A Chemistry Development Kit (más néven CDK) egy platform-független, szabadon terjeszthető és nyílt forráskódú könyvtári szoftver végre Java és speciálisan szerkezeti bioinformatika, cheminformatics és számítógépes kémia.
A projekt magában foglalja a különböző hasznos algoritmusok és adatszerkezetek szabott kifejezetten programozók számára, akik szeretnék menteni egy csomó időt és energiát újrafelhasználása kódot. A Chemistry Development Kit nem tervezték, hogy kell használni a végfelhasználók.
Jellemzők dióhéjban
A legfontosabb funkciók között szerepel az olvasás és írás kémiai adatok formátumok támogatása teszi kémiai szerkezetét, támogatja a QSAR (Quantitative Structure & ndash; aktivitás kapcsolat) jellemzőket, valamint a beépített algoritmusok támogató kémiai gráfelmélet.
Az Ön kényelme érdekében a kérelmet terjesztett mint előre beépített bináris a JAR fájl formátum. Ahhoz, hogy használni a projektben, egyszerűen töltse le a legújabb stabil verziót Softoware segítségével a fenti linkre, ahol akkor is megtalálja a program-ezte s forrás csomag.
A programozók talál részletes információt arról, hogyan fordíthatjuk le a programot forrásból, hogyan kell futtatni a különböző vizsgálatok, valamint azt, hogyan kell használni más programokban a readme.txt fájlban helyezkedik el a tar.gz archívum.
A motorháztető alatt és a támogatott operációs rendszerek
Egy pillantást a motorháztető alatt a CDK (Chemistry Development Kit) szoftver, megemlíthetjük, hogy meg van írva teljesen Java programozási nyelv.
Jelenleg ez teljes mértékben kompatibilis a 32-bites és 64-bites ízek a GNU / Linux, Microsoft Windows és a Mac OS X operációs rendszerekkel. Ugyanakkor meg kell dolgozni minden OS által támogatott Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; és a Java Development Kit (JDK) & nbsp; technológiákat.
Mi az új ebben a kiadásban:
- a hivatalos vádemelés a IAtomcontainer kerül át a IMolecularFormula
- Javítva 2787332 A régi kötés tömböt az Gasteiger díj számítás beállítása
- Frissítve kijavítani hibát 2788357 SMARTSQueryTool most elkapja TokenMgrError a CONSTRUC
- Hozzáadott új taglet feldolgozni cdk.githash tag és a link Javadocs forrásokkal Git repo
- Frissítve cdk.svnrev címkék cdk.githash címkék
- Bug_2787332. Hozzáadott teszt a triklozán molekula (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Eltávolított elavult megjelenítő kód: vagy használat cdk-1.0.x vagy jchempaint elsődleges
- Added teszt hiba 2786624 az értelmező tesztsorozat
- Added linkek PMD oldalak
- Added linket JUnit statisztika
- Added osztályok jegyzékét a modul, a linkeket éjszaka @ Pele
- Added létre előállító modul HTML oldalakat
- Added létre előállító modul HTML oldalakat
Mi az új verzió 1.5.10:
- A hivatalos vádemelés a IAtomcontainer kerül át a IMolecularFormula
- Javítva 2787332 A régi kötés tömböt az Gasteiger díj számítás beállítása
- Frissítve kijavítani hibát 2788357 SMARTSQueryTool most elkapja TokenMgrError a CONSTRUC
- Hozzáadott új taglet feldolgozni cdk.githash tag és a link Javadocs forrásokkal Git repo
- Frissítve cdk.svnrev címkék cdk.githash címkék
- Bug_2787332. Hozzáadott teszt a triklozán molekula (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Eltávolított elavult megjelenítő kód: vagy használat cdk-1.0.x vagy jchempaint elsődleges
- Added teszt hiba 2786624 az értelmező tesztsorozat
- Added linkek PMD oldalak
- Added linket JUnit statisztika
- Added osztályok jegyzékét a modul, a linkeket éjszaka @ Pele
- Added létre előállító modul HTML oldalakat
- Added létre előállító modul HTML oldalakat
Mi az új verzió 1.2.2:
- Rögzített linkeket. Szuboptimális, mint az út még mindig beégetett egyetlen éjszaka például, de nincs az XML keret még összefoglalni a dolgokat egész éjszakai kiadások (futás
- A frissített verzió száma
- Added vizsgálat annak biztosítására IAtomContainers nem lopakodott a via IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- felülírt addAtomContainer (IAtomContainer, dupla) is dobni egy IllegalArgumentException ha nem IMolecule vezetünk
- Most dob IllegalArgumentException amikor megpróbálták tárolására IAtomContainer amely nem IMolecule
- Added egység teszt # 2784182
- új vizsgálati respine
- Added taglets menetvágásához biztonsági
- Egy atom vagy kevesebb, mi határozza meg, hogy kell csatlakoztatni, mivel nincs particionálás szükség (javítások # 2784209, NullPointerException on IAtomContainer nélkül atomok)
- Added egység teszt hiba # 2784209 jelenleg nem
- További eltávolítása explicit org.openscience.cdk csomag neve: dob kikötések
- További eltávolítása explicit org.openscience.cdk csomag neve
- További eltávolítása explicit org.openscience.cdk csomag neve: Új org.openscience.cdk.Foo () hívások
- Az eltávolított explicit org.openscience.cdk.interfaces csomagok nevei (javítások # 2783549)
- Az eltávolított explicit csomag neve, Az import javára, az org.openscience.cdk a datadebug modul (javítások # 2783549)
- Az eltávolított explicit csomag neve, Az import javára, az org.openscience.cdk az adatok modul (javítások # 2783549)
- kitörési rekurzió opció AllRingsFinder
- Kivonás a húr elemi formula a díj.
