Staden Package

Staden egy teljesen kidolgozott DNS-szekvencia összeszerelés (Gap4), szerkesztő és elemző eszközök (spin) Unix, Linux, MacOSX és MS Windows.
A Gap4 előtt már több kisebb csatlakozott ehhez kapcsolódó
javítását hogyan pontszámok csatlakozik Keresse Belső csatlakozik, és a
funkcionalitás a align gombra Csatlakozz szerkesztő.
Szintén a következménye, hogy gap4 a különböző változtatásokat io_lib (a
könyvtár minden I / O különböző nyomkövetési fájl formátumok). Azzal a kiegészítéssel,
Egy új hash_exp programot most lehetővé teszi a kísérletet fájlokra,
konkatenálva és indexelt. A fenti kísérlet fájlnevek
kell stil kell nyújtani gap4, de amennyiben a EXP_PATH környezet
változó be van állítva gap4 képes lesz letölteni az egyéni
szekvenciák ki az összefűzött kísérlet fájl
archívum. Fejlesztések a felhasználói felület ehhez kell még
tette.
454 SFF archívumok is jobban támogatja. A defsult 454 indexek
most működik, bár a hash_sff program használható, hogy egy
alternatív indexelési stratégiát (esetleg gyorsabban néhány esetben).
Gap4 és Trev is van egy nyoma megjelenítési stílusát nyomkövetésekkel
Van 1 minta scan (x4 csatorna) per alapja hívást. Ebben az esetben ez lehet
is felhívják a 4 bizalmat értékek helyett 1 per alapja. Ezek a képességek
lehetővé teszi, hogy jobb integrációja Solexa nyomok, amikor könnyebben
áll rendelkezésre.
Plusz persze a szokásos mix hibajavítás és kisebb csíp. Lásd a
teljes változtatási napló részleteket (via SourceForge oldalán).
Más említésre méltó változások
Gap4