relax

pihenni egy nyílt forráskódú és szabadon terjeszthető szoftver projekt, amelyet úgy alakítottak tanulmányozására molekuláris dinamikai elemzése kísérleti NMR-adatokat, támogatja a szerves molekulák, RNS, fehérjék, cukrok, DNS, és sok más biomolekulák.

pihenni támogat több NMR elméletek, megvalósítja különböző adatelemző eszközök moduláris elemek, és együtt tud működni más programokkal, mint például a Dasha és Modelfree. Emellett támogatja a széles körű NMR elméletek, elfogadott több adatelemző eszközöket, lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy megjelenítsék az adatok, valamint kölcsönhatásba más programokkal.

Annak ellenére, hogy az alkalmazás jön mind a CLI (Command-Line Interface) és GUI (grafikus felhasználói felület) front-end, több külső grafikus felhasználói felülettel (GUI) létezik pihenni.

A hordozóra típusú elemzések, relax tudja kezelni relaxáció diszperzió, konzisztencia vizsgálata több területen NMR (Nuclear Magnetic Resonance) relaxáció adatokat, N-állam modellje és a keret érdekében, modell-mentes elemzés, R1 és R2, NOE, RSDM (csökkentett Spectral Density Mapping), valamint a sztereokémiai vizsgálatok.

Annak érdekében, hogy automatizálják az adatok elemzését folyamat, lehetséges, hogy hozzon létre nagyon összetett írást segítségével építőelemek. Ehhez a fejlesztők biztosítják a különböző mintaparancsfájlok, amely segít megérteni a forgatókönyvet építési és könnyebben hozhatnak létre saját.

keres a motorháztető alatt, akkor veszi észre, hogy a program teljes egészében írt Python programozási nyelv és használja a cross-platform Qt GUI annak grafikus felhasználói felület, ami azt jelenti, hogy fut Linux, Microsoft Windows és a Mac OS X operációs rendszerek.

Az alkalmazás letölthető bináris archívumában sok GNU / Linux operációs rendszerek támogatása, 32 bites (x86) és 64 bites (x86_64) utasítás készlet architektúrák, valamint a forrás csomag.

Mi az új ebben a kiadásban:

