DendroPy

Ez biztosítja osztályok és függvények dolgozó filogenetikai adatokat, mint a fák és a karakter mátrixok.
Ugyancsak támogatja az olvasás és írás az adatok egy sor standard filogenetikai adatok formátumok, mint például a Nexus, NeXML, PHYLIP, NEWICK, FASTA stb ..
Ezen kívül, szkriptek teljesítő néhány hasznos filogenetikai számítások oszlanak részeként a könyvtár, mint például SumTrees, amely összefoglalja a támogatást felosztást vagy ciade által adott utólagos mintát filogenetikai fák.
Vannak terjeszteni dokumentáció és bemutató fájlokat a letölthető csomag.

Mi az új ebben a kiadásban:

• Új infrastruktúra metaadatok megjegyzések: AnnotationSet és jegyzetelés.
• Teljes mértékben támogatja a NeXML 0,9 metaadatok elemzési és írásban.
• get_from_url () és read_from_url () metódus most lehetővé olvasata filogenetikai adatok URL.
• Added GBIF átjárhatóság modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;).

Mi az új verzióban 3.12.2:

• Új infrastruktúra metaadatok megjegyzések: AnnotationSet és jegyzetelés.
• Teljes mértékben támogatja a NeXML 0,9 metaadatok elemzési és írásban.
• get_from_url () és read_from_url () metódus most lehetővé olvasata filogenetikai adatok URL.
• Added GBIF átjárhatóság modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;).

Mi az új verzióban 3.11.0:

• Új alkalmazás forgatókönyvét láncolata ág címkék szerte több bemeneti fák: sumlabels.py.
• Új átjárhatóság osztály dendropy.interop.seqgen.SeqGen: wrapper seq-Gen integrálható könyvtár.
• Új átjárhatóság funkció dendropy.interop.muscle.muscle_align (): csomagolóanyag az izom összehangolás.
• Új átjárhatóság osztály dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner: wrapper RAxML.
• prune_taxa () metódus hozzá CharacterMatrix.
• Math modulok költözött saját subpackage: dendropy.mathlib.
• Új modul mátrix és vektor számítások: dendropy.mathlib.linearalg.
• Új modul statisztikai távolság számítás: dendropy.mathlib.distance.
• Családi Mahalanobis távolság számítás funkciók dendropy.mathlib.distance: squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d.

Mi az új verzióban 3.9.0:

• Új funkciók:
• A filogenetikai független kontrasztok (PIC) elemzése most elvégezni dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts osztály.
• Egyszerűsített foglalt coalescent (gén fa fajok fa) szimuláció.
• Váltás:
• Kulcsszó érveket as_string (), write_to_path (), write_to_file, stb módszereket is csípett, hogy jobban összhangba NEXUS és Newick formátumokat. Előző kulcsszavak továbbra is támogatott, de lesz elavult. Az új kulcsszó érvek támogatott látható a: ref: NEXUS és Newick írásban testreszabási & # X3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; részt.
• NEXUS és Newick formátumok alapértelmezés szerinti kis- és nagybetűk taxon címkék; adja case_insensitive_taxon_labels = False nagybetűk.
• hibajavítások:
• Reading hézagos jellegű mátrixok többé nem eredményezi a következő mondatban kimaradhatnak (NEXUS).
• Caught OverflowError kiszámításakor összefoglaló statisztikák.

Mi az új verzióban 3.8.0:

• Fa tárgyak most rerooted a középpontban (lásd Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Jegyzetek (azaz tulajdonítja a fa, csomópont vagy Edge-objektumok voltak & quot; jegyzetekkel () & quot; felszólította őket) most úgy írni, metaadatok hozzászólás (& quot; [& Field = érték] & quot;) írásakor NEXUS / NEWICK formátumot, ha a kulcsszó az érv annotations_as_comments használják.
• Ha olvasás NEXUS / NEWICK formátumban fák, meghatározva extract_comment_metadata = True eredményez metaadatok hozzászólás húzta be szótárban, a gombok mezőnevek és értékeket, hogy a terület értékeit.
• Amikor olvas NEXUS formátumú adatok, szettek blokkok kerülnek feldolgozásra, és betűkészletek értelmezi a vonatkozó CharacterDataMatrix.
• Karakter készlet (mint például elemzett ki NEXUS SZETTEK blokkok: lásd fent) lehet exportálni, mint új CharacterDataMatrix tárgyak, és lehet menteni / manipulált / stb. independentally.
• Ha írásban NEXUS vagy NEWICK formátumok, a write_item_comments kulcsszó érv (igaz vagy hamis) megszabhatja, hogy a kiterjesztett hozzászólás kapcsolódó csomópont fák lesz írva, vagy sem.
• TopologyCounter osztályú hozzá dendropy.treesum: lehetővé teszi a nyomon követési topológia frekvenciákat.
• treesplits.tree_from_splits () lehetővé teszi, kivitelezése (topológia esetén) fák egy sor felbomlik.
• A legtöbb funkciót, amely egykor a "dendropy.treemanip" most már vándoroltak, mint a természetes módszerek a dendropy.Tree osztályban. "Dendropy.treemanip" lesz elavult.
• Fák most kell metszeni egy lista alapján taxonok címkék eltávolítására, vagy tartani (korábban a módszerek csak akkor fogadná listáit Taxon tárgyak).

Mi az új verzióban 3.7.1:

• Új funkciók:
• Végrehajtása az "Általános mintavételi megközelítést" (Hartman et al. 2010: A mintavételi fák evolúciós modellek; Syst. Biol. 49, 465-476) szimulálása fák a születés-halál modellt.
• Váltás:
• Correct / következetes neveket bizonyos valószínűsége funkciókat.
• hibajavítások:
• Bug megerősítve felülírását kimeneti fájl használata esetén SumTrees '-e' / '- osztott élek "opciót.
• ősi és őszes félig megkövült hivatkozás "taxa_block" korrigált "taxon_set".

Mi az új verzióban 3.7.0:

• vándoroltak BSD-stílusú licenc.

Mi az új verzióban 3.6.1:

• SumTrees most már működik (a soros mód) alatt régebbi Python verzió (azaz & # X3c; 2,6).
• javítások kompatibilitás Python 2.4.x.

Mi az új verzióban 3.5.0:

• Added ladderize () metódus, hogy kötelezze csomópontok emelkedő (alapértelmezett) vagy csökkenő (ladderize (jobbra = True)) érdekében.
• Added & quot; vadállat-gyűjtő-tree & quot; séma specifikáció feldolgozni BEAST jegyzetekkel ellátott konszenzus fák.
• Hozzáadott új modul kölcsönhatásban áll NCBI adatbázisokban: dendropy.interop.ncbi.

Mi az új verzióban 3.4.:

• Mellékelt ez_setup.py frissítve a legújabb verzióra.

követelmények :

• Python 2,4-3,0