NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit ingyenes, hordozható, közterület könyvtárak korlátozás nélkül használhatja. Úgy működik, Unix, MS Windows és Mac OS platformon:
ย ท Hálózat és Kommunikáció (IPC) könyvtár IOSTREAM adapterek
ย ท A többszálas Library
ย ท CGI és a Fast-CGI Library
ย ท HTML Generation Library
ย ท SQL Database Access Library
ย ท C ++ wrapper könyvtár BerkeleyDB
ย ท C ++ IOSTREAM adapter / wrapper könyvtár
ย ท gzip és BZ2 C ++ wrapper könyvtár a IOSTREAM adapterek
ย ท ASN.1 és XML sorszámozás könyvtár C ++ kód generátor Tool (datatool)
ย ท Date and Time Library
ย ท File System Function Library
ย ท Command-Line érv, Configuration and Environment Processing Library
ย ท szekvencia egymás algoritmusok Könyvtár
ย ท BLAST Motor Library
ย ท biológiai szekvenciák kinyerése és Könyvtár
ย ท Portable FLTK és OpenGL alapú GUI és grafikus könyvtárak
A fentiek mellett még egy csomó más hasznos könyvtárak, mind az általános célú és biotechnológiai kapcsolatos, hogy folyamatosan fejlesztik, karbantartják és rendeltetésszerűen használják valós termelés több száz Web és az önálló alkalmazások és programozók (is számít a több száz).
Ha a C ++ fejlesztő megtalálja a hordozható jellegét a könyvtárak nagyon hasznos az épület cross-platform alkalmazások akkor is, ha nincs sok érdeklődést bioinformatika. Könyvtárak, mint amilyeneket a CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, SQL Database Access, ASN.1 és XML sorszámozás meglehetősen általános célú és fel lehet használni a különböző alkalmazások kívül Bioinformatics probléma a területen.
A C ++ Toolkit folyamatos fejlesztés a könyvtárak épül minden este. A forráskód szabadon elérhető FTP és CVS. A dokumentáció a C ++ Toolkit elérhető online NCBI könyvespolc formájában és letölthető könyv Acrobat PDF formátumban.

Mi az új ebben a kiadásban:

• Főbb jellemzők:
• Added LDS2 (Local Data Storage v.2), amelynek alapja a SQLite3, új képességekkel rendelkezik, és jobb teljesítményt. Szintén végre LDS2 adatok betöltőt LDS2 a Object Manager.
• XmlWrapp -ez kényelmes XML kezelő API már többnyire kész (és még polírozott).
• Megvalósult alagút és engedélyezése HTTP kapcsolatok és alagútfúró a Secure Sockets keresztül HTTP proxy.
• CFormatGuess most lehetővé teszi megkülönböztetve GTF, GFF3, és GFF2. Ez egy lehetőség törés változás. A további részleteket lásd alább.
• Megvalósult főbb részeit CFeatTree, az osztály megszervezése jellemzők határozzák meg a biológiai szekvenciát egy hierarchiát, amely tükrözi a szülő-gyerek kapcsolat (alapján a szolgáltatás altípus).
• CORELIB:
• Megvalósult locale-független átalakítása karakterlánc megduplázódik és vissza; megváltozott alapvető könyvtárakat használni.
• NStr :: Indokoljuk () - a formázáshoz a paragrafusokkal.
• CNcbiApplication - teszi FindProgramExecutablePath statikus, és robusztusabb; adjon statikus magasabb szintű GetAppName módszerrel. Keresse meg a globális konfigurációs fájlok több esetben.
• CMetaRegistry :: FindRegistry - új módszer kiteszik a logikát, hogy melyik fájl (ha van ilyen) betölteni.
• CEnvironmentCleaner - új osztályt megválni nem kívánt környezeti változók.
• CFileIO - vissza eredeti viselkedés: nem zárja be a fájlt kezelni, ha ez hozzárendelt SetFileHandle ().