• Tulajdonságok:
• Számos fejlesztést összeállításához HTML változata a pihenni utasítás.
• Frissítve pihenni, hogy megszüntesse az összes FutureWarnings származó numpy & ge; 1,9, időtálló pihenni ellen közelgő numpy viselkedése megváltozik.
• Képes kezelni reprodukálni R2, eff adatpontok által relax_disp.r2eff_read felhasználói funkció, de a hozzá 0,001 frekvenciájának a többszörözött pont.
• Egy új minta script betöltése modell-mentes eredmények fájlt, és vissza-számítási relaxációs adatokat.
• Fejlesztések a kezeléshez PDB strukturális adatok.
• végrehajtása structure.pca felhasználói funkció elvégzésére főkomponens analízis (PCA) együttese struktúrákat.
• Emellett egy script a gyors telepítés a Google Cloud Computing infrastruktúra.
• Változások:
• Fix a merev váz sorrendben modell 2. fokozat képkocka sorrend mátrix a kézikönyvben. A rossz jel volt, hogy használják.
• Eltávolították az newparagraph és newsubparagraph meghatározások a LaTeX kézikönyv. Ezeket okoz konfliktusokat latex2html, megakadályozza a HTML változata a kézi lehessen összeállítani. Ezek a definíciók szükségtelen a jelenlegi felállása a vágási a kézikönyvben.
• Módosított rövid feliratokat az új keretben modellek fejezetet a kézikönyv. A rovásírásos A> Z karakter váltotta egyszerűen "Daeg". Ez annak köszönhető, hogy inkompatibilitás latex2html amely megakadályozza, hogy a HTML-kézikönyv lehessen összeállítani.
• eltávolítása meghatározásának fix szélességű tábla oszlop a LaTeX kézikönyv preambuluma. Erre azért van szükség, mint a meghatározása szünetek latex2html kompatibilitás, ami a korrupció az ábrán számozás így a kép a HTML lényegében véletlenszerűen.
• eltávolítása az ékezetek csomagot, hogy a HTML-kézikönyv kell összeállítani. Az ékezetes LaTeX csomag nem kompatibilis latex2html, így a legegyszerűbb megoldás az, hogy megszüntesse a csomagot.
• Kézzel forgatva a keretet ahhoz mátrix elem EPS kézi rajzon a latex2html kompatibilitás. A '90 forgatás 'parancs törlésre került, és a befoglaló doboz permutált mint a b c d - & gt; b -c d -a. Ez lehetővé teszi, hogy a szög érv a includegraphics {} parancsot kell dobni, mint latex2html nem ismeri ezt. Ez lehetővé teszi a számok, hogy látható legyen a HTML változata a kézikönyvben.
• átalakítása a keret rendparaméter fészkelő táblázatban a kézikönyvben latex2html kompatibilitás. A táblázatban a tikz csomagot, ami végzetes latex2html, akkor is, ha nem használják. Ezért az asztalra a docs / latex / frame_order / parameter_nesting.tex fájl lett alakítva egy önálló LaTeX dokumentum létrehozása képen PostScript változatát tikz formázott táblázat. Egy összeállítás script került is. A kapott * .PS fájl már tartalmazza a PCS numerikus integrációs szakasz helyett ez a rész ami a tikz asztalra. Minden tikz preambulum szövegét el lett távolítva, hogy latex2html futni.
• A megoldás az latex2html nem tudja kezelni a allrunes csomagot vagy a kapcsolódó font. A preambulum htmlonly környezet, a keret érdekében szimbólumok újra a szöveg "Daeg" helyett a rovásírásos karakter A> Z.
• Javítások sub és felső indexek a kézikönyvben. Ez bevezeti {} körül minden al és superscripted textrm {} példányok. Ez nem szükséges a PDF változatát a kézi, a hiányzó tartó probléma elkerülhető, de hatással van a HTML-változata a kézikönyv által összeállított latex2html, amely előírja, hogy a helyes írásmódra. A javítások mind az új képkocka sorrend fejezet, valamint a relaxációs diszperziós fejezet.
• szerkesztése és javítások a pihenni 4.0.0 része a változtatások Fájl.
• frissített és javított a wiki utasításokat a pihenni engedje lista dokumentumot.
• Még egy wiki kapcsolatos utasításokat ellenőrzése halott linkeket a kiadás lista dokumentumot.
• További kisebb változtatásokat a "Hirdetmény" szakasz a kiadás lista dokumentumot.
• A frissített shell script találni duplikált címek a LaTeX fájlok a kézikönyvben.
• átváltva a duplikált cím megtalálása shell scriptet egy Python script. A Python script sokkal fejlettebb, és használ egy másik logika, hogy készítsen egy táblázatot többismétléses címek és azok számát. A script is vissza nem kilépési állapot, amikor ismétlésben létezik.
• átváltva a többszörözött cím megtalálása Python script, hogy egy osztály szerkezetét. Ez lehetővé teszi, hogy a forgatókönyvet kell importálni modulként. A párhuzamos megállapítás tolódott át find () osztály módszer.
• nevén a párhuzamos cím megtalálása script.
• Eltávolították az ismétlődő LaTeX cím megtalálása shell script. Ez most kezeli sokkal fejlettebb Python script.
