lépések a csomag pontos sztochasztikus szimulációja reakció-diffúzió rendszerek tetszőlegesen összetett 3D geometriák. Fő szimulációs algoritmus egy megvalósítása Gillespie SSA, terjeszteni kezelni a diffúziós molekulák az elemek felett egy 3D tetraéderes háló.
Miközben azt főleg fejlesztették szimulálására részletes modell a neuronális jelátviteli útvonalak dendritjeiben és körül szinapszisok, ez egy általános eszköz és fel lehet használni tanulmányozására bármely biokémiai útvonal, amelyben térbeli gradiensek és morfológia úgy gondolják, hogy szerepet játszanak.
Van végre lépéseket egy sor Python modulokat, ami azt jelenti, LÉPÉS felhasználók használhatják Python szkripteket a szabályozás minden tekintetben felállításának a modell, így egy háló, amely ellenőrzi a szimuláció és generáló és elemzése kimenet. A mag számítási rutinok még megvalósításra C / C ++ bővítő modulok a maximális sebességet a végrehajtás.
Lépések alapján terjesztett GPL v3 licenc.
követelmények :
- Python
Hozzászólás nem található