STEME

A STEME = projekt kezdődött az élet, mint egy közelítés az elvárással-Maximisation algoritmust a típusú modellt használt motívuma megtalálók, mint a MEME.
STEME =-ezte s EM közelítéséről fut egy nagyságrenddel gyorsabb, mint a MEME végrehajtása a jellemző paraméter-beállításokat. STEME = volt, mára egy teljes értékű motívum kereső saját jogán.
Miért STEME =?
Bevált motívum megállapítása technikák
STEME = alapul kipróbált és tesztelt MEME algoritmust. MEME az egyik legérettebb és kedvelt motívuma megtalálók. Ez volt az egyik legnépszerűbb előadók Tompa et al. & Rsquo; s benchmark összehasonlítás motívum megtalálók.
Ajánlott a nagy adathalmazok
STEME = tervezték, hogy kell használni a fajta nagy adathalmazok jellemző módon a modern biológiai kísérleteket. STEME = tesztelték a bemeneti a több tízezer megabázisában, de nincs ok, hogy miért nem szabad használni a nagyobb adathalmazok.
Gyors
STEME = gyors. Jellemzően motívum megtalálók egy runtime, hogy gyorsan nő a méret a bemenet. Mivel a STEME =-ezte s használata utótag fák nem szenved ez a probléma. STEME = nyújt lehetőséget, hogy ellenőrizzék a runtime, hogy a felhasználó szabályozza, hogy készek várni az eredményeket.
Rugalmas motívum modellek
Sok motívum megtalálók (különösen gyorsan felsoroló motívum megtalálók) használja konszenzusszekvenciák modellként kötőhelyeinek. Ezek nem olyan rugalmas, mint a PWMs, hogy STEME = használ, és nem tudja megragadni ugyanabban a tartományban a motívumok PWMs.
Könnyen használható
STEME = kimeneti adatokat MEME-ezte s jól megalapozott formátumban, így könnyen kezelhető a downstream eszközök. STEME =-ezte s kimeneti lett tesztelve eszközöket MEME, BioPython és BioPerl.
Pontos jelentősége számítások
STEME =-ezte s jelentősége számítások célja a nagy adathalmazok szem előtt. Motívumot megtalálók, hogy nem írt nagy adathalmazok gyakran rosszul téved a jelentősége a motívumok találnak. Ez egy különösen alattomos probléma, és kemény, hogy a felhasználó azonosítását.
Kapható egy webes szolgáltatás
STEME = helyileg is telepíthető a számítógépen, vagy lehet futtatni a weben keresztül a szervereink.
Csomag Dokumentáció

követelmények :

• Python