Genomra kiterjedő mRNS profilalkotás ad pillanatképet a globális állam a sejtek különböző körülmények között. Ugyanakkor mRNS szintek nem nyújt közvetlen megértése upstream szabályozó mechanizmusok. Expression2Kinases (X2K) egy új megközelítést azonosítani upstream szabályozó valószínűleg felelős a megfigyelt változások genomot génexpresszió. Azáltal ChIP-Seq / chip és pozíció-súly-mátrixok (PWMs) adatok, fehérje-fehérje kölcsönhatások, és kináz-szubsztrát foszforiláció reakciók X2K lehet használni, hogy azonosítani tudják a szabályozási mechanizmusok upstream genomot különbségek génexpressziót. Az ötlet az, hogy először következtetni a legvalószínűbb transzkripciós faktorok, amelyek szabályozzák a különbségek a génexpressziót, majd fehérje-fehérje kölcsönhatások, hogy csatlakoztassa a azonosított transzkripciós faktorok alkalmazásával további fehérjék építéséhez transzkripcionális szabályozó alhálózatok középre ezeket a tényezőket, és végül használja kináz-szubsztrát proteinfoszforilezést reakciók, azonosítani és rangot jelölt protein-kinázok-, hogy nagy valószínűséggel szabályozza megalakult a feltárt transzkripciós komplex. X2K is tartalmaz eszközök elvégzéséhez gén-lista gazdagodás elemzi és azt jósolják, kábítószerek, hogy fordított vagy súlyosbíthatja génexpressziós változásokat. A X2K megközelítés révén jobban megérthetjük sejtjeiölésben és felbomlik gyógyszerek hatásmechanizmusának.
követelmények :
Java Runtime Environment 6.0
Hozzászólás nem található