• Soros:
• szerializációja bármilyen olyan tartalmat adatok objektumok - fix, hogy felismerjék és megfelelően folyamat attribútumok értéküket.
• Javítva olvasata XML adatok hozzárendelni egy elem alapértelmezett értéket, ha nincs tartalma.
• A támogatás a sorozatok elemei, ahol az elem egy alapértelmezett értéket.
• DATATOOL:
• Korrigált kódot generációs:
• VÁLASZTÁS adatok tárgyakat;
• bináris adat típusú attribútumokkal.
• Javított átalakítási double típusú értékek megőrzése több számjegyű.
• Csatlakozás:
• Added keepalive socket beállítás (fSOCK_KeepAlive).
• Added NCBI-teszt (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile - Új funkció a helyüket adatfájlokat (konfigurálható) szokásos helyeken.
• CChecksumStreamWriter - új osztályt, hogy kiszámolja checksum írt adatok egy patak.
• g_GZip_ScanForChunks () - új API, hogy a lekérdezés tömörített adatfolyam pozíciókat. Hozzáadott végrehajtása a szerzés pozíciók külön gzip-fájlokat belül összefűzött gzip.
• Added tömörítés / kicsomagolás patak manipulátorok (include / util / dekódoló / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) frissítette, egy esetleg törés változás. A célja ennek az, hogy lehetővé tegye CFormatGuess megkülönböztetni GTF, GFF3, és GFF2. Jelenleg csomók összes ilyen formátumok egy "eGtf" értéket. A régi "eGtf" értéket (3) helyét egyre inkább a "eGtf_POISONED", és nem küldjük vissza újra. Az új érték "eGtf" (21) azt jelenti, egy olyan fájlt, el kell olvasni az CGtfReader (objtools / olvasók / gtf_reader.hpp). Az új érték "eGff3" (22) fájlokat olvasásra szánták a CGff3Reader (objtools / olvasók / gff3_reader.hpp), és a "eGff2" (24) fájlokat olvasásra szánták a CGff2Reader (include / objtools / olvasók /gff2_reader.hpp)
• BIO-tárgyak:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Új módszer segít helyen szekvenciák behozott FASTA fájlok körű műszaki több összefüggésben; burkolt CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (szintén új).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - végrehajtására vagy javítására elismerést több előtagot (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, és IAA-IZZ, amelyek közül néhány megfelel az új lehetőséggel, DDBJ TPA WGS adatok) és a vegyes-ben TPA fehérjét csatlakozások (főleg EMBL, de néhány GenBanktól is).
• Különbséget tenni WGS mester csatlakozást egy új zászlót kicsit. Pihenjen túl szigorú PDB elismerést logikát.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs - Új funkciók a dolgozó egyszerű szöveges sorrendben azonosítók, mint tényezőt ki CFastaReader és generalizált kissé.
• SSeqIdRange - Új típusú (teljes elemzőt, és on-the-fly & quot; bejáró & quot;) dolgozó seq-id tartományban, mint jelen van néhány FASTA defline forrás módosítókat.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Opcionálisan elfogadom egyedi címeket egyszeri szekvenciák. Tag negatív szálú tartományok vezető "c években.
• CFastaReader - Támogatás negatív szálú tartományok és flitter kompakt defline stílusú gap szintaxis (& quot; & gt;? N & quot; ahol N egy számot, vagy a & quot; & gt;? Unk100 & quot;).
• Cobalt:
• Added parancssori -num_domain_hits, amely korlátozza száma konzervált domének szekvenciánként számításnál használt igazítás korlátok.
• A filogenetikai fák:
• Added magasabb szintű felület a számítástechnikai filogenetikai fa sorozatot nyomvonalakat (például BLAST és kobalt eredmények). Class CPhyTreeCalc számítja filogenetikai fa, és CPhyTreeFormater kiírja a fa Newick és Nexus formátumban.
