Open Babel

Megnyitás Babel egy nyílt forráskódú, együttműködésen alapuló, szabad és multiplatform könyvtári szoftver, amelyet úgy alakítottak, hogy egyfajta kémiai eszköztár speciálisan úgy tervezték, hogy ismerje el számos nyelven kémiai adatok. Ez egyszerűen nevezte & ldquo; The Open Chemistry Toolkit. & Rdquo; műszaki jellemzők glanceWith Nyitott Babel, a felhasználók képesek lesznek keresni, elemezni, konvertálni, és tárolja az adatokat kémia, molekuláris modellezés, biokémia, valamint egyéb kapcsolódó területeken. Támogatja a számos közös kémiai fájl formátumok, beleértve Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, mosolyog, és CML.
Ezen kívül, Open Babel egy teljes funkcionalitású programozó toolkit, kémiai MIME támogatás, SMARTTM matcher, rugalmas atom / kötvény Typer, hidrogén-törlés és kívül, bitvector osztály, mátrix és vektor átalakításokat, valamint a molekuláris teszt suite.Under a motorháztető és Támogatott operációs systemsOpen Babel van írva teljesen a C ++ programozási nyelvet. Ez-ezte sa valódi cross-platform szoftver, amely támogatja GNU / Linux, BSD, Solaris, az SGI, a Microsoft Windows és a Mac OS X operációs rendszerekre. Mind a 32 bites és 64 bites számítógépek hivatalosan támogatott idején írásban this.Getting kezdődött Nyílt BabelFirst is, azt javasoljuk, hogy telepítse Nyitott Babel segítségével előre elkészített bináris csomagok az alapértelmezett szoftverforrásokat a Linux disztribúció. Ha a GNU / Linux rendszert Mindegy-ezte t is az Open Babel szoftvereket a repó, akkor & rsquo; ll kell összeállítani, és a telepítés az alkalmazást az egyetemes források Archívum nyújtott Softoware.
Töltse le a tar (tar.gz archívum), bontsa ki a tetszőleges helyre, megnyit egy terminál emulátor, keresse meg a kicsomagolt mappát, és végrehajtja a & ldquo; CGyõzõdjön. & Rdquo; parancsot (idézőjelek nélkül), hogy konfigurálja a projekt. Ezt követően újra kell futtatni a & ldquo; make & rdquo; parancsot, idézőjelek nélkül, persze, az összeállításhoz. Kérjük, győződjön meg arról, hogy a CGyõzõdjön eszköz telepítve van az operációs rendszer előtt a fenti utasításokat.

Mi az új ebben a kiadásban:

• Ez a kiadás jelentős és bug-fix-kibocsátási és legyen egy stabil frissítés, erősen ajánlott minden felhasználó számára nyílt Babel. Sok hiba és fejlesztésekkel egészült ki az elmúlt évben, mivel a 2.3.0 kiadása.

Mi az új verzióban 2.2.2:

• Ez a kiadás jelentős és bug-fix kibocsátási és stabil frissítés, erősen ajánlott minden felhasználó számára nyílt Babel. Bár lehet, hogy nem sok új szolgáltatást kínál, összeomlik és egyéb hiba javítva lett, mivel a 2.2.1.
• frissíthető az új InChI 1,02 kiadás termelni szabványosított InChI és InChIKey kimenet.
• Fix sok sztereokémiájának hibát, amikor olvasás / írás mosolyog. Ez része egy nagyobb projekt, amely kész a 2.3 kiadás.
• Fix lefordítását és telepítését a Cygwin és MinGW platformokon.
• Jelentősen javított aromaticitás és Kekulé kötvény feladat.
• Továbbfejlesztett 2D - & gt; 3D koordináta generációs
• Továbbfejlesztett koordináta-termelés a --gen3d parancssori üzemmódban
• Továbbfejlesztett teljesítmény a koordináta-generáció.
• New --fillUC parancssori műveletet Babel.
• javítások pH-függő hidrogén mellett.
• A támogatás a olvasás rezgési adatokat Molden, Molpro, és NWChem kimeneti fájlokat.
• Frissítve atomi sugarak a legutóbbi elméleti számítások.
• Javítva olvasása közben gzip tömörítésű Mol2 vagy XML fájlokat.
• Bezárás fájlokat egy hiba után. Javítva egy hiba a Pybel ahol a fájlokat nyitva marad.
• Sokkal több hibajavítást és kis funkció fejlesztéseket. == Új fájlformátumok == Import & Export:
• Molpro bemeneti és kimeneti.
• VASP koordináta fájlok (CONTCAR és POSCAR).

Mi az új verzióban 2.2.1:

• Továbbfejlesztett scripting interfészek, beleértve a Python 3 támogatás és a jobb Java és C # támogatást.
• A támogatás a maccs ujjlenyomatok. Hála a RDKit projekt.
• Sok javítások és fejlesztések az erőtér kódot. Különösen a UFF erőtér végrehajtása kezelje sok más molekulák.
• Továbbfejlesztett 3D koordináta generációs, különösen a ring töredékek. Tudod, hogy ez egy próbát a obgen segédprogram.
• Fix különféle PDB import hibák atom típusok.
• A támogatás az olvasás díjak és sugarak a PQR fájlformátumok.
• A támogatás az olvasás és írás cellát EKT formátumban.
• New & quot; kimenettel & quot; fájlformátum figyelembe generikus & quot; .out & quot ;, & quot; .log & quot ;, és & quot; dat & quot; fájlokat és az olvasás a megfelelő fájltípust alapján tartalmát. Jelenleg nagyon jól működik a kvantumkémiai csomagok.
• Added javított hiba, és jelentési ha nem tudja betölteni fájlformátumok.
• Továbbfejlesztett CIF fájlformátumot támogat.
• Sok, sok-sok további hibajavítások és kisebb fejlesztések.