• A Scons összeállítása PDF és HTML kézikönyvek most ellenőrzi a másolt címek. Egy új replicate_title_check cél lett hozzáadva a scons szkripteket. Ehhez a find () metódus a párhuzamos LaTeX cím megállapítás script annak meghatározására, hogy a címek bármelyikét reprodukálni, és ha igen, a scons célba visszatér egy sys.exit (1) hívás. Ezt a célkitűzést állítva elején a user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons célokat. Az eredmény az, hogy a kézi nem lehet összeállítani, ha párhuzamos címek léteznek, arra kényszerítve a címek meg kell változtatni. Az eredmény az lesz, hogy a HTML-oldalak mind egyedi, mint reprodukálni címek eredményeket csak egy HTML oldal jön létre az összes részét.
• kiküszöböléséről reprodukálni címet a LaTeX forrásokból, hogy az új keret érdekében fejezetek be.
• eltávolítása egy régi reprodukálni címet a LaTeX forrás a kézi. Ez a címe "Model-mentes elemzés", amelyet használnak a teljes konkrét elemzés fejezetben, valamint a modell-mentes elemzés részben az értékek, színátmenetek és hesseniek optimalizálása fejezetben.
• Javítások és javított kinyomtatott a replicate_title_check scons cél.
• Frissítve minden pihenni elleni jövőbeli előforduló változásokra numpy Python csomagot. Tól numpy 1.9-es verzió, a FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: összehasonlítva `None` eredményezi majd elemenként tárgy összehasonlítása a jövőben. látható nagy százaléka lazítani felhasználói funkciókat. Ez fogott, és vált egy RelaxWarning ugyanazt az üzenetet. A kérdés az, hogy a viselkedését az összehasonlító operátorok == és! = Megváltozik a jövőben numpy változatok. Ezeket váltotta fel, és mi nem az egész pihenni alapkód. Változások is történtek a minfx és bmrblib csomagokat, hogy megfeleljen.
• További jövő elleni védelem numpy változásokat. A FutureWarning a `rank` elavult; a `ndim` attribútum vagy funkció helyett. Ahhoz, hogy megtalálja a rangot mátrix lásd `numpy.linalg.matrix_rank`. Ezért az N-state modell célfüggvény módszer paramag_info () frissült használni a .ndim attribútumot és hosszabb használat numpy.rank () függvény.
• létrehozva Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids rendszer teszt. Ennek az a célja, hogy utolérjék a bug # 23933, a "NameError: globális név" azonosítók "nem definiált" probléma betöltése közben relaxációs adatokat. A rövidített változata a PDB fájlok és pihenés adatok a teljes verzióját, ami csatlakozik a hibajelentés, amely kizárólag maradék 329, 330, és 331 bővült a tesztsorozat megosztott könyvtárai, és a rendszer teszt írt elkapni a NameError.
• A frissített Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids rendszer teszt elkapni a RelaxMultiSpinIDError. Ez lehetővé teszi, hogy a rendszer teszt át, mint RelaxMultiSpinIDError várható.
• A frissített minfx és bmrblib verziók megjelenése lista dokumentumot 1.0.12 és 1.0.4. Ennek célja, hogy távolítsa el a numpy FutureWarning üzenetek a == None és =! Semmi összehasonlítást numpy adatszerkezetek, amelyek a jövőben változni fog a viselkedésben.
• Megnövelt Gna! hír vágási mélység megjelenése lista dokumentumot.
• A felnagyított leírása a sequence.attach_protons felhasználói funkció. Ez következik http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Added kezdeti adatok tesztelésére adatok Paul Schanda. Ez bizonyítja, hogy több lehetőség van, hogy fokozza az R2, eff pont módszer.
• Added a Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 rendszer teszt. Ez lesz elkapni a kölcsönzés a nan értékek.
• Made további ellenőrző sorrendben olvasás, hogy nan értékek kerülnek lejátszásra.
• Ellenőrizze, hogy a többszörözött 4000 Hz pont a 950 MHz-es kísérlet nem írja felül.
• A Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 rendszer teszt, hozzá egy teszt számítva a R2, eff értékek. Ez azt mutatja, hogy a többszörözött R2, eff 950 MHz / 4000 Hz pont felülírja. Megoldás lehet változtatni a diszperziós frekvencia nagyon kevés, hogy a kiegészítéssel, az adatok pont.
• Added további vizsgálatokat Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Ez megmutatja, hogy a párhuzamos R2, eff értékek nem kezeli jól.
• A funkció r2eff_read az adatok modul a diszperzió, tette hozzá a lehetőségeket, hogy olvassa R2, eff értékeket, amelyeket terjeszteni. Ezt először ellenőrizni, hogy a diszperziós kulcs létezik az R2, eff szótárban. Ha létezik, akkor továbbra is hozzá 0,001 a frekvenciát, amíg egy új lehetőség fennáll. Ez segít kezelni több R2, eff pont, mint önálló érték, és nem bármilyen döntés esetén az átlagostól őket.
• Added a várható emelése egy relax hiba, ha próbál ábrázolni és nem modell adatait tárolja.
• A figyelem hiba, ha ábrázoljuk diszperziós görbék, és nem modell mentésre kerül.
• Megváltozott példaszkript adatok elemzéséhez.
• Bővített az Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 rendszer teszt többek között az automatikus elemzés és fürtözött illik. Ez azt mutatja, hogy az elemzés is lehetséges.
• Added egy átmeneti állapot, és a script GUI beállítási adatai Paul Schanda.
• Added a Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI teszt. Ez megmutatja, hogy a betöltés állam létrehoz egy probléma. Lőfegyverét (legutolsó hívás utolsó): Típushiba: int () argumentum nem karakterlánc vagy szám, nem "NoneType".
