SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter egy grafikus Python eszköz interaktív szegmens képhalmaitól sejtek szöveti él-címkék (aka. Fehér körvonalakat). & Nbsp; A kölcsönhatások teljes mértékben a szerkesztési magok, amelyek viszont bővült a vízválasztó algoritmust. A fő különbség a SWS és egyéb eszközök, hogy lehet egyszerre egynél több magot cellánként, amelyek segítségével beállíthatja a határait nehéz sejtek.
SWS-re épül az wxPython, matplotlib, numpy, scipy, és mahotas.
A fő, hogy használ egy villámgyors vízválasztó algoritmus (hála a mahotas projekt), és lehetővé teszi a valós idejű frissítéseket. Ez egy egyszerű (ha zsúfolt) UI és teljesen interaktív, ideértve akár 1 szintű visszavonás.
A kiadvány az SWS hogy megadja ezeket a részleteket, és több Cytometry rész:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Forráskódot is tükrözi a négy tárolók és PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
A Google Code oldalon is van néhány bináris kiadásai (http://code.google.com/p/seedwater/), aminek működnie kell a 32 bites Windows vagy 64 bites Linux, de ezek már régi. Használja a "easy_install" módszer ma.
További részletekért lásd Python telepítése utasítások 20XX.txt Ön is szeretné elolvasni a kézikönyvet: SeedWater szegmentálót V xx Manual.txt
telepítése és futtatása
Telepítés végül egyszerű!
Sőt, akkor most "easy_install SeedWaterSegmenter"
Rövid útmutató:
Windows / Mac:
& Nbsp; Install Enthought Python Distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
Egy cmd ablakot (kell futtatni rendszergazdaként a Windows Vista / 7) vagy a Terminal (Mac / Linux), futtassa:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Részletes utasítások:
A legújabb verzió neve:
"Python telepítési útmutató augusztus 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python telepítési útmutató augusztus 2012.txt

követelmények :

< li> Python