működik.
• A Cell & gt; Create és Cell & gt; módosíthatja, az Origin vektorok és az Axes vektorok automatikusan módosulnak az alapértelmezett (hagyományos vagy primitív) opciók esetén, amikor a modell változik.
• Cserélt cellák & gt; határok = FALSE a cella-> határok = GAMGI_PHYS_NONE, a motor, gtk, expat és mesa kód alatt.
• Frissített gamgi_expat_export_config: a Cell-konfigurációs adatok XML-fájlok exportálása most jól működik
• Frissítve gamgi_expat_import_config: az XML-fájlokból származó Cell-konfigurációs adatok importálása most jól működik
• A Cell-> Konfiguráció párbeszédpanel javítása a Modell, a határok, az arcok és a csomópontok alapértelmezett értékeinek kezeléséhez.
• Redesigned Object- & gt; Config párbeszédpanelek: Az adatok konfigurálása mostantól elkülönül az alapértelmezett adatoknál (ugyanazon nevekkel rendelkező oldalaknál, mint az Objektum & gt; létrehozása párbeszédablakokban) és a globális adatok (minden objektumra, régire és új), a Global (utolsó) notebook oldalon. Érintett párbeszédpanelek: Atom-> Config, Cell & gt; Config, Light & gt; Config.
• Végrehajtott Cell & gt; Config párbeszéd és infra-struktúra. A cella határoló vonalak, csomóponti pontok és vektor tengelyek mérete globálisan állítható be a GAMGI összes cellájában, ami egy olyan szolgáltatás, amelyre szükség van. A cellaszín és a tengelyek alapértelmezett értékei is beállítva vannak.
• Javítva egy kérdést gamgi_gtk_bond_create: a static_initben beállított szín az előző konfigurációs adatokra figyelmen kívül hagyta.
• Javítva egy kérdést a gamgi_mesa_draw_pick és a gamgi_mesa_draw_grab között: A cell renderelési pontszélesség a szélesség szélességének beállítása ahelyszélesség helyett.

Újdonság a verzióban:

• Javítva egy hibát, amelyet most vezettek be: a GDK vizuális megjelenését a GL kontextus eltávolítása után nem tudjuk megismételni. Eltávolította ezt a kódot. A GTK ezt látja, ha a widget megsemmisül.
• Javított gamgi_gtk_area.c, amelyet a GAMGI X verziójában használnak, amely a saját GLX alapú kódját helyettesítve a GTKGLExt könyvtárat. Javier Cabezas továbbította ezt a kódot a GTK 3-nak és jól működik! A visszaadott változtatások így a GTK 2 és a GTK 3 kódja közötti különbségek teljesen minimálisak.
• Nem használhatunk r, g, b színeket a, b, c cella tengelyek miatt.
• Javított tengelyek elrendezése az Orbital- & gt; Create és az Orbital-> Modify párbeszédablakokban.
• Megváltoztatta a címke modelljét az Orbital- & gt; Create és Orbital-> módosításához és módosította a Súgó felületet.
• Ellenőrizte az összes súgóformátum dokumentációs oldalát.
• Frissített súgódokumentáció a fürt formátumokhoz.

A
• klaszter-> festék tömbök többé nem zárt végződnek.
• Szinkronizált gamgi és gamgi_exp fiókok
• XML fájlokban, csoportelemekben az attribútum típusát hivatkozásként helyettesíti.
• Frissített súgódokumentáció a sík- és irányformátumokhoz.
• Frissített súgódokumentáció a csoportos felületekhez és formátumokhoz.
• 2024-ig megújította az EU GAMGI márkanevét.
• Frissítette a GPL v3 forráskódját és dokumentációs licencét.
• Az sha256sum használatával az összes elosztási fájlt ellenőrző összeggel kezdte.
• Megújította a gamgi.org domain név regisztrációját 2020-ig.