• Hozzáadott példaparancsfájlt back-számítási relaxációs adatokat a modell-mentes eredmények fájlt. Ez akkor hasznos, amikor az eredmények fájl nem a végső modell, mivel ezek az eredmények a fájl nem tartalmazza a vissza-számított adatok. Ez a válasz, hogy Christina Moller a támogatási kérelmet # 3303.
• A Gary lib.float.isNaN () helyett math.isnan (), hogy visszafelé kompatibilitás python 2.5.
• Fix az elírás és dokumentálása az új viselkedése relax_disp.r2eff_read olvasva R2, eff pontokat ugyanazon a frekvencián. Ha a spin-tároló már tartalmaz R2, eff értékek a "gyakoriságát CPMG impulzus" vagy "spin-lock térerő", a frekvencia változik egy végtelenül kis értéke + 0,001 Hz. Ez lehetővé teszi a másolatok vagy több azonos frekvencián.
• A módosított belső szerkezeti tárgy kevésbé befolyásolja a méret az EKT. Az EKT sorozatszám intelligensen kezelik, az, hogy visszaáll 1, ha egy új modell jön létre. Ez az információ még mindig tartanak támogató logikája az olvasó a CONECT nyilvántartások, és kizárásra kerül a jövőben. A lánc azonosító adatokat már nem tárolja a belső szerkezeti tárgy, mivel ez az információ újra a structure.write_pdb felhasználói funkció alapján, hogy a belső szerkezeti objektum jött létre.
• Frissítések a Noe és felépítése rendszer teszt osztályok belső szerkezeti tárgy változásokat. A sorszám most visszaáll, és a lánc azonosító adatokat nem tárolja.
• Hozzáadott egy fájlt a tesztsorozat megosztott adatok között segíti az PCA strukturális elemzés. Ez az N-domain a CaM-IQ komplex használható a képkocka sorrend elemzés. Ez az első 5 szerkezetek egy hívást a frame_order.distribute felhasználói funkció, a különböző merev testek egyesült újra együtt egyetlen molekula.
• létrehozva structure.pca felhasználói funkció front end. Ez jelenleg mintájára az structure.rmsd felhasználói funkció keretet.
• Basic végrehajtását structure.pca felhasználói funkció hátsó. Ez az új PCA () függvény a pipe_control.structure.main modult. Egyszerűen végez valamilyen ellenőrzés, összeszereli az atomi koordináták, és az átadja a vezérlést az pihenni könyvtár pca_analysis () függvény az éppen nem implementált lib.structure.pca modul.
• Részleges végre a PCA analízis a pihenni könyvtárban. Ez az új structure.pca felhasználói funkció. A lib.structure.pca modul jött létre, és a pca_analysis () függvény létre kiszámításához szerkezet kovarianciamátrixának keresztül calc_covariance_matrix () funkciót, majd kiszámítja a sajátvektor és sajátérték a korrelációs mátrix, válogatás, és visszavágni a kívánt számú PCA mód.
• Added algoritmus és num_modes érvek a structure.pca felhasználói funkció. Ezeket továbbítja az összes utat a pihenni könyvtár backend.
• Megvalósult az SVD algoritmus a PCA analízis a pihenni könyvtárban. Ez egyszerűen meghívja numpy.linalg.svd ().
• A PCA analízis a pihenni könyvtár kiszámolja a per szerkezet előrejelzések mentén PC-k.
• A PCA analízis funkció a pihenni könyvtár most visszatér az adatokat. Ez magában foglalja a PCA értékek és vektorok, valamint a per szerkezet előrejelzések.
• A PCA értékek és vektorok, valamint a per szerkezet előrejelzések most tároljuk. Ez a structure.pca felhasználói funkció backend a pipe_control.structure.main modul.
• Added a formátumot és a dir érvek a structure.pca felhasználói funkció. Ez az első és a hátsó véget ér.
• Módosított a assemble_structural_coordinates () metódus hívása több információt. Ez a pipe_control.structure.main modul. A listák logikai érv ma már elfogadott, aminek hatására a funkció emellett visszatér az objektum azonosító lista egy molekula, a típusszám lista egy molekula, és a molekula neve listából egy molekula.
• A structure.pca felhasználói funkció létrehozza grafikonok a PC előrejelzések. Ez magában foglalja a PC1 vs. PC2, PC3 PC2 vs. stb.
• Added a Gromacs PCA eredmények a distribution.pdb fájlt. Ez magában foglalja a script végrehajtásához használt összes rész Gromacs és minden kimeneti fájlokat.
• A frissített Gromacs PCA eredmények a legújabb 5.1.1 Gromacs változat.
• Alkotó kezdeti Structure.test_pca rendszer teszt. Ez hajtja az új structure.pca felhasználói funkció, és ellenőrzi, hogy az adatok tárolása a cdp.structure.
• Jobb a grafikonokat a backend az structure.pca felhasználói funkció. A grafikonokat most csoportosulnak, hogy a különböző modellek azonos szerkezet ugyanazokat az adatokat cső belül egy grafikon készlet. A grafikon fejléc is javult.
• A felnagyított a Structure.test_pca rendszer ellenőrzi, hogy összehasonlítani az értékeket Gromacs.
• A súlyozott átlag szerkezet már számítható. Ez a calc_mean_structure () függvény a pihenni könyvtári modult lib.structure.statistics. Súlyokat most szállított minden struktúra lehetővé teszi a súlyozott átlag alapján kell kiszámítani, és vissza.
