mpiBLAST egy MPI alapú párhuzamos végrehajtása NCBI BLAST. A projekt keretében egy pár programok cserélje formatdb és blastall verziókkal, hogy végre BLAST munkahelyek, párhuzamosan egy csoportja számítógépek MPI telepítve. Két fő előnye, hogy segítségével mpiBLAST versus hagyományos robbanás.
Először is, mpiBLAST osztja az adatbázis-szerte minden csomópont a fürt. Mivel minden csomópont szegmense az adatbázisban kisebb ez általában tartózkodnak a buffer-cache, így jelentős sebességnövekedést megszűnése miatt a lemez I / O. Másodszor pedig lehetővé teszi BLAST felhasználók számára, hogy kihasználják a hatékony, alacsony költségű Beowulf klaszterek, mert interprocessor kommunikációs igények alacsonyak.
mpiBLAST ér szuper-lineáris gyorsulást olyan helyzetekben, amikor az adatbázis túl nagy ahhoz, hogy a RAM-ba, és a közel lineáris gyorsulást más helyzetekben. Nem igényel külön klaszter.
Követelmények:
Hozzászólás nem található