Az újdonság a 0.17-es verzióban:

• A GAMGI ágon a GtkGlExt könyvtárat nem igénylő makefile hibát (gamgi0.15.6-ban) rögzítettük: a make_rules olyan gtkglext függvényeket tartalmazott, amelyek nem lennének ott.
• A síkokat, az útvonalakat a vetítési hálóval lehet kiválasztani: Wulff vagy Schmidt.
• Szinkronizált kód, dokumentáció és adatfájlok gamgi és gamgi_exp disztribúciós fák között.
• Ellenőrzött dat / orbitális XML fájlok az orbitális tengelyek attribútumainak frissítésére.
• Ellenőrizte az összes adat / XML fájlt, hogy az attribútum típusát címkével, atomelemekkel helyettesítse.
• Ellenőrizte az összes adat / XML fájlt, hogy az attribútumtípust típusra, síkra, irányra, cellatestekre cserélje.
• A következetesség kedvéért a globálisan felváltva nevezzük el a vetítési irányvonalat, a sík kódot és az XML elemeket.
• A következetesség érdekében globálisan felváltotta a név típusát a cellában, síkban, iránykódban és XML elemekben.
• Megváltozott címke Típus a Modellben a Cell & gt; létrehozása és a Cell & gt; módosítása közben.
• Módosított címke Módszer a Bond & gt; Create létrehozásához.
• Frissített Súgó & gt; Formátumok dokumentációja az XML sík és iránytárgyakhoz.
• Frissített Súgó & gt; Interfész dokumentáció a Típus és a vetületekhez a Tervezés és létrehozás, Tervezés és módosítás, Irányítás & létrehozás, Irányítás & gt; Módosítás esetén.
• A Debye-Waller atomhőmérséklet csak 0.0 (kék) és 100.0 (vörös) értékeket vehet fel az analízishez szokásos módon.
• Frissített interfészek és formátumok dokumentációja a Bond objektumokhoz.
• Meghatározta az alapértelmezett Debye-Waller atomhőmérsékletet: az új érték 0.0, egy jól ismert helyzetű atomnak felel meg.
• Frissített formátumok dokumentációja az Atom és a Cell objektumokhoz.

A
• Súgó & gt; Aktuális és Súgó & gt; témakör mostantól olvassa el az Orbital & gt; Modify dokumentációját.
• Dokumentumokat írt az Orbital- & gt; Módosításhoz.
• Frissített dokumentáció az Orbital & gt; létrehozásához.
• Az orbitális tengelyek most sokkal egyszerűbben kezelhetők az Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Modify és az XML natív fájlokban.
• Az Orbital- & gt; Select most már minden beállításnál jól működik, beleértve a számos tulajdonságot, amelyek segítségével kiválaszthatja a pályákat.
• Kicsit egyszerűsítették a funkciók gamgi_gtk_select _ *. c.
funkciókat
• A H orbitals kódban két hibát rögzítettek, amelyeket a GAMGI 0.16.6: 1 verziójában adtak meg. A rho ** L (a Laguerre polinomok) és az 1 / r ** L (a Legendre funkcióktól) , a hiányzó konstans mellett. 2) az alapértelmezett sugárszámítás hiányolta a rho ** L kifejezést.
• A Planes listája mostantól a modell alapján választható: sokszög, pólus, nyomvonal, vektor.
• Az útvonalak listája mostantól típusonként választható: vonal, oszlop, nyomvonal.

Az újdonság a 0.16.8 verzióban:

• A sztereografikus vetítéseknél kissé felemelte a z-magasságot a pólusú bitképekben (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), így ezek mindig a nyomok fölött jelennek meg. Ez vizuális hibát kijavít, de sokkal könnyebbé teszi a pálcák kiválasztását nyomokban, mivel a színek mostantól egyértelműen el vannak választva.
• Szinkronizált gamgi és gamgi_exp kódgörbék.
• Frissítve a static_presset a Plane- & gt; Módosítás és Irányítás & gt; Módosít, így az objektum nevét nem írja felül az automatikus névbeállítás.
• Automatikus névváltoztatás a Plane- & gt; Modify és Direction & gt; módosításakor most jól működik, a kristályos síkokra, a direktívákra.
• A Plane & gt; Create és Direction & gt; Create-ben létrehozott és eltávolított hibát: egyes esetekben a felhasználó által megadott objektumnevet figyelmen kívül hagyta.
• A Plane- & gt; Create és Direction & gt; Create-ben létrehozott és eltávolított egy komoly hibát: miután létrehoztuk a listák másodszintű listájával korábban létrehozott listákat tartalmazó listákat / útvonalterveket, ezeket nem sikerült megfelelően visszaállítani. Egyes esetekben ez GAMGI-hoz ütközhet.
• A Plane & gt; Create és Direction- & gt; Create: Pole és Trace hibákat talált és eltávolított egyidejűleg, ha szükséges, csak egy alkalommal hozta létre.
• Az Orbital- & gt; Select most működik. Az Orbitalok listája más objektumokhoz másolható, összekapcsolható, kiválasztható, módosítható, eltávolítható.
• Szinkronizált gamgi és gamgi_exp kódgörbék.
• Fix cellás & gt; link: a cellák, az objektum (felül és lent), a kristályos és a véletlen módok listája jól működik (ismét).
• Egy egyszerű, de komoly hibát talált és távolítottak el: ha több ablakot nyitott, és az objektumok listája aktív volt és az aktuális objektumként lett kiválasztva, a Reset (de nem az Exit) ütközik Gamgi-val.
• A Cell & gt; Link Véletlen (RCP) nem működött: a régebbi kód helyettesíti. A Cell & gt Link több munkát igényel.
• Újra fordítás az -O3 zászlóval
• Rögzített súlyos hiba az Objektum- és gt; párbeszédablakokban az eljárásban Régió: ha a mintavételi négyzet nem volt teljesen a grafikus terület belsejében, akkor a mintában szereplő színek egy része meghatározatlan lenne, és a GAMGI összeomlik az Ok megnyomásakor. Az összeomlást régen észlelték, de az ügy eddig nem volt tisztázott.

Újdonság a 0.16.7-es verzióban:

• Szinkronizált gamgi / dat és gamgi_exp / dat adatfák.
• Szinkronizált gamgi / doc és gamgi_exp / doc dokumentációs fák.
• Szinkronizált gamgi / src és gamgi_exp / src kódfák.
• Több GUI-hibát rögzített az Orbital- & gt; Módosításban.
• Fix orbitális - & gt; A lezuhanások módosítása: az orbitális & gt; pontokat vissza kell állítani 0-ra.
• A www.gamgi.org és a ftp.gamgi.org mostantól a Lisboa Egyetem informatikai központjában található VM-ból kerülnek kiszolgálásra. Remélhetőleg ez megbízhatóbb kapcsolatokat és kevesebb időt igényel.
• Az Orbital- & gt; Modify név automatikus megváltoztatása most már jól működik.
• Az Atom & gt; Modify név automatikus megváltoztatása most már jól működik.
• Automatikus névváltoztatást hajtott végre az Atom & gt; módosításakor.
• Automatikus névváltoztatást hajtott végre az Orbital- & gt; Módosítás alatt.

A
• Orbital- & gt; Modify most működik egyetlen pályára. A pályák listái a következő kiadásban működnek.
• Fordítás, Forgatás, mostantól jól működik az Orbital & gt; módosításához.

A (z)
• static_apply az Orbital & gt; módosításához többnyire kész.
• Beépített static_grab az Orbital & gt; módosításához.
• A static_ok_global és a static_ok_local hozzáadása az Orbital & gt; módosításához.
• Befejezett static_press az Orbital & gt; módosításához.
• Az Orbital & gt; Modify GUI viselkedése szinte befejeződött.
• Elkezdett dolgozni az Orbital-> Modify és a Orbital- & gt; Select elemen.
• Frissítve a gamgi_mesa_pick.c és a gamgi_mesa_grab.c fájlokat, hogy figyelembe vegyék a pályák szilárd reprezentációit.
• Rögzített egy kis hibát az orbitális tengelyek meza rajzkódjában.
• A Laguerre-polinomok olyan tényezővel rendelkeznek, amely r (L = szögletes kvantumszám) pontosan törli a Legendre függvények 1 / r ** L tényezőjét, így a H orbitálok matematikai leírása sokkal egyszerűbbé válik! Köszönöm Jose Luis Martinsnek, hogy rám mutatott erre! Az ilyen alacsony valószínűségi sűrűség (1E-6) miatt a numerikus problémák annyira érzékenyek, hogy az orbitális vizuális ábrázolások kicsit különbözőek lesznek, még az L = 1 esetében is, miután ez az egyszerűsítés.