• A támogatás a megfigyelő struktúrák structure.pca felhasználói funkció. Ez lehetővé teszi egy részét a használt szerkezeteken a PC-elemzés nulla értékkel súly, hogy ezek a szerkezetek használhatók az összehasonlítás céljára. A obs_pipes, obs_models és obs_molecules érvek kerültek a felhasználói funkció front end. A háttér használja ezt, hogy hozzon létre egy sor súlyok az egyes szerkezetek. És a lib.structure.pca funkciókat használja a nulla súlyokat, hogy távolítsa el a megfigyelő struktúrák a PC üzemmód számításokat.
• létrehozva Structure.test_pca_observers rendszer teszt. Ez a tesztelés az új megfigyelő struktúrák koncepcióját structure.pca felhasználói funkció.
• Jobb a nyomatok a pihenni könyvtár főkomponens analízis. Ez a pca_analysis () függvény a lib.structure.pca modul.
• Javítások és fejlesztések a grafikonok által termelt structure.pca felhasználói funkció. A különböző készletek már helyesen létre, és most jelzett a parcellákon.
• hozzáadása tesztelés telepíthető script, a gyors telepítés a Google Cloud Computing. Ez egy tervezett telepítését az Ubuntu 14.04 LTS.
• Bővülő script telepítés.
• Elhelyezés beépítésre funkciók telepítése script.
• hasítás telepíteni script több kisebb funkciót.
• A kód ellenőrzése nyilatkozatok telepíteni script.
• Ha beszerzése a scriptek, több funkció is elvégezhető helyett.
• Added terek telepíteni script jobb nyomtatáshoz.
• A kód egy bemutató forgatókönyvet.
• A kód 2 bemutató szkripteket.
• Fix kis spin-ID hiba bemutató script.
• létrehozva rendszer teszt fogására bug # 24131, a BMRB export kudarc, amikor a SpinContainer objektum nem S2 tulajdonság jelentése szerint Martin Ballaschk.
• A módosított a Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition rendszer teszt, hogy ellenőrizze a RelaxError. A vizsgálat eredménye egy RelaxError, mivel az eredmények fájl nem tartalmaz kiválasztott forog.
• Added a Mf.test_bug_24131_missing_interaction rendszer teszt elkapni egy másik probléma. Ez része a bug # 24131, a BMRB export hiba a SpinContainer objektum nem rendelkező S2 értéket. Azonban a korábbi fix kihagyom bejelölve forog egy új probléma a pihenni még keresi az atomi kölcsönhatások e kiválasztva spin.
• Bugfixek:
• Replikált címei a HTML változata a pihenni kézi, és így reprodukálni HTML fájlnevek felülírás korábbi részekben, már megszűnt.
• Javítva a bug # 23933, a "NameError: globális név" azonosítók "nem definiált" probléma betöltése közben relaxációs adatokat. A hiba vezették vissza 2014 novemberében, és annak köszönhető, hogy néhány hiányos hibakezelés kód. A probléma az, hogy a spin típus, hogy a pihenés adatok tartozik (@N vs. @H) nem lett megadva. Most a helyes RelaxMultiSpinIDError felemelkedik. Az azonosítók változó nem létezik - ez volt kód, amely a tervek szerint hozzá, de soha nem volt, és feledésbe merült.
• Fix a CSA állandó egyenletnek a modell-mentes fejezet a kézi. Ezt kiszúrta Christina Moller és beszámolt a relax-users levelezési listát.
• Hibajavítás tárolására az XML szerkezeti tárgy az állam és az eredmények fájlokat. Korábban semmilyen tárgyat adunk cdp.structure (vagy bármilyen szerkezet tárgy) nem lehet menteni a szerkezeti tárgy to_xml () metódus, kivéve, ha a funkció kifejezetten módosított tárolhatja a tárgyat. Most minden tárgy jelen lesznek átalakítva XML.
• Fix a relaxáció diszperziós elemzés a GUI, mint elkapta a Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI teszt. Betöltésekor egy script állapot fájl, az értéke None lehet jelen. Ezt most meg a normál értéket.
• Javítva futó pihenhetnek a szerver nem grafikus kijelző és a matplotlib. A hibát találtak a Relax_disp.test_repeat_cpmg rendszer teszt. És a hiba keletkezett volt: QXcbConnection: Nem sikerült csatlakozni megjelenítéséhez. Megszakad (core dump). A backend matplotlib meg kell változtatni. Ez például leírva: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display és http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Módosított viselkedését a bmrb.write felhasználói funkció backend egy modell-mentes elemzés (javítás bug # 24131). Ez a bmrb_write () metódus a modell-mentes elemzés API. Bejelölve forog most kimarad, és egy csekket adtak hozzá, hogy biztos, hogy a spin adatokat állítottak össze.
• Egy másik javítás bug # 24131, a BMRB export kudarc, amikor a SpinContainer objektum nem S2 attribútummal. Most nincs adat tárolása a BMRB fájlt, ha egy modell-mentes modell nem jött létre a spin. Ez lehetővé teszi, hogy a tesztkészlet át.
• Hibajavítás, hogy a Mf.test_bug_24131_missing_interaction rendszer teszt átadni. Ez része a bug # 24131, a BMRB export hiba a SpinContainer objektum nem rendelkező S2 értéket. A probléma az volt, amikor összeszerelése diffúziós tenzor adatok. A spin_loop () függvényt hívott, mint a diffúziós tenzor tűnik minden maradék. Ezért a skip_desel = True került, hogy megfeleljen a modell-mentes része.