- Kivonás a húr elemi formula a díj.
- Controller a tömeg, amikor kikerül a tartomány
- Frissítve intelligens hozzá H egy PLANAR3 N rögzíti bug 2781199
- Added próbájának hiba 2781199
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban most is a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- hívások CDKException kivitelező tett a catch blokkban már tartalmazza a gyökér kivételével megőrzése veremkivonatban
- Added egység teszt, hogy biztosítsák SD mezők olvasni az összes molekulák
- szét teszt
- Új fájlok
- további vizsgálatok CML olvasás
- Added egység teszt # 1848591 téves Murcko keret
- Fix öntött, kiküszöbölhetők a felesleges teljes csomag neve
- Added egység teszt # 2692107
- Fix elírás: hiányzik az "s"
Mi az új 1.2.1-es verzióban:
- Javítva 2.714.283, amely megfelelő kivételt dob, ha gyűrűk nem zárt rendesen. Ha a gyűrű nem zárt a megfelelő számú csengetés, InvalidSmilesException lendül. Mérkőzések Daylight viselkedés
- Javítva 2729120 és hozzáadott egység teszt
- Frissítve megjegyzést rögzíteni bug 2.768.643.
- Részleges javítás bug 2719237. Made getBondOrderSum statikus, hozzáadott egység teszt érte
- Typo: proteinl - & gt; protein
- Made osztály nyilvános, hogy gyógyítsd hozzátéve, hogy a build / *. Javafiles
- Részben rögzített SMARTS egyeztetéséhez R0. Frissítve célmolekula inicializálás kifejezetten jelzi atomok nem a gyűrűt, és frissítette RingMembership atom, hogy nem egy konkrét ellenőrzés, amikor R0 van megadva. Részben javítások bug 2587204
- Fix kétes egyenlőség vizsgálatot. A saját módszert ellenőrzése Double tárgyakat a referencia. Jól működött, amikor ők voltak null. Meghiúsul, amikor össze kell hasonlítania az érték. Kód frissült, hogy vegye figyelembe. Hozzáadott egység teszt (és így a módszer védett, így lehet tesztelni)
- Added vizsgálati módszer kommentár. Befejeződött a lefedettség adatmodulhoz
- refactored ChiIndexUtils, hogy ez a csomag magán. Megtisztítja nyilvános API, mivel csak használja chi leíró kódot. Frissítve minden függő osztályok. Mozgott teszt kód (amelyet meg kell tölteni!), Valamint
- Kód razzia ChiIndexUtils. Átalakított 1,5 kifejezéseket
- A tiszta fel PathTools és hozzáadott vizsgálati módszer kommentár, így a mag teljesen fedi
- Fix előző elkövetni, hogy módosítsa a cdk.keyword vonal, nem a cdk.module sor
- További következetes kulcsszavak
- Added egy teszt, hogy Integer objektum összehasonlításra érték helyett hivatkozás
- Added próbájának ellenőrizni, hogy atom konténer diff helyes használata deserialized tárgyak
- Fix IntegerDifference úgy, hogy ténylegesen ellenőrzi egész értéket helyett hivatkozás az Egész objektum. Megoldja a problémát, amellyel egy tárgy sorozatban lemezre, majd deserialized nem egyezik az eredeti objektumot (azaz nem üres diff karakterlánc)
- Applied patch # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch, aki removeReaction hogy reactionSet
- A felület helyett a végrehajtás
- Az eltávolított egy használaton kívüli import
- A IAtomContainer helyett IMolecule, mivel a tényleges egyezés használatával IAtomContainers már (javítások # 2686249)
- Javítva egy ClassCastException (javítások # 2685134)
- Added forrás attrib kijavítani az épület az Ubuntu .deb
- Fix segítsen rendszer: használja Doclet üvegeket develjar /; frissítették az új src mappa src / fő; eltávolított nagyon elavult használatát rt.jar
- Az eltávolított libdepends közé tartoznak teszt-ioformats, amely valójában nem rendelkezik libdepends
- frissítve, így ha a cél atom nincs szimbólum (például ál atomok) a mérkőzés hamis értékkel tér vissza (és nem egy NPE)
- Fix megfelelő kezelését #n SMARTTM querys
- Added próbájának hiba 2686473
- Added megjegyzés Ant 1.7.1 szükséges
- Javítva egy NPE forrás: "null == 2 'kivételt okoz, ezért először teszt nullness
- Fix szerzői jogi nyilatkozatot 2009
- Fix duplikált tárolása sablon, ami csak tartozik az SDG modul nem extra modult is
- Merge ág "local1.2" A ../../ git-svn / cdk
Mi az új verzió 1.2.0:
- Javítva néhány SMARTS elemzés problémát, használja a két -letter szimbólumok és IPseudoAtom a Fingerprinter, és hozzáteszi, 4 új atom-meghatározások, a jód és kén.
Mi az új verzió 1.1.5:
- Többnyire hibajavítások.
Mi az új verzió 1.1.4:
- Többnyire kis hibajavítás.
Mi az új 1.1.1-es verzió:
- Többnyire kis hibajavítás és általános kód megtisztítása.
Mi az új 1.1.0 verzió:
- Sok-sok változás.
Követelmények :
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
Hozzászólás nem található