Az újdonság a 0.16.6 verzióban:

• Szinkronizált gamgi / dat és gamgi_exp / dat forráskód fák.
• Szinkronizált gamgi / src és gamgi_exp / src forráskód fák.
• Hozzáadott képernyőképek, amelyek az orbitálok új ábrázolását mutatják.
• Az orbitális alapértelmezett mintavételi sugár meghatározásakor a theta, phi pontossága kissé megnövekedett: tesztelve (6,5, -5) orbitális (6hy5) ellen.
• A hibás kódot a jelinterpoláció végrehajtásához szilárd pályán. Most jól működik! Ez volt az utolsó akadálya annak, hogy a GAMGI világszínvonalú orbitális ábrázolása legyen! A screenshotok ideje! A jövőben megpróbáljuk csökkenteni a csúcsok, a normálok és a háromszögek számát, és megvalósíthatnánk a Gorauld árnyékolást, de egyikük sem változtatja meg jelenlegi modellünk tudományos és vizuális képességeit. Egy pohár port ünnepelni!
• Végrehajtott egy módszert a szignál pályákon történő jelinterpoláció végrehajtására, a korábban talált jelváltozási pontossági probléma megoldására.
• Tisztított kód a gamgi_chem_orbital.c és a gamgi_chem_orbital.h webhelyen.
• Fix hiba: az orbitális valószínűség sűrűségét nem exportálták megfelelően XML fájlokba.
• Az orbitális tengelyek egyszerűbbek a használatukhoz és több lehetőségük van.
• A jelkód jelenleg működik: a 3D-s pályák igazán fantasztikusnak tűnnek, de a jelkódnak kifinomultnak kell lennie, mivel az interpoláció hiánya túlságosan vizuális zajokat eredményez, amikor a jel megváltozik.
• Javítva a kódot pozitív és negatív háromszögek cseréjéhez.
• Javítva a jelinterpolációs kódot static_edge-ben.
• Megoldott egy interpolációs problémát az orbitális izotópos vöröshúzással kapcsolatban: erőhatás a [0,1] tartományba.
• Fix orbitális szilárd kód él orientáció: ez a pontos interpolációhoz szükséges.
• Fix numerikus hibák: csak egy hiba, amely felosztja a kockákat (mint egy 3D-s sakktáblán). Nagyszerűen néz ki most!
• A szilárd orbitális 3D-k kódjának hibaelhárítása látszólag jól működik, mégis néhány numerikus hibával a felületen.

Az újdonság a 0.16.5-es verzióban:

• Az orbitális objektumok most már exportálhatók, importálhatók a GAMGI natív XML fájlokat. Cserélte a rekurzív statikus outout rutint egy hurok és verem verzióval, ezzel eltávolítva a kritikus szűk keresztmetszetet a szilárd orbitális kódban. Fix mem szivárgások a GTK kódban, szintaktikai hibák az objektumválasztásban szín szerint, figyelmeztetések a fel nem használt változók miatt stb.

Az újdonság a 0.16.4-es verzióban:

• Szinkronizált gamgi és gamgi_exp forrásfiókok.
• Frissített make_local, az útvonalak beillesztéséhez: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / az Ubuntu.
• Javítva egy hibát az új, szilárd orbitális kódban: az r length tesztnek van értelme a vezetékes ábrázolásban, de nem a szilárdan.
• Az új rekurzív kód a 160x160x160 méretű bittel rendelkező tömbök esetében a legrosszabb esetben működik.
• A külső felületek megtalálásához használt rekurzív kód az 50x50x50-nél nagyobb bittel rendelkező tömbökhöz ütközik. Keresi a hurok alternatíváját.
• Orbitális kód: a háromszög alapú reprezentáció létrehozásához a hullámfüggvény interpoláció nagyon jól működik.
• A háromszög alapú 2D-s síkfelületek H-alapú pályákon való renderelése jól bevált és jól működik! Ez döntő fontosságú az ilyen orbitálisok oktáns alapú reprezentációjának kialakításához, ahol a felhasználók kiválaszthatják, hogy mely oktaktok jelenjenek meg.
• Hozzáadott új tükröket, http://atom.ist.utl.pt és ftp://atom.ist.utl.pt, a gamgi.org befogadó hostjához.
• Hozzáadta a szép struktúrát és az információs fájlokat a magas hőmérsékletű béta-kvarc, béta-cristobalit és béta-tripdimit számára.
• Új tükört hozott: http://gamgi.ist.utl.pt/ vagy http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• A H-Orbitális oktánsok vezetékes módban való egyszerűsítésének egyszerűsítése.
• Mindegyik H orbitális oktánthoz írta a topológiai kódot, hogy felépítse a külső 3d-s isorseface (tetra kocka algoritmus) leírásához szükséges háromszöget, valamint a belső 2D oktáns határokat.
• Mindegyik H orbitális oktán esetében írta és tesztelte a belső tömbök kijavításához szükséges bitrendezési kódot, és csak a külsőt jeleníti meg.
• Az oktant bináris kód egyszerűsítése gamgi_chem_orbital.c alatt.