Mi az új verzió 4.0.0:

• Tulajdonságok:
• Az utolsó, teljes és helyes végrehajtása a keret rendezett halmaz tanulmányozására merev test mozgások. Ez jelenleg elemzésére RDC és PCS adatokat belsőleg igazított rendszereket.
• Változások:
• törlése a frame_order.average_position felhasználói funkció, és az összes kapcsolódó backend kódot. Ez a felhasználó a funkció lehetővé tette a felhasználó számára, hogy öt különböző típusú elmozdulás az átlagos mozgó tartomány összesen: tiszta rotáció, fordítás nélkül, a pivot a mozgás a rendszerben; a forgás a pivot a rendszer mozgását fordítással együtt; tiszta fordítás forgás nélkül; a forgás a tömegközéppontja a mozgó tartomány fordítás nélkül; a forgás a tömegközéppontja a mozgó tartomány fordítással együtt. Most az utolsó lehetőség lesz az alapértelmezett, és egyetlen lehetőség. Ez az opció megegyezik a standard egymásra algoritmus (a Kabsch algoritmus) egy feltételezett szerkezete a valódi átlagos pozíció. A másik négy miatt a történelem, a fejlesztés az elmélet. Ezeket a határértékeket a hasznosságát az elmélet, és csak zavart okozna.
• Tisztítsuk meg a keret érdekében célfüggvény kódot. Ez megegyezik az előző váltás törlését a frame_order.average_position felhasználói funkció. A változások közé tartozik az eltávolítását a fordítás optimalizálás zászlót, mert ez most mindig megtörténik, és az eltávolítását a zászló, amelynek hatására az átlagos tartomány forgatás forgáspont, hogy megfeleljen a mozgási forgáspont, mivel ezek most már végleg függetlenített.
• betűrendes sorrendje funkciók lib.frame_order.pseudo_ellipse modul.
• ligában az összes "vonal" keret érdekében modellek, mivel azok még nem elérhető. Ez csak frontend kód - a modul nem létezik.
• A frissített izotróp kúp bütykös keret érdekében teszt modell optimalizálás script. Mindezek miatt a változások a keretben sorrendben elemzés, a régi forgatókönyv már nem volt működőképes.
• A szkript létrehozása a bütykös keret érdekében kísérleti modelljei találni az átlagos tartomány helyzetét. Mivel a forgatás egy rögzített tengely már megszűnt, a váltás 1J7P_1st_NH_rot.pdb a 1J7P_1st_NH.pdb kell alakítani egy fordítás és forgás a com. Ez a szkript fogja használni, hogy cserélje ki a elforgatható Euler-szög a fordítás vektor és a COM forgatás Euler szögek. Azonban a structure.superimpose felhasználói funkció fog módosítani kell kezelni mind a standard centroid egymásra valamint COM egymásra.
• A frissített bütykös keret érdekében vizsgálati modellben egymásra script. A structure.superimpose felhasználói funkció mostantól helyesen nevezik. A kimeneti naplófájl került az adattárba, mivel ez tartalmazza a helyes fordítást és az Euler forgatás szükséges információt a vizsgált modellek.
• paraméter frissítést az izotróp kúp bütykös keret érdekében teszt modell optimalizálás script. Az Euler-szög a forgás a mozgási pivot váltották a fordítási vektor és Euler szög Com elforgatás paramétert.
• Fix számos a keret sorrendben modellek, amelyek nem rendelkeznek a paraméter korlátok. A linear_constraint () függvény éppen visszatért, b = [], [] az ilyen modellek, de ezek az üres numpy rácsok okozza a minfx könyvtár nem. Ezeket az értékeket a most fogott, és a korlát algoritmus ki van kapcsolva a minimalizálása () különleges API módszer.
• Megnövelt pontosság az összes adatot a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script. Ezek már mind átszámolva float16 a float64 numpy típusok.
• Fix az RDC hiba beállítást a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script. A rdc_err adatstruktúra található atomok adatok konténerek, nem a spin konténerek.
• struktúrájának módosítására terhelés része a bütykös keret rendelési adatokat generációs adatbázis script. A szerkezeteket már csak betöltve, ha a DIST_PDB flag be van állítva, mivel ezeket csak generálására használt 3D eloszlását szerkezetek. Ez ment egy csomó időt és a számítógép memóriájában.
