QuasiRecomb

QuasiRecomb egy könnyű alkalmazás fut a parancssorból, szimulálva a Markov-modell létrehozására vírus Quasispecies. Leírja a generáció a vírus quasispecies és a módszer levezetése paraméterek elemzésével következő generációs szekvenálás adatokat. A modell érvényesítve a szimulált mutató adatokat az előnye, hogy kifejezetten figyelembe a rekombináció folyamatának véve, és tesztelték vonatkozó leolvasni nyert kísérleti HIV mintákat. A hotel egy megvalósítása EM algoritmus megtalálni maximum a posteriori becslést a modell paramétereit, és a becslésére szolgáló módszer eloszlása ​​vírustörzsek a quasispecies.

követelmények :

Java