PathVisio

PathVisio egy nyílt forráskódú és teljesen ingyenes grafikus alkalmazást végre a Java programozási nyelv és célja az alapoktól egészen megjelenítéséhez használt, elemzésére és szerkesztésére biológiai útvonalak mellett a GNU / Linux operációs system.Can vonhatók utak , link biológiai entitiesThe szoftver lehetővé teszi, hogy dolgozzon utak, link biológiai entitások (fehérjék vagy gének) a biológiai adatok felhasználásával adatbázis azonosítók, szerkesztés utak, valamint elemezni utakat. A PathVisio akkor is képes leképezni kísérleti adatok, mint például a microarray adatok, és elképzelni, hogy a tetején a meglévő út rajzot.
Ezen felül, akkor képes lesz arra, hogy válasszon egy gént adatbázis, válassza ki a metabolikus adatbázis, statisztikákat, import kifejezést adatokat, válassza a véleménynyilvánítás adatbázisba, keresés utak, kilátás legenda, manipulálni tárgyakat, import projektek, valamint telepíthető és kezelhető plugins, amely további funkciók hozzáadására a app.Requires nem installationThe alkalmazás használható telepítése nélkül is ad a GNU / Linux operációs rendszer. Mindössze annyit kell tennie, hogy töltse le a bináris csomag Softoware, archívum mentése egy tetszőleges helyre, bontsa segítségével archívum vezetője segédprogram, nyissa meg a kitermelt könyvtár, és kattintsunk duplán a pathvisio.jar file.Under a hoodWhile hogy egy gyors pillantást a motorháztető alatt a PathVisio szoftver, mi-ezte vettem észre, hogy a pályázatot teljes egészében a Java programozási nyelv, és hogy a grafikus felhasználói felület célja a legújabb Java Swing technológiák. Mi-ezte Sikeresen tesztelték az alkalmazást a számítógépek nyújt mind a 32 vagy 64 bites CPU architectures.Runs bármilyen OS Java hova van supportedBeing írva a Java programozási nyelv, PathVisio lehet nyilvánítani, a platform-független alkalmazás, amely támogatja a GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, és bármely más operációs rendszer, ahol a legújabb Java technológiákat támogat.

Mi az új ebben a kiadásban:

• január 31, 2014: Bug fix kiadás
• GeneOntology szempontjából kikerültek Keresés eredménye megjegyzések
• DataNodes kell jegyzetekkel azonosító és Datasource vagy semmi (az adatok mentése csomópontok csak ID vagy az adatforrás nem megengedett már)

Mi az új verzióban 3.1.2:

• Major hiba fájl import modul fix: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Mi az új verzióban 2.0.11:

• Az automatikus mentés
• Zoom segítségével görgető kerék
• kiválasztási vonalak könnyebb: nincs többé szükség, hogy kattintson a pontos pixel
• Most két módszer felülreprezentáltsága elemzése; Egy út-orientált és egy adat-orientált

Mi az új verzióban 2.0.10:

• New módja rajz lekerekített téglalapok elkerülése nyújtó hatás
• Kisebb hibajavítások

Mi az új a 2.0.9 verzió:

• New csatlakozó típusa a csatlakozó tetszőleges hosszúságú és önkényes szögek
• New & quot; sejtkomponens & quot; ingatlan tárolására biológiai értelmét egy rekesz
• New & quot; kettős & quot; vonal típusa (különösen hasznos a kettős membraned sejtszervekbe)
• kattintható hivatkozások a pályák
• lásd mérföldkő: & quot; milestone_27 & quot; A teljes lista a bug-javítások

Mi az új verzióban 2.0.8:

• Továbbfejlesztett formák sejtösszetevőktől
• Néhány használhatósági fejlesztések, mint például a másolás / beillesztés a felugró menüben
• lásd mérföldkő: & quot; milestone_26 & quot; A teljes lista a bug-javítások

Mi az új verzióban 2.0.7:

• eszköztár ikonokat és új oldalsó panel, hogy könnyebb válassza ki a nyíl típusú és alakú (köszönet liubing)
• Út adatbázisok között, a adatforrás, így felveheti linkeket egyik pályáról a másikra
• BioPAX átalakító javult és többet termel érvényes BioPAX dokumentumokat.
• új csatlakozó típusa, ahol az egyes pontokhoz lehet manipulálni (köszönet leonth)
• száma adatforrások nőtt több mint 180
• lásd mérföldkő: & quot; milestone_25 & quot; A teljes lista a bug-javítások

Mi az új verzióban 2.0.6:

• A horgonyok száma egy alak növelhető az alapértelmezett 12.
• A legenda szerint a adatvizualizáció most jelenik meg a pálya képet magát. Korábban úgy volt, csak akkor látható, egy oldalsó panel.
• lásd mérföldkő: & quot; milestone_24 & quot; A teljes lista a bug-javítások

Mi az új a 2.0.4-es verzió:

• javult a szöveg formázását formák, címkék és datanodes
• még sok más formáitól, datanodes
• egyszerű pixel koordinátáit
• Adja meg a háttér színét a datanodes

Mi az új verzióban 2.0.3:

• A legfigyelemreméltóbb ebben kibocsátás az új XML-séma A GPML út formátumban (version 2010a). Ez az új út formátumban lehetővé teszi számos új grafikus képességeit a jövőben, akkor várom, hogy néhány ilyen szereplő következő kiadásban.
• Az új funkciók:
• Invisible horgonyok valóban láthatatlan, legalábbis akkor, ha valami csatlakozik hozzájuk (Köszönet Margot)
• Extra -v parancssori opció (köszönhetően Mark)
• Jelenleg a kiválasztott adatbázis helyesen jelenik meg az állapotsorban újra
• Sok új kiterjesztés pontot plugint fejlesztők
• lásd mérföldkő: & quot; milestone_21 & quot; A teljes lista a bug-javítások

Mi az új a 2.0.1-es változat:

• Továbbfejlesztett algoritmus automatikus csatlakozók, hogy pont egy horgony .
• Továbbfejlesztett rajza nyíl típusok rövid & quot; gap & quot; végén.
• Mivel a thawte freemail szolgáltatás törölték, frissítettük a biztonsági tanúsítvány
• Az út History Viewer volt egy bug, ahol minden sor tartották módosított, akkor is, ha nem volt. Ez javításra került.

követelmények :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment