MetagenomeDB

MetagenomeDB egy Python könyvtár célja, hogy könnyen tárolni, letölteni és jegyzetekkel metagenomic szekvenciák. & Nbsp; MetagenomeDB járnak, mint egy absztrakciós réteg a tetején egy MongoDB adatbázisban. Ez egy API létrehozni és módosítani, és csatlakoztassa két típusú objektumok, nevezetesen szekvenciák és gyűjtemények:
& Nbsp; * szekvenciák (Sequence osztály) lehet szól, contigs, PCR klónok, stb
& Nbsp; * gyűjtemények (Collection osztály) képviseli készlet szekvenciák; pl, olvas eredő szekvenálása egy mintát, contigs összeállított egy sor olvas, PCR-könyvtár
Minden olyan tárgy lehet jegyzetekkel egy szótár-szerű szintaxis:
# Első importáljuk a könyvtár
import MetagenomeDB mint MDB
# Akkor automatikusan létrejön egy új Sequence objektum két
# (Kötelező) tulajdonságok, 'name' és 'szekvencia "
s = mdb.Sequence ({"name": "Az én szekvencia", "sorozat": "atgc"})
# A objektum ma jegyzetekkel
print s ["hossza"]
s ["type"] = "olvasni"
# Már módosított, az objektum kell elkötelezett
# Hogy az adatbázisban a módosítások maradnak
s.commit ()
Objektumok típusú szekvencia vagy Gyűjtemény lehet csatlakoztatni egymáshoz annak érdekében, hogy képviselje a különböző metagenomic adatkészletek. A példák közé tartoznak, de nem korlátozódnak a következőkre:
& Nbsp; * gyűjteménye olvas származó szekvenálás távon (kapcsolatát több Sequence tárgyak és egy Collection)
& Nbsp; * sor contigs eredő összeszerelése egy sor olvas (kapcsolat két Collection tárgyak)
& Nbsp; * szól, amelyek egy részét a contig (kapcsolatát több Sequence tárgyak és egy Sequence)
& Nbsp; * szekvencia, amely hasonló a másik szekvencia (kapcsolat két Sequence tárgyak)
& Nbsp; * gyűjteménye, amely része egy nagyobb gyűjtemény (kapcsolat két Collection tárgyak)
Az eredmény egy olyan hálózat, sorozatok és a gyűjtemény, amely is felfedezhetők speciális módszerek; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Mindegyik egyik ilyen módszer lehetővé teszi a kifinomult szűrők segítségével MongoDB lekérdező szintaxist:
# Listát minden gyűjtemény "típusú collection_of_reads"
# Szekvencia "s" tartoznak
gyűjtemények = s.list_collections ({"típus": "collection_of_reads"})
# Listát az összes olyan szekvenciákat, amelyek szintén tartozik e gyűjtemények
# A hossza legalább 50 bp-
A c gyűjteményekben:
& Nbsp; print c.list_sequences ({"hossza": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB is biztosít egy sor parancssori eszközöket importálni nukleotidszekvenciákra protein szekvenciák, BLAST és FASTA igazítás algoritmusok kimenet és ACE összeállításfájlokat. Egyéb eszközök állnak rendelkezésre a hozzáadni vagy eltávolítani több objektumot, vagy jegyzetekkel őket.

követelmények :

• Python