Cell Electrophysiology szimulációs környezet (CESE) egy átfogó keretet kifejezetten elvégzésére számítógépes szimulációk elektrofiziológiai, például szimulációk a szívizomsejtek elektromos aktivitását.
Sejt elektrofiziológiai szimulációs környezet hasznos szimulációk akciós potenciálok, egyéni ionáramaira és a változások ionos koncentrációban.
CESE egy cross-platform programot, hogy fut a rendszer, amely a Java Runtime Environment (JRE) 1.4-es verziója vagy annál magasabb. Azt tesztelték a Windows, Linux, Solaris, MacOS X és AIX.
CESE felhasználók
CESE egy integrált környezet végző számítógépes szimulációk segítségével a különböző elektrofiziológiai modellekben.
Ebben a szakaszban CESE lehetővé teszi létrehozása és végrehajtása egysejtű modell (amely mind Hodgkin-Huxley (HH) és a Markov aktuális készítmények). Összes elektromos aktivitását szívizomsejtek forráskóddal együtt szerepelnek a CESE forgalmazás. Reméljük, hogy kiterjesszék a rendelkezésre álló modellek, és adjunk hozzá néhány idegsejt modellek a jövőben.
A fő erőssége CESE van annak egyenletessége & # 65533; egy program interfész ugyanaz marad a különböző típusú modellek. Könnyedén válthat modellek és hasonlítsa össze szimulációs kimenet. Modell paraméter módosítható, kiválasztva a kimeneti és / vagy befogott azonos, szabványos módon.
CESE kiterjeszti a hagyományos elektrofiziológiai jelentése a "voltage clamp". Akkor bilincs szinte bármilyen modellt változó, beleértve a feszültség (membrán potenciál), teljes vagy egyéni ionáramaira ionos koncentrációk, hőmérséklet, Szűréssel változók, stb A szorító parancsokat lehet bonyolult darab bölcs funkciók, egyénileg beállítható a modell változó kamat . Ez megnyitja végtelen lehetőségek feltárása komplex modell viselkedését.
CESE egyszerű, de hatékony adat vizualizáció. Szimulációs eredmények mutathatók be a grafikus és táblázatos formában. Telkek testre szabható, és a régiók az érdeklődés nagyítható.
Annak ellenére, CESE nem volt célja, hogy egy adatelemző eszköz, akkor létre az áram-feszültség (I-Vs) és kiszámítja a statisztikai paraméterek egy adott jelre a programon belül. Akkor exportálja az adatokat ASCII, Axon Text File (ATF), és NetCDF formátumok továbbra elemzés kedvenc csomagot.
CESE fejlesztők
CESE jött létre az alapoktól kezdve, hogy foglalja bele a legjobb programozási gyakorlat elérhető Java fejlesztők, mind a felhasználói felület következetesség és egyértelműség kódot és felhasználják. Ahol csak lehetséges, CESE támaszkodnak elérhető Java API-kat (például Java2D, JavaBeanshez, JAXP), hogy egyszerűsítse a kódot.
Modell létrehozása érdekében számos ház vezetése funkciókat kell kódolni & # 65533; ezek közé ODE integrátorok, rutinok kezelésére modell paramétereit, mentés / helyreállítása modell állapotát, megjelenítése szimulációs eredmények, stb CESE nyújt Önnek végrehajtás ezeket a rutin, így tud koncentrálni írni a kódot beton ionos áram (ok), és CESE elintézi a többit.
CESE nem próbál létrehozni bonyolult programozási keretrendszerek saját & # 65533; Inkább azt hasznosítja core Java API-kat. Például, modellek Java komponensek megfelelnek a JavaBeans specifikációnak. Az általunk használt XML adja szorító parancsokat, és Java objektum szerializációs menteni / visszaállítani modell paramétereit.
Újdonságok ebben a kiadásban:
Hozzászólás nem található