• BIO-Objektumkönyvtárak:
• Megvalósult CheckNumRows () és más módszerek ritkás nyomvonalakat.
• hogy csökkentse a memória lábnyom: hozzáadott olvasható horgok csökkentése által használt memória nyomvonalakat után deserialization; Na-strand már használ egy bájtot, ha lehetséges; Score.value választás most ágyazott CScore.
• Befektetés csatlakozás CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-Object Manager:
• Added getter módszerek boolean mezők CTableFieldHandle.
• Added GetBestGeneForFeat () alapján CFeatTree.
• Megvalósult GetBestOverlappingFeat () a CFeatTree.
• Added gyors CScope :: GetTaxid ().
• Megvalósult ömlesztve: ACC / ver, gi, címke, és taxid.
• Hozzáadás a nulla hosszúságú rések ellenőrizze, hogy CSeqMap és CSeqVector.
• Megvalósult GetLength () és GetCoverage () a kötvény helyeken.
• Fejlesztések:
• Added helper módszer, hogy töltse CFeatTree a helyét.
• felgyorsította feltérképezése egyszerű CSeq_loc_mix helyen CFeat_CI.
• A szigorúbb válogatás a funkciók CFeat_CI hogy kétségek elkerülése érdekében.
• CSeq_feat_Handle getters mostantól működik az seq-asztal funkciókat is tartalmaz.
• seq-asztal jellemzői most már támogatja a többszintű felhasználói mezőket.
• Nem seq-bravúr seq-tábla a felismert akkor is, ha Split városában található harapnak.
• felgyorsította CBioseq_Handle :: AddId ().
• Optimalizált CScope :: AttachXxx ().
• Support split elemzi magyarázat.
• CSeqVector és CSeqVector_CI a CanGetRange () most return false helyett kivételt dob.
• Hagyjuk meg, hogyan kell kezelni a meglévő fogantyúk ResetHistory ().
• Optimalizált újra szülői ha több funkcióval egészül ki CFeatTree.
• Lehetséges a hibakeresést CScope létrehozása / törlés.
• Sok változás, hogy a C ++ razzia funkció utánozni a razzia funkció, amely már létezik a C. Van még tennivaló a BasicCleanup, de jelentős előrelépés történt. Kis munkát végeztek a ExtendedCleanup, mint még.
• CSeq_loc_Mapper most adhatók meg a GC-Közgyűlés.
• Hibajavítások:
• Fix feltérképezése mix helyről mínusz szál a CFeat_CI.
• Sok javítások, ahogy CFeatTree linkek jellemzői.
• Több thread-biztonsági javítások.
• Rögzített elírás megelőzése hozzátéve párhuzamosra grafikonokat CSeq_annot_EditHandle.
• véd meg a kivételeket, amikor válogatás funkciók CFeat_CI.
• GENBANK Data Loader:
• Regisztrált HPRD külső megjegyzéseket.
• hozzáadott opcionális exclude_wgs_master param pubseqos / pubseqos2 olvasók.
• Megvalósult ömlesztve: ACC / ver, gi, címke, és taxid.
• Added CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Improvement:
• A ömlesztve kérések CScope :: GetBioseqHandles ().
• Külön olvasó típus szerinti statisztikák betöltött foltok.
• Added timestamp hogy GenBankban debug üzeneteket.
• A IConnValidator nyitására PubSeqOS kapcsolatokat.
• Added osztott változata a darab kérések és harapnak alkulcsokkal GenBankban cache használatának elkerülésére rossz darabokat, ha blob osztott állapota megváltozik, az ID.
• Added másodlagos kevésbé zavaró param nevű nyílt timeout.
• Ne szorozza újra gróf kapcsolatok száma.
• Object Manager demó ALKALMAZÁSOK:
• id2_fetch_simple - tette hozzá -ID lehetőség tetszőleges seq-id.
• test_bulkinfo - új vizsgálati kérelmet.
• FASTA:
• C ++ funkció table beállítások történt több funkciós, mint egy részét a BankIt projekt.
• asn2flat közüzemi
• Hatalmas számos változtatást flatfile formázó, hogy sokkal közelebb engedje állapotot (esetleg kiadja kész ezen a ponton, bár néhány viszonylag kisebb problémák maradnak).
• XMLWRAPP:
• Fix szegmens hiba esetén figyelembe a hivatkozás XPath kifejezés futó eredményeit.
• Added segítők kap állami ID, a rendszer ID és DTD nevet külső és belső részhalmaza.
• Added módszereket kell keresni node attribútumokat.
• Fix végrehajtása XPath kifejezés: most indul az adott node.
• Fix keres attribútumok (beleértve alapértelmezett), amikor a névtér biztosítja.
• Added képes futtatni XPath kifejezést, de nem kell bejegyeztetni névterek kifejezetten.
• Added arra, hogy az edények gyűjtésére hibák és figyelmeztetések feldolgozása közben dokumentumokat.
• Added képes módosítani értékek és névterek a csomópont alapértelmezett attribútumok.
• Added képes tesztelni, ha egy attribútum alapértelmezett.
• Hozzáadott képes behelyezése, illetve eltávolítása értékeket, ugyanakkor figyelembe véve a névterek.
• Hozzáadott képes megfosztani XML deklaráció, ha a dokumentumot menti.
• WindowMasker:
• Egy új beviteli formátum, & quot; & quot ;; seqids ezzel a beviteli formátum, az input egy fájl, amely egy sorozatot id minden vonalon, és az algoritmus a Bio-Object Manager felnézni a sorozatok.
• Egy új osztály CWinMaskConfig, tárolására minden WindowMasker konfigurációs paramétereket. Az osztály lehet használni hozzá a szükséges parancssori hogy CArgDescriptions, és akkor kap a konfigurációs paramétereket a parancssori.
• BUILD KERET (UNIX):
• értelmezése parancssori előírások APP_PROJ vagy LIB_PROJ invitadásnak egyértelmű ki más * _PROJ beállítások nem is rendelkezésre áll ott. (Ehhez GNU Make; épít a Sun teszik folytatja a munkát, mint korábban.)
• Supply több célpontot az alkönyvtárakban: * _F (a helyi lapos makefiles termelt igény, figyelmen kívül hagyva az egyéb részein a fa), * _fd (csomagolás a felső szintű Makefile.flat), clean_sources és purge_sources.
• Beállítás és kényelmi szkriptek (fordítóprogramok / unix / *. Sh):
• Figyelemre méltó új zászlót --without-3psw - hogy ne használjon semmilyen 3rd party szoftvert.
• Hozzáadás a csekket Glew.
• Továbbfejlesztett ellenőrzi Boost és OpenGL.
• a support távon útvonalakat Darwin (Mac) rendszerek és a modern toolchains.
• BLAST:
• A Darwin (Mac OS X), építeni csak az Intel processzorokon is egyébként univerzális épít miatt a PowerPC toolchain korlátozása.
• A támogatás a letöltést NCBI Taxonomy azonosítóit, amelyek WindowMasker támogatás áll rendelkezésre.
• Hagyjon specifikációja a keresett szekvencia és a többféle szekvenciaillesztési fájlt psiblast.
• Added adatbázis hard-maszkolás támogatást.
• Added adatbázis soft-maszkolás a lefordított keresést.
• A támogatás a btop (BLAST traceback műveletek) és a lekérdezés és Hossza a táblázatos jelentést.
• Command-line alkalmazások - teszi psiblast keresni több lekérdezések, hozzáadott opcionális -input_type a makeblastdb
• használatának engedélyezése legjobb hit és XML blast2sequences módban.
• Továbbfejlesztett formázási teljesítményt távoli keresések.
