SSuMMo

SSuMMo a könyvtár a funkciók köré iteratív segítségével hmmer rendelni szekvenciák ismétlésekkel. & Nbsp; eredmények igencsak jegyzetekkel mutató fákat faj / genus belüli elosztása a közösségben.
Programok tartalmazza a forráskódot közé eszközöket: -
- Készítsen egy hierarchikus adatbázis a rejtett Markov - dictify.py;
- Osztja szekvenciák elismert rendszertani neve - SSUMMO.py;
- Elemzi a biológiai sokféleség, a Simpson, Shannon és más módszerek- rankAbundance.py;
- Vizualizálni eredményeket cladograms egy külön képesség, hogy könnyen határokon összehasonlítani adathalmazok - comparative_results.py
- Megtérít eredmények phyloxml formátum: dict_to_phyloxml.py;
- Épít html képviselete - dict_to_html.py.
- Plot ritkítás görbék és kiszámítja a megfelelő biológiai sokféleség indexek
Python forráskód rendelkezésre áll, a Google Code. Az előre elkészített hierarchikus adatbázis HMM, valamint az optimalizált SQL adatbázis taxonómia (használt levezeti soraiban az egyes rendszertani egység) tölthetők le: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Telepíthető információkért kérjük, olvassa el a README. A használati információkat, van egy wiki (fent), és az előzetes Használati útmutató került fel az svn trunk.

követelmények :

• Python