tigreBrowser

tigreBrowser egy génexpressziós modell böngésző eredményei Tigre R csomag (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Telepítés:
tigreBrowser igényel Python verzió> = 2.5. tigreBrowser lehet telepíteni a következő paranccsal:
python setup.py telepíteni
További információ a telepítése Python modulok (például telepítése nélkül root jogosultságot az aktuális felhasználó esetén), lásd http://docs.python.org/install/
Indítás kiszolgáló
A web szerver tartalmazza tigreBrowser futnia kell ahhoz, hogy a tényleges eredmény böngészőt.
Szükséged lesz egy adatbázis fájlt által generált Tigre R csomag (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Ez a csomag tartalmazza a teszt adatbázis fájl "database.sqlite", amely lehet használni, hogy teszteljék tigreBrowser. A teszt adatbázist állítottunk elő az utasításokat, és például az adatok szerepelnek Tigre csomagot.
Execute tigreServer.py elindítani a grafikus felhasználói felület a szerver. Annak érdekében, hogy elkezd az eredmény böngészőt, először is meg kell ki egy adatbázis fájlt, amelynek eredménye látható lesz. Ezt úgy lehet elérni, válassza a "Megnyitás adatbázis file ', és válasszon egy adatbázis fájl. Az adatbázis fájl nem írási joggal. A szerver ezután kezdődött kattintva "Start szerver". Ha rákattint, a címkén alatt megjelenő gombok megmutatni az URL-t az eredmény böngészőt.
Az eredmény böngésző már elérhető, hogy URL segítségével rendszeresen böngészőt. Használati utasítását a böngésző a következő részben a kézikönyv. A böngésző elérhető, amíg a szerver leáll, és a "Állj szerver" gombra.
tigreServer.py is használható a parancssori felületet. Kezdje a forgatókönyvet "--help" opciót a további részletekért.
A böngésző
Adatbázisba kiválasztása
Az adatbázisba kiválasztása meghatározza, hogy mely eredmények láthatóak lesznek az eredmények felsorolása és milyen sorrendben. A kísérlet szelekció lehet beállítani, hogy a kísérletsorozatban. Csak eredményeket ezekből a kísérletekből látható lesz a lista.
Tovább az adatbázisba kiválasztása a válogatott transzkripciós faktor (TF) vagy kitűzött, attól függően, hogy az eredmény böngésző által célzott rangsor mód vagy szabályozó rangsor módban (lásd telepítés). Ezen cél rangsor módban a TF kiválasztása áll rendelkezésre, és az eredmények felsorolása tartalmazza eredményeit a különböző célokat az adott TF. Szabályozóval rangsor üzemmódban a kitűzött van kiválasztva, és a lista megmutatja eredményeit a különböző szabályozók.
Mivel az eredmények száma magas lehet, az eredmények lehet osztani több oldalt. "Gének száma oldalanként" kiválasztás lehet beállítani száma eredményeket mutatott. Ez akkor lehet hasznos, hogy csökkentse a találatok számát, ha az oldal lassan töltődik miatt nagy szám a képek.
Végül a sorrend, amelyben az eredmények azt mutatták, meg lehet változtatni a "Rendezés" kiválasztásához. Az eredményeket sorolva descendingly az adott kritériumnak.
Szűrő
Eredmények lehet szűrni különböző kritériumok alapján. Lehet, például azt mutatják, csak a következőre gének, amelyek z-pontszám nagyobb, mint egy bizonyos küszöbértéket.
Lehetőség van, hogy egyesítsen kritériumok szûrésénél. "[+]" Link lehet, hogy egy újabb szempont. A kritérium lehet is eltávolítható "[-]" linkre (nem látható, ha csak egy kritérium). Ha több kritériumok alapján, a gén miatt kell felelniük valamennyi kritériumnak kell megmutatta a lista.
A szűrés aktiválását az "Apply Filters" jelölőnégyzetet.
Kiemelve
Ha a gének az adatbázis tartalmaz kiegészítő adatokat, eredményeket lehet kiemelték, hogy az adatokat. A rendelkezésre álló kiemelve opciók megmutatta a színek társult azokat a lehetőségeket.
Az kiemelve művek bemutatásával színes dobozok alatt a szonda nevek az eredmény lista a gének, amelyek a kiegészítő adatokat, amely megfelel a kiválasztás.
Keresés
Lehetőség van a keresés eredménye az adott géneket. A keresés munkálatok beírja vesszővel elválasztva gén, illetve a szonda neveket a keresőmezőbe. Gene álneveket is fel lehet használni, mint egy keresési bejegyzést.
Eredmények megjelenítése
Az eredmények az adott válogatott adatbázisba, szűrők, kiemeli és keresés lesz megmutatta, amikor a "Küldés" gombra kattint. Az adatbázis akkor kerül lekérdezésre eredmények amelyek megfelelnek az adott választást. "Reset" gombbal lehet törölni minden választás és szövegmezők.
Az eredmények felsorolása tartalmaz több oszlopot. Az első oszlopban a szonda neve jelenik meg a GENENAME kapcsolódó szonda. Továbbá a gén neve, az a génexpresszió alak, ha az egyik az adatbázisban meghatározott. A következő oszlop a tényleges eredmények gének. Kiegészítő adatok is megjelenik itt. Kísérlet számok jelennek mellett az eredmény értékeket.
Végül kísérlet paramétereinek illesztve az adatbázisban, megjelenik egy asztal mellé a számokat.

követelmények :

• Python