CaPSID

kapszidban átfogó, nyílt forráskódú platform, amely magában foglal egy nagy teljesítményű számítási csővezeték kórokozó SZEKVENCIAAZONOSITÓ & nbsp; és jellemzése az emberi genom és transcriptomes együtt skálázható eredmények adatbázis és a felhasználóbarát web-alapú szoftver kezelésére, lekérdezésére és megjelenítő eredményeket.
Az első lépések
Szükséged lesz egy MongoDB adatbázis, a Python 2.6+ telepítés és Apache Tomcat 6+. További részletekért olvassa el a wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What új ebben a kiadásban:

• javítások hibaüzenet, amikor fut a kivonást és egyeztetés nem találta
• Több munka rögzítése a hosszú ideig futó lekérdezések

Mi az új a 1.4.2-es változatát:

• Eltávolítja MongoKit függőségi

Mi az új verzióban 1.4.1:

• javítások kurzort timeout a hosszú futás statisztikák lekérdezések

Mi az új verzióban 1.4.0:

• Hozzáad statisztikák amíg zajlanak, nem pedig az összes végén
• Menti egyedi azonosítót gének uid

Mi az új verzióban 1.2.7:

• javítások README

Mi az új a 1.2.6 verzió:

• kivonás kiszűri a feltérképezetlen, amikor ideje térképezni olvasás

Mi az új a 1.2-es verzió:

• Utility létrehozni FastQ fájlokat feltérképezetlen olvas
• Utility vissza metszéspontjában FastQ fájlok
• Utility vissza filter FastQ fájlok
• Added mapq küszöböt zászlót kivonás
• Gbloader most betölteni a baktériumok és gombák genomok
• Menti genom szekvenciák adatbázis segítségével GridFS
• Csökkentett memória lábnyom kiszámítása során statisztikák
• használata alfolyamatainak helyett os.system
• mapq pontszámok szűrőt kell tartalmaznia 0

Mi az új 1.1-es verzióban:

• már támogatja a párt-end olvassa

Mi az új a 1.0.1 verzió:

• A támogatás a MongoDB hitelesítési

követelmények :

• Python