Újdonság a 0.16.3 verzióban:

• Javított olvashatóság minden objektum- és másolási párbeszédpanelen.
• Hozzáadott dokumentumok az Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Copy, Orbital & gt; Link és Orbital & gt; eltávolításhoz.
• A továbbfejlesztett súgó- és aktuális és súgó- & gt; Témakör az Orbital & gt; Create, Orbital & gt; Másolás, Orbital & gt; Link, Orbital & gt; eltávolítása
• Szinkronizált gamgi és gamgi_exp fák.
• A Orbital- & gt; Link mostantól jól működik (az orbitálisok listája még nincs implementálva).
• Minden link_object.html fájlban hibát talált, ami GAMGI hibaüzenetet eredményezett, amikor a súgó alrendszere megpróbált megnyitni egy ilyen fájlt.
• A Orbital- & gt; Copy mostantól jól működik (az orbitálisok listája még nincs implementálva).
• Az Orbital- & gt; eltávolítás most már jól működik (az orbitálisok listája még nincs implementálva).
• Elkezdte az Orbital- & gt; Másolás, Orbital & gt; Link és Orbital & gt; eltávolítása párbeszédablakokat.
• Az Octants elrendezés a Orbital & gt; Create párbeszédablakban sokkal intuitívabb.

Az újdonság a 0.16.2-es verzióban:

• Szinkronizált gamgi / (GtkGLExt) és gamgi_exp / (GLX verziókkal).
• A térfogat-oktatók szűrése most jól működik a H orbitálokhoz.
• A H alapú orbitálokra vonatkozó legjobb alapértelmezett értékek keresése. Az alapértelmezett sűrűség 1E-6, ami a 6s-os körzet minden régiójának megjelenítéséhez szükséges. A pont 50000 x n, ami ésszerű kompromisszum. Az alapértelmezett sugár kiszámítása az utolsó f2r2 sugárzási sűrűség maximális letapogatásából, valamint a legkisebb 2,0 hossza, míg a maximális sűrűség (a théta, phi keresés) alacsonyabb lesz az alapértelmezett sűrűségnél.
• Javította, újratervezte az Orbital & gt; létrehozása párbeszédpanelt
• A H orbitálisok most jól működnek Gamgiban. Most keresi a legjobb alapértelmezett értékeket.
• Hozzáadta az összes szükséges kódot, amely H körforgáskészletek létrehozásához és megjelenítéséhez szükséges.
• Optimalizált H orbitális kód a sebességhez
• Az összes hidrogén alapú orbitál esetében n = 1-6, kiszámolja a sugárirányú polinomia maxima távolságait.
• Az összes hidrogén alapú orbitál esetében n = 1-6, kiszámítja a radiális polinomia nullák távolságát.
• A pillanatnyi objektumok létrehozhatók, skálázhatók (az aktuális központ körül), mozgathatók, forgathatók, mint bármely más Gamgi objektum.
• Befejezte az Orbital- & gt; Létrehozási párbeszédet a hidrogénalapú pályák létrehozásához.
• Megadta a grafikus motor kódját, hogy a hidrogén alapú pályákat pontozott üzemmódban jelenítse meg.
• hozzáadva és tesztelve az s, p, d, f, g, h hidrogén alapú orbitálokat n = 6-ra, cartéziai x, y, z koordinátákban.

Követelmények :

• GTK +