CodonW

CodonW egy olyan program célja, hogy egyszerűsítse a többváltozós elemzés (korrespondanciaanalízisben) kodon és aminosav-használat. Azt is kiszámítja szabványos indexek kodon használat. Meg is menüt és parancssori interfész.
A CodonW projekt írta John Peden a laborban Paul Sharp, Osztály Genetikai, University of Nottingham. John dolgozik a humán genetika és jelenleg foglalkoztatott ProCardis adatbázis-kezelő a WTCHG Oxford University.
Íme néhány kulcsfontosságú jellemzőit "CodonW":
· Írt ANSI kompatibilis C
· Menü vezérelt
· Kiterjedt száma parancssori opciók
· A genetikai kód független
· Nincs határ a
1. sorozatok száma
2. szekvenciahosszúság
· Számítja kodonhasznosítási indexek
1. CAI: Codon adaptáció index
2. Fop: Frekvencia optimális kodonokra
3. NC: Hatékony kodon számának
4. CBI: Codon Bias Index
· Számítja aminosav indexek
1. pecsenyelével pontszám
2. aromásság
· Számítja levelezés elemzése
1. kodonhasználatot
2. RSCU (relatív szinonim kodonhasznosítási)
3. Aminosav használat
· Korrespondanciaanalízisben
1. lehet / kizárása kodonjai / aminosavak
2. generálhat részletes jelentést trendek
3. kísérlet azonosítani az optimális kodonok automatikusan
4. lehetővé teszi további adathalmazok ki
5. rögzíti tetszőleges számú trendek
· Számítja gén paraméterek
1. Gene hossza
2. GC, GC3s és kodon pozíció specifikus G + C
3. Dinucleotide összetétele (mindhárom kodon keretek)
4. aminosav használat
5. Relatív aminosav használat
6. kodonhasználat
7. Relatív Synonymous kodonhasznosítási
· Fogalmilag fordítja szekvenciák fehérje
· Reformátusok szekvencia adatok
· Az emberi, vagy gépi olvashatóság kimenet
· Összefűzheti gének (megőrizve ugyanakkor reading frame) kiszámításához
1. általános kodonhasználatot
2. GC tartalom
3. Dinucleotide összetétele
· Generál táblázatok kodon, aminosav, vagy RSCU használat
· Is segít megtanulni a genetikai kód.
· És több