• makembindex most építeni maszkos MegaBLAST index közvetlenül a BLAST nukleotid adatbázist a maszkolás tárolt információ a BLAST adatbázisban. Ezt úgy éri el az új parancssori opció -db_mask a makembindex. Az opció elfogadja az egész id a szűrési algoritmus által támogatott BLAST adatbázisban. Az opció csak együtt alkalmazzák -iformat blastdb.
• Hogy segítse a felhasználót abban, hogy megtudják a numerikus azonosítóit szűrőalgoritmusok támogatja a BLAST adatbázis, a zászlót -show_filters kerül bevezetésre. Alkalmazása a zászló -iformat blastdb és a robbanás adatbázist bemenet vált makembindex a parancs kilistázza az elérhető szűrőalgoritmusok és kilép.
• Alkalmazások NETCACHE:
• NetCache átdolgozást, hogy az alábbiakat tartalmazza:
• jobb kezelése lemezterület;
• lock-kevesebb munkát a foltok, verzióképzés helyett;
• multi-port hallgat, és per-kliens beállításait differenciáló.
• NetCache és ICache API-k:
• A Uint8 mindenhol blob mérete.
• engedélyezik a részleges blob visszakeresése.
• Bevezetett blob jelszavas védelem; az üres jelszavakat kezelik, jelszó nélkül.
• Worker node API-k:
• New paraméter megszüntetésének a munkavállaló csomópontot, ha a memória-felhasználás meghaladja a megadott határértéket (paraméter & quot; total_memory_limit & quot;).
• New paraméter megszüntetésének a munkavállaló csomópontot, ha a végrehajtás ideje túllépi a meghatározott limit (paraméter & quot; total_time_limit & quot;).
• Grid alkalmazások:
• netscheduled
• Javítva egy hiba, ami miatt nem érkezik válasz a sorban törlés parancsot.
• remote_app
• New konfigurációs paraméter (& quot; tmp_dir & quot;), hogy ellenőrizzék, hogyan ideiglenes könyvtárba nevet generálja -, hogy csökkentsék a hossza.
• Jelentkezzen blob írási hiba.
• netcache_control
• engedélyezik a részleges blob visszakeresése.
• New parancsot -remove törölni foltok által azonosítókat.
• New paraméter -auth adja hitelesítő stringet használni.
• New parancsok -reconf és -reinit által használt NetCache adminisztrátorok.
• netschedule_control
• Enabled kompatibilitási módot, hogy netschedule_control munka idősebb munkavállalók csomópontok.
• cgi2rcgi.cgi
• Ne hozzon egy üres NetCache blob mint helykitöltő az elért üzenetet.
• Log Rács hibák jelentik, hogy a felhasználó.
• Engedélyezi a szóközöket a munkát paramétert.
• Támogatás kimenete a munka állapotára vonatkozó információk JSON formátumban.
• Allow egyéni HTML sablonok meghatározását, a GRID hibák és egyéb események.
• Added no-cache HTTP fejléc elkerülése caching kapott köztes.
• ncfetch.cgi
• New paraméter eléréséhez jelszóval védett foltok.
• Interpret extra paramétert & quot; fájlnév & quot; mint egy fájlnevet a letöltött fájlt.

Mi az új verzióban december 31, 2008:

• Ez a kiadás a módszerrel számítja oszlop-specifikus pseudocounts a PSI-BLAST.
• Ez refactors a grid szolgáltatások könyvtár.
• Hozzáteszi egység vizsgálat kereteit és hibanaplózás minden fájl API osztályok.
• Ez rögzíti pthread támogatást IRIX. Ez növeli támogatását XML sorszámozás.
• Ez rögzíti támogatása Sybase.
• Ez már támogatja a kisebb feloldó táblákat a kis lekérdezések.
• Hozzáteszi, egy API letölteni GenBankban loader statisztikák.
• Azt válogatott egyéb fejlesztések, gyorsítás, és a hibajavítás.