• Hatalmas sebességnövekedés a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script. Segítségével többdimenziós tömbök numpy tárolni az atomi pozíciók és az XH egység vektorok minden forog, és elvégzi a forgatások a következő szerkezetek numpy.tensordot (), a számítások most faktorral 10-szer gyorsabb. Az állapotjelző változtatni kellett mutatni 1000 helyett 100 ismétléseket. A forgatások a pozíciók és vektorok most végre egymás után, véletlenül rögzítése hiba a kettős mozgás modellek (azaz "kettős rotor" modell).
• A módosított a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script megőrzésére számítógép RAM. Az XH vektor és atom helyzetét adatszerkezetek az összes N forgatások már a numpy.float32 helyett numpy.float64 típusát. A fő változás kiszámítható az átlagolt regionális elosztók és átlagosan PCSs külön törlésével N méretű adatszerkezetek egyszer adatfájlok íródnak.
• A teljes átalakítása a bütykös keret rendelési adatokat generációs adatbázis script a sebesség és a memória megtakarítás. Bár az elforgatott XH kötés vektor és atomi pozíció kód nagyon gyors volt, az összeg a szükséges memória tárolja azokat a spin-konténerek és atomi adatok tartályok hatalmas volt, amikor az N & gt; 1E6. Az ezt követő rdc.back_calc és pcs.back_calc felhasználói függvényhívás is túl hosszú ideig tart. Ezért az alap forgatókönyv áttervezték. A _create_distribution () metódus osztották négy: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), és _pipe_setup (). A _pipe_setup () metódus első, hogy hozzanak létre az adatok cső minden szükséges adatot. Ezután a _calculate_rdc () és _calculate_pcs () metódus, és végül _create_distribution () ha a DIST_PDB flag be van állítva. A hívásokat a rdc.back_calc és pcs.back_calc felhasználói funkciói megszűntek. Ehelyett a _calculate_rdc () és _calculate_pcs () metódus kiszámítja az átlagolt RDC és PCS magukat numpy tömb struktúrákat. Ahelyett, tárolására hatalmas elforgatott vektorok és az atomi pozíciók adatszerkezetek, a regionális elosztók és PCSs összeadódnak. Ezeket aztán osztva self.N végén átlagosan az értékeket. Összehasonlítva a régi kódot, ha N = 20 millió RAM-használatot cseppeket ~ 20 GB körülbelül 65 MB. A teljes üzemidő is csökkent egy rendszer néhány nap vagy néhány óra (egy megrendelés vagy két nagyságrenddel).
• Megváltozott a haladást mérő frissítése a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script. A tárcsa túlságosan gyors, frissül 5 lépésekben, és most frissül 250. És az összes most csak nyomtatott 10.000 lépésekben.
• Fejlesztések a haladást mérő a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script. A vesszők most nyomtatott között több ezer, a számok most jobbra igazítva.
• Nagy növekedés pontosságának RDC és PCS átlagolás. Ez a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script. Összegzésével a regionális elosztók és PCSs be 1D numpy.float128 tömbök (ehhez 64 bites rendszer van szükség), majd elosztjuk N végén, az átlagos érték számítható egy sokkal nagyobb pontossággal. N nagyobb lesz, a numerikus átlagolás vezet egyre nagyobb mennyiségű csonkolás leletek. Tehát ez a változás csökkenti ezt.
• Fix az RDC és PCS átlagosan a bütykös keret érdekében vizsgálati adatok generációs adatbázis script. A dupla rotor modellt, vagy több mozgási mód modell, az átlagolás nem volt megfelelő. Ahelyett, hogy elosztjuk a N, az értékeket meg kell osztani N ^ M, ahol M az a szám, mozgási mód.
• óriási növekedést pontosságot a bütykös keret érdekében szabad rotor modell vizsgálati adatok. A nagyobb pontosság, mert a szám szerkezetek forgalmazásával már húsz millió helyett egymillió, és sokkal nagyobb pontossággal numpy.float128 átlagolása a frissített adatok generációs adatbázis script került felhasználásra. Ezek az adatok lehetővé teszik a sokkal jobb becsült béta és gamma átlagos tartomány helyzetét paraméterértékeivel szabad rotor modellek által érintett összeomlása az alfa paraméter nulla.
• óriási növekedést pontosságot a bütykös keret érdekében dupla rotor modell vizsgálati adatok. A nagyobb pontosság, mert a szám szerkezetek forgalmazásával már több mint húsz millió (4500 ^ 2), mint negyedmillió (500 ^ 2). És sokkal nagyobb pontossággal numpy.float128 átlagolása a frissített adatok generációs adatbázis script került felhasználásra.

• Változások:



• Bugfixek:

• Tulajdonságok:















• Változások:












































































































Azaz.

Mi az új verzió 3.3.4:

• Tulajdonságok:






• Változások:






































































• Bugfixek:

• Tulajdonságok:








• Változások:





















































• Bugfixek:

• Tulajdonságok:








• Változások:








































































































































• Bugfixek:

• Változások:












































































































































































































































• Bugfixek:

Mi az új verzió 3.3.0:

• Tulajdonságok:



















• Változások:

Mi az új verzió 3.1.5:

• Változások:




• Bugfixek:

• Tulajdonságok:




• Változások:
























• Bugfixek:

Mi az új verzió 3.1.3:

• Változások:

Mi az új verzió 3.1.2:

• Változások:













• Bugfixek:

Mi az új verzió 3.1.1:

• Tulajdonságok:













• Változások:

Mi az új verzió 3.1.0:

• Tulajdonságok:






























• Változások:

Mi az új verzió 3.0.2:

• Tulajdonságok:




• Változások:























































• Bugfixek:

Mi az új verzió 3.0.1:

• Tulajdonságok:






• Változások:







































































































• Bugfixek:

Mi az új 3.0.0 verzió:

• Tulajdonságok:





















• Változások:





























































































































































































































































































































• Bugfixek:

• Tulajdonságok:







• Változások:










































• Bugfixek:

• Tulajdonságok:


• Változások:

• Tulajdonságok:









• Változások:














































































































































• Bugfixek:

Mi az új verzió 2.2.2:

• Tulajdonságok:


• Változások:


























• Bugfixek:

Mi az új verzió 2.2.1:

• Változások:









• Bugfixek:

• Tulajdonságok:













• Változások:




















































































































• Bugfixek:

Mi az új verzió 2.1.2:

• Tulajdonságok:





• Változások:

Mi az új 2.1.1 verzióját:

• Tulajdonságok:










• Változások:


















































































































































• Bugfixek:

Mi az új verzió 2.1.0:

• Tulajdonságok:





• Változások:




































































































































• Bugfixek:

Mi az új verzió 2.0.0:

• Tulajdonságok:





















• Változások:

Mi az új verzió 1.3.16:

• Tulajdonságok:


• Változások:


• Bugfixek:

Mi az új verzió 1.3.9:

Mi az új verzió 1.3.6